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万見
- EMDB-25795: Structure of In-vitro Synthesized Cellulose Fibrils by Averaging ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25795
タイトルStructure of In-vitro Synthesized Cellulose Fibrils by Averaging non-overlapping subtograms of 10.9x26.5x10.9 nm
マップデータAverage of 10.9x26.5x10.9 nm subtograms of in-vitro synthesized cellulose fibrils.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: In-vitro synthesized cellulose microfibril
キーワードcellulose (セルロース) / microfibril / in-vitro synthesized / CARBOHYDRATE (炭水化物)
生物種Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Nixon BT / Frank MA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001090 米国
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Structure of -Synthesized Cellulose Fibrils Viewed by Cryo-Electron Tomography and C Natural-Abundance Dynamic Nuclear Polarization Solid-State NMR.
著者: Fabien Deligey / Mark A Frank / Sung Hyun Cho / Alex Kirui / Frederic Mentink-Vigier / Matthew T Swulius / B Tracy Nixon / Tuo Wang /
要旨: Cellulose, the most abundant biopolymer, is a central source for renewable energy and functionalized materials. synthesis of cellulose microfibrils (CMFs) has become possible using purified ...Cellulose, the most abundant biopolymer, is a central source for renewable energy and functionalized materials. synthesis of cellulose microfibrils (CMFs) has become possible using purified cellulose synthase (CESA) isoforms from and hybrid aspen. The exact nature of these fibrils remains unknown. Here, we characterize -synthesized fibers made by CESAs present in membrane fractions of over-expressing CESA5 by cryo-electron tomography and dynamic nuclear polarization (DNP) solid-state NMR. DNP enabled measuring two-dimensional C-C correlation spectra without isotope-labeling of the fibers. Results show structural similarity between fibrils and native CMF in plant cell walls. Intensity quantifications agree with the 18-chain structural model for plant CMF and indicate limited fibrillar bundling. The system thus reveals insights into cell wall synthesis and may contribute to novel cellulosic materials. The integrated DNP and cryo-electron tomography methods are also applicable to structural studies of other carbohydrate-based biomaterials.
履歴
登録2021年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Average of 10.9x26.5x10.9 nm subtograms of in-vitro synthesized cellulose fibrils.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 48 pix.
= 100.896 Å		2.1 Å/pix.
x 126 pix.
= 264.852 Å		2.1 Å/pix.
x 48 pix.
= 100.896 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.102 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 121.0
最小 - 最大117.998900000000006 - 133.603870000000001
平均 (標準偏差)124.781660000000002 (±2.9628575)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1264848
Spacing4812648
セルA: 100.895996 Å / B: 264.852 Å / C: 100.895996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In-vitro synthesized cellulose microfibril

全体名称: In-vitro synthesized cellulose microfibril
要素
  • 細胞器官・細胞要素: In-vitro synthesized cellulose microfibril

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超分子 #1: In-vitro synthesized cellulose microfibril

超分子名称: In-vitro synthesized cellulose microfibril / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
分子量理論値: 5.4 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -5.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.658 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 12 / 使用した粒子像数: 4384
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.12.8) / ソフトウェア - 詳細: 3dmod
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15.1) / 使用したサブトモグラム数: 4374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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