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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2600 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM study of the chromatin fiber reveals a double helix twisted by tetra-nucleosomal units | |||||||||
![]() | Reconstruction of 12x177 bp chromatin | |||||||||
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![]() | In vitro reconstituted 12x177 bp chromatin | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
![]() | Song F / Chen P / Sun D / Wang M / Dong L / Liang D / Xu RM / Zhu P / Li G | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM study of the chromatin fiber reveals a double helix twisted by tetranucleosomal units. 著者: Feng Song / Ping Chen / Dapeng Sun / Mingzhu Wang / Liping Dong / Dan Liang / Rui-Ming Xu / Ping Zhu / Guohong Li / ![]() 要旨: The hierarchical packaging of eukaryotic chromatin plays a central role in transcriptional regulation and other DNA-related biological processes. Here, we report the 11-angstrom-resolution cryogenic ...The hierarchical packaging of eukaryotic chromatin plays a central role in transcriptional regulation and other DNA-related biological processes. Here, we report the 11-angstrom-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of 30-nanometer chromatin fibers reconstituted in the presence of linker histone H1 and with different nucleosome repeat lengths. The structures show a histone H1-dependent left-handed twist of the repeating tetranucleosomal structural units, within which the four nucleosomes zigzag back and forth with a straight linker DNA. The asymmetric binding and the location of histone H1 in chromatin play a role in the formation of the 30-nanometer fiber. Our results provide mechanistic insights into how nucleosomes compact into higher-order chromatin fibers. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 215 KB 205.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 216.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 215.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of 12x177 bp chromatin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.539 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : In vitro reconstituted 12x177 bp chromatin
全体 | 名称: In vitro reconstituted 12x177 bp chromatin |
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要素 |
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-超分子 #1000: In vitro reconstituted 12x177 bp chromatin
超分子 | 名称: In vitro reconstituted 12x177 bp chromatin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 3 |
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-分子 #1: Core histone
分子 | 名称: Core histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Octameric nucleosome core histone contains 2 copies histone H2A, H2B, H3 and H4. 12 octamer units constitutes the dodecamer. コピー数: 2 / 集合状態: Octamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #2: Histone H1.4
分子 | 名称: Histone H1.4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: HISTIHIE 詳細: Each octamer contains 1 copy linker histone, histone H1.4 コピー数: 12 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #3: 601 DNA
分子 | 名称: 601 DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 詳細: 12 tandem repeats; full length 2124 bp / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
配列 | 文字列: GAGCATCCGG ATCCCCTGGA GAATCCCGGT GCCGAGGCCG CTCAATTGGT CGTAGACAGC TCTAGCACCG CTTAAACGCA CGTACGCGCT GTCCCCCGCG TTTTAACCGC CAAGGGGATT ACTCCCTAGT CTCCAGGCAC GTGTCACATA TATACATCCT GTTCCAGTGC CGGACCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM HEPES, pH 8.0, 0.1 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: 300 mesh R2.1 Quantifoil holey grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Sample absorbed for 1 to 1.5 min, blotted for 4 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 155,000 times magnification |
詳細 | Parallel beam illumination |
日付 | 2012年3月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 4424 / 平均電子線量: 18 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.95 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction of each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 21000 |