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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26006 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 3D reconstruction of detergent-extract Toxoplasma gondii cells at the apical end | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | parasites / Toxoplasma gondii / cytoskeleton / conoid / microtubules / CELL INVASION | ||||||||||||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Sun SY / Segev-Zarko L | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Cryo-ET of parasites gives subnanometer insight into tubulin-based structures. 著者: Stella Y Sun / Li-Av Segev-Zarko / Muyuan Chen / Grigore D Pintilie / Michael F Schmid / Steven J Ludtke / John C Boothroyd / Wah Chiu / 要旨: Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing ...Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing cytoskeletal components are subpellicular microtubules (SPMTs) and conoid fibrils (CFs). The SPMTs help maintain shape and gliding motility, while the CFs are implicated in invasion. Here, we use cryogenic electron tomography to determine the molecular structures of the SPMTs and CFs in vitrified intact and detergent-extracted parasites. Subvolume densities from detergent-extracted parasites yielded averaged density maps at subnanometer resolutions, and these were related back to their architecture in situ. An intralumenal spiral lines the interior of the 13-protofilament SPMTs, revealing a preferred orientation of these microtubules relative to the parasite's long axis. Each CF is composed of nine tubulin protofilaments that display a comma-shaped cross-section, plus additional associated components. Conoid protrusion, a crucial step in invasion, is associated with an altered pitch of each CF. The use of basic building blocks of protofilaments and different accessory proteins in one organism illustrates the versatility of tubulin to form two distinct types of assemblies, SPMTs and CFs. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26006.map.gz | 1.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26006-v30.xml emd-26006.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26006.png | 262.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26006.cif.gz | 4.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26006 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26006_validation.pdf.gz | 448.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26006_full_validation.pdf.gz | 448.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26006_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26006_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26006 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26006 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 11.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Detergent extract Toxoplasma gondii cells at the apical end conta...
全体 | 名称: Detergent extract Toxoplasma gondii cells at the apical end containing conoid and microtubule elements |
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要素 |
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-超分子 #1: Detergent extract Toxoplasma gondii cells at the apical end conta...
超分子 | 名称: Detergent extract Toxoplasma gondii cells at the apical end containing conoid and microtubule elements タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: Phosphate-Buffered Saline |
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: EMS / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 41 |
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