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- EMDB-25804: Cryo-EM structure of methane monooxygenase hydroxylase (by quantifoil) -
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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of methane monooxygenase hydroxylase (by quantifoil) | ||||||||||||
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![]() | methane monooxygenase / hydroxylase / cryo-EM / electron transport / OXIDOREDUCTASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / : / : / : / one-carbon metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Cho US / Kim BC | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Batch Production of High-Quality Graphene Grids for Cryo-EM: Cryo-EM Structure of Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase. 著者: Eungjin Ahn / Byungchul Kim / Soyoung Park / Amanda L Erwin / Suk Hyun Sung / Robert Hovden / Shyamal Mosalaganti / Uhn-Soo Cho / ![]() ![]() 要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a widely used tool for determining the protein structure. Despite recent technical advances, sample preparation remains a major bottleneck for ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a widely used tool for determining the protein structure. Despite recent technical advances, sample preparation remains a major bottleneck for several reasons, including protein denaturation at the air-water interface, the presence of preferred orientations, nonuniform ice layers, etc. Graphene, a two-dimensional allotrope of carbon consisting of a single atomic layer, has recently gained attention as a near-ideal support film for cryo-EM that can overcome these challenges because of its superior properties, including mechanical strength and electrical conductivity. Here, we introduce a reliable, easily implemented, and reproducible method to produce 36 graphene-coated grids within 1.5 days. To demonstrate their practical application, we determined the cryo-EM structure of soluble methane monooxygenase hydroxylase (sMMOH) at resolutions of 2.9 and 2.5 Å using Quantifoil and graphene-coated grids, respectively. We found that the graphene-coated grid has several advantages, including a smaller amount of protein required and avoiding protein denaturation at the air-water interface. By comparing the cryo-EM structure of sMMOH with its crystal structure, we identified subtle yet significant geometrical changes at the nonheme diiron center, which may better indicate the active site configuration of sMMOH in the resting/oxidized state. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 139.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tc7MC ![]() 7tc8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0275 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : soluble methane monooxygenase hydroxylase
全体 | 名称: soluble methane monooxygenase hydroxylase |
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要素 |
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-超分子 #1: soluble methane monooxygenase hydroxylase
超分子 | 名称: soluble methane monooxygenase hydroxylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Methane monooxygenase component A alpha chain
分子 | 名称: Methane monooxygenase component A alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methane monooxygenase (soluble) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 60.717145 KDa |
配列 | 文字列: MALSTATKAA TDALAANRAP TSVNAQEVHR WLQSFNWDFK NNRTKYATKY KMANETKEQF KLIAKEYARM EAVKDERQFG SLQDALTRL NAGVRVHPKW NETMKVVSNF LEVGEYNAIA ATGMLWDSAQ AAEQKNGYLA QVLDEIRHTH QCAYVNYYFA K NGQDPAGH ...文字列: MALSTATKAA TDALAANRAP TSVNAQEVHR WLQSFNWDFK NNRTKYATKY KMANETKEQF KLIAKEYARM EAVKDERQFG SLQDALTRL NAGVRVHPKW NETMKVVSNF LEVGEYNAIA ATGMLWDSAQ AAEQKNGYLA QVLDEIRHTH QCAYVNYYFA K NGQDPAGH NDARRTRTIG PLWKGMKRVF SDGFISGDAV ECSLNLQLVG EACFTNPLIV AVTEWAAANG DEITPTVFLS IE TDELRHM ANGYQTVVSI ANDPASAKYL NTDLNNAFWT QQKYFTPVLG MLFEYGSKFK VEPWVKTWNR WVYEDWGGIW IGR LGKYGV ESPRSLKDAK QDAYWAHHDL YLLAYALWPT GFFRLALPDQ EEMEWFEANY PGWYDHYGKI YEEWRARGCE DPSS GFIPL MWFIENNHPI YIDRVSQVPF CPSLAKGAST LRVHEYNGQM HTFSDQWGER MWLAEPERYE CQNIFEQYEG RELSE VIAE LHGLRSDGKT LIAQPHVRGD KLWTLDDIKR LNCVFKNPVK AFN UniProtKB: Methane monooxygenase component A alpha chain |
-分子 #2: Methane monooxygenase component A beta chain
分子 | 名称: Methane monooxygenase component A beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methane monooxygenase (soluble) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.18466 KDa |
配列 | 文字列: MSMLGERRRG LTDPEMAAVI LKALPEAPLD GNNKMGYFVT PRWKRLTEYE ALTVYAQPNA DWIAGGLDWG DWTQKFHGGR PSWGNETTE LRTVDWFKHR DPLRRWHAPY VKDKAEEWRY TDRFLQGYSA DGQIRAMNPT WRDEFINRYW GAFLFNEYGL F NAHSQGAR ...文字列: MSMLGERRRG LTDPEMAAVI LKALPEAPLD GNNKMGYFVT PRWKRLTEYE ALTVYAQPNA DWIAGGLDWG DWTQKFHGGR PSWGNETTE LRTVDWFKHR DPLRRWHAPY VKDKAEEWRY TDRFLQGYSA DGQIRAMNPT WRDEFINRYW GAFLFNEYGL F NAHSQGAR EALSDVTRVS LAFWGFDKID IAQMIQLERG FLAKIVPGFD ESTAVPKAEW TNGEVYKSAR LAVEGLWQEV FD WNESAFS VHAVYDALFG QFVRREFFQR LAPRFGDNLT PFFINQAQTY FQIAKQGVQD LYYNCLGDDP EFSDYNRTVM RNW TGKWLE PTIAALRDFM GLFAKLPAGT TDKEEITASL YRVVDDWIED YASRIDFKAD RDQIVKAVLA GLK UniProtKB: Methane monooxygenase component A beta chain |
-分子 #3: Methane monooxygenase component A gamma chain
分子 | 名称: Methane monooxygenase component A gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methane monooxygenase (soluble) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.879732 KDa |
配列 | 文字列: MAKLGIHSND TRDAWVNKIA QLNTLEKAAE MLKQFRMDHT TPFRNSYELD NDYLWIEAKL EEKVAVLKAR AFNEVDFRHK TAFGEDAKS VLDGTVAKMN AAKDKWEAEK IHIGFRQAYK PPIMPVNYFL DGERQLGTRL MELRNLNYYD TPLEELRKQR G VRVVHLQS PH UniProtKB: Methane monooxygenase component A gamma chain |
-分子 #4: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 30 mM HEPES, pH 7, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 479000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |