+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA dimer | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Csy / Cascade / CRISPR / anti-CRISPR / AcrIF24 / HYDROLASE-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Mukherjee IA / Chang L | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of AcrIF24 as an anti-CRISPR protein and transcriptional suppressor. 著者: Indranil Arun Mukherjee / Clinton Gabel / Nicholas Noinaj / Joseph Bondy-Denomy / Leifu Chang / ![]() 要旨: Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure ...Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure and mechanism of AcrIF24, an Acr protein that inhibits the type I-F CRISPR-Cas system from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF24 is a homodimer that associates with two copies of the surveillance complex (Csy) and prevents the hybridization between CRISPR RNA and target DNA. Furthermore, AcrIF24 functions as an anti-CRISPR-associated (Aca) protein to repress the transcription of the acrIF23-acrIF24 operon. Alone or in complex with Csy, AcrIF24 is capable of binding to the acrIF23-acrIF24 promoter DNA with nanomolar affinity. The structure of a Csy-AcrIF24-promoter DNA complex at 2.7 Å reveals the mechanism for transcriptional suppression. Our results reveal that AcrIF24 functions as an Acr-Aca fusion protein, and they extend understanding of the diverse mechanisms used by Acr proteins. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 63.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 146.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Csy-AcrIF
全体 | 名称: Csy-AcrIF |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Csy-AcrIF
超分子 | 名称: Csy-AcrIF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 400 kDa/nm |
-分子 #1: CRISPR-associated protein Csy1
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Pseudomonas / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 49.194168 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF EHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy1 |
-分子 #2: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 36.244074 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 21.427504 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARAL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQVTA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 |
-分子 #4: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.778594 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAS KPILSTASVL AFERKLDPSD ALMSAGAWAQ RDASQEWPAV TVREKSVRGT ISNRLKTKDR DPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADTL KVRFTLRVLG GAGTPSACND AAYRDKLLQT VATYVNDQGF AELARRYAHN L ANARFLWR ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAS KPILSTASVL AFERKLDPSD ALMSAGAWAQ RDASQEWPAV TVREKSVRGT ISNRLKTKDR DPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADTL KVRFTLRVLG GAGTPSACND AAYRDKLLQT VATYVNDQGF AELARRYAHN L ANARFLWR NRVGAEAVEV RINHIRQGEV ARAWRFDALA IGLRDFKADA ELDALAELIA SGLSGSGHVL LEVVAFARIG DG QEVFPSQ ELILDKGDKK GQKSKTLYSV RDAAAIHSQK IGNALRTIDT WYPDEDGLGP IAVEPYGSVT SQGKAYRQPK QKL DFYTLL DNWVLRDEAP AVEQQHYVIA NLIRGGVFGE AEEK UniProtKB: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 |
-分子 #5: AcrIF24
分子 | 名称: AcrIF24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.995271 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNAIHIGPFS ITPAARGLHY GGLPHHQWTL YYGPREMAIK TLPDSYTSSE VRDEFSDIIA EFVIDARHRY APDVLELVNS DGDAVLARV AVSRLPEALS GCIPDDRFPY WLLTASRPRL GLPVTLNEYT ALAVELSAPP LAWITGLLPG EVLTHDAEEW R PPTSWELR ...文字列: MNAIHIGPFS ITPAARGLHY GGLPHHQWTL YYGPREMAIK TLPDSYTSSE VRDEFSDIIA EFVIDARHRY APDVLELVNS DGDAVLARV AVSRLPEALS GCIPDDRFPY WLLTASRPRL GLPVTLNEYT ALAVELSAPP LAWITGLLPG EVLTHDAEEW R PPTSWELR HVVGEGSFTG VSGAAAAALL GMSATNFRKY TAGDSAANRQ KISFAAWHYL LDRLGVKRAS |
-分子 #6: RNA (61-MER)
分子 | 名称: RNA (61-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.538586 KDa |
配列 | 文字列: CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG AUUCACUGCC GUAUAGGCAG C GENBANK: GENBANK: HQ326201.1 |
-分子 #7: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP...
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3') タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.828798 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) |
-分子 #8: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP...
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*T)-3') タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.819784 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 406243 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |