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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | The symmetry-released subpellicular microtubule map from detergent-extracted Toxoplasma cells | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity ...protein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Sun SY / Pintilie GD / Chen M | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-ET of parasites gives subnanometer insight into tubulin-based structures. 著者: Stella Y Sun / Li-Av Segev-Zarko / Muyuan Chen / Grigore D Pintilie / Michael F Schmid / Steven J Ludtke / John C Boothroyd / Wah Chiu / ![]() 要旨: Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing ...Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing cytoskeletal components are subpellicular microtubules (SPMTs) and conoid fibrils (CFs). The SPMTs help maintain shape and gliding motility, while the CFs are implicated in invasion. Here, we use cryogenic electron tomography to determine the molecular structures of the SPMTs and CFs in vitrified intact and detergent-extracted parasites. Subvolume densities from detergent-extracted parasites yielded averaged density maps at subnanometer resolutions, and these were related back to their architecture in situ. An intralumenal spiral lines the interior of the 13-protofilament SPMTs, revealing a preferred orientation of these microtubules relative to the parasite's long axis. Each CF is composed of nine tubulin protofilaments that display a comma-shaped cross-section, plus additional associated components. Conoid protrusion, a crucial step in invasion, is associated with an altered pitch of each CF. The use of basic building blocks of protofilaments and different accessory proteins in one organism illustrates the versatility of tubulin to form two distinct types of assemblies, SPMTs and CFs. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 101.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tnqMC ![]() 7tnsC ![]() 7tntC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.0715 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : microtubule complex of tubulin and intra-luminal proteins
全体 | 名称: microtubule complex of tubulin and intra-luminal proteins |
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要素 |
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-超分子 #1: microtubule complex of tubulin and intra-luminal proteins
超分子 | 名称: microtubule complex of tubulin and intra-luminal proteins タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Microtubule associated protein SPM1
分子 | 名称: Microtubule associated protein SPM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.817699 KDa |
配列 | 文字列: MSGGNSNTPK KLPSEEGSDY GYPQKPQKYL PKSEQAEPDY SACCKGNDAY KGASHGTVQF SHPEEAQKYA GAAAGAETIQ RGRERVAAD RQPRAAGDVP ARRLHLSDVD EAHRGQSPSR HPGYCVEELC TCGMHKCIPS RAPVPFTGST QYRQEFVPKP L PPPTQVSQ ...文字列: MSGGNSNTPK KLPSEEGSDY GYPQKPQKYL PKSEQAEPDY SACCKGNDAY KGASHGTVQF SHPEEAQKYA GAAAGAETIQ RGRERVAAD RQPRAAGDVP ARRLHLSDVD EAHRGQSPSR HPGYCVEELC TCGMHKCIPS RAPVPFTGST QYRQEFVPKP L PPPTQVSQ VTLPPSLPFE AESSYRTEFV AKPLPPPAKF SEVKLPPTLP FHGESAYRTD YVPKPLPEVA KPVEVKLPPT LP FNAQSCY RSEYVAKPLP PPVQTAEVKL PPSLPFEGST HYRDEFQVKP LPPATKVTEV KLPPSLPFDA TSMYRSDYVA KSN PICPVS KLPQYPAATY PQNHVFWDPD TKQWY |
-分子 #2: Tubulin alpha chain
分子 | 名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 50.166645 KDa |
配列 | 文字列: MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN ...文字列: MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN FCSWPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDVTEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNSAFE PASMMAKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNAAVATIK TKRTIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVMRAVC MISNSTAIAE VFSRMDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDYEEV GIETAEGEGE EEGYGDEY |
-分子 #3: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 50.119121 KDa |
配列 | 文字列: MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS ...文字列: MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS VFPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE VQVIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSAAMSGVTC CL RFPGQLN SDLRKLAVNL IPFPRLHFFL IGFAPLTSRG SQQYRALSVP ELTQQMFDAK NMMCASDPRH GRYLTASAMF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNMKSSVCDI PPKGLKMSVT FVGNSTAIQE MFKRVSDQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE FDEEEGEMGA EEGA |
-分子 #4: PDI family protein
分子 | 名称: PDI family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-disulfide reductase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.939332 KDa |
配列 | 文字列: MSQPVFASPL NVEKRRLNEE RALMQAQKAG GEGVNIQLPP NYGDMDLILF PEGSLKNSNN TVIPQSHLKG KSVALYFADG ADPKCASLL PFLLNYYRTM NEGGANQKIE IIFVSLDRDR EAFESHRAHM PWLSIDLENP LTEILKRHFR VMKEYEVPTY G YGSRTGVP ...文字列: MSQPVFASPL NVEKRRLNEE RALMQAQKAG GEGVNIQLPP NYGDMDLILF PEGSLKNSNN TVIPQSHLKG KSVALYFADG ADPKCASLL PFLLNYYRTM NEGGANQKIE IIFVSLDRDR EAFESHRAHM PWLSIDLENP LTEILKRHFR VMKEYEVPTY G YGSRTGVP SVIVIGSDGR EAQFLPICSG LEEGDRALLR WDWRNTKFAS DQFHVRPTLL EQ |
-分子 #5: PDI family protein
分子 | 名称: PDI family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.687934 KDa |
配列 | 文字列: MLAADCFFGP DVVKRTQQGN YVPVRPDHFA GVSVALFFAK AGHSKCAQIV PVVRQFYKTT NFSGEKAVIE IIYVSLDKDE QDFERVRAL MPWCSVEYKS CLRKKLIERY RVPNGELAFG TVRIPSTAIP LLIVIGPNGE EAGRMNFQQS DEFVLQRWDY R FNKWPGSA ...文字列: MLAADCFFGP DVVKRTQQGN YVPVRPDHFA GVSVALFFAK AGHSKCAQIV PVVRQFYKTT NFSGEKAVIE IIYVSLDKDE QDFERVRAL MPWCSVEYKS CLRKKLIERY RVPNGELAFG TVRIPSTAIP LLIVIGPNGE EAGRMNFQQS DEFVLQRWDY R FNKWPGSA QRLRTLNDAT DPWKKRLPQN V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: Phosphate Buffered Saline |
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 0.9 sec. / 平均電子線量: 4.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 39122 |
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抽出 | トモグラム数: 90 / 使用した粒子像数: 39122 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |