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- EMDB-25787: C2-symmetric single-particle cryo-EM map of T. vaginalis FDPF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25787
タイトルC2-symmetric single-particle cryo-EM map of T. vaginalis FDPF3
マップデータC2-symmetric, sharpened, masked map of TvFDPF3
試料
  • 複合体: Dimeric assembly of TvFDPF3 N-terminal FDP-like domains
キーワードoxygen scavenging / fmn / nadh / flavodiiron protein / OXIDOREDUCTASE
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Bell TA / Chao LH
資金援助2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142495
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM121856
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: A natural fusion of flavodiiron, rubredoxin, and rubredoxin oxidoreductase domains is a self-sufficient water-forming oxidase of Trichomonas vaginalis.
著者: Evana N Abdulaziz / Tristan A Bell / Bazlur Rashid / Mina L Heacock / Tarik Begic / Owen S Skinner / Mohammad A Yaseen / Luke H Chao / Vamsi K Mootha / Antonio J Pierik / Valentin Cracan /
要旨: Microaerophilic pathogens such as Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, and Trichomonas vaginalis have robust oxygen consumption systems to detoxify oxygen and maintain intracellular redox balance. ...Microaerophilic pathogens such as Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, and Trichomonas vaginalis have robust oxygen consumption systems to detoxify oxygen and maintain intracellular redox balance. This oxygen consumption results from HO-forming NADH oxidase (NOX) activity of two distinct flavin-containing systems: HO-forming NOXes and multicomponent flavodiiron proteins (FDPs). Neither system is membrane bound, and both recycle NADH into oxidized NAD while simultaneously removing O from the local environment. However, little is known about the specific contributions of these systems in T. vaginalis. In this study, we use bioinformatics and biochemical analyses to show that T. vaginalis lacks a NOX-like enzyme and instead harbors three paralogous genes (FDPF1-3), each encoding a natural fusion product between the N-terminal FDP, central rubredoxin (Rb), and C-terminal NADH:Rb oxidoreductase domains. Unlike a "stand-alone" FDP that lacks Rb and oxidoreductase domains, this natural fusion protein with fully populated flavin redox centers directly accepts reducing equivalents of NADH to catalyze the four-electron reduction of oxygen to water within a single polypeptide with an extremely high turnover. Furthermore, using single-particle cryo-EM, we present structural insights into the spatial organization of the FDP core within this multidomain fusion protein. Together, these results contribute to our understanding of systems that allow protozoan parasites to maintain optimal redox balance and survive transient exposure to oxic conditions.
履歴
登録2021年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25787.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C2-symmetric, sharpened, masked map of TvFDPF3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.06294447 - 0.09495563
平均 (標準偏差)0.00012491332 (±0.0026372948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: C2-symmetric, sharpened, unmasked map of TvFDPF3

ファイルemd_25787_additional_1.map
注釈C2-symmetric, sharpened, unmasked map of TvFDPF3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 from masked refinement of C2-symmetric map...

ファイルemd_25787_half_map_1.map
注釈Half-map 1 from masked refinement of C2-symmetric map prior to sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 from masked refinement of C2-symmetric map...

ファイルemd_25787_half_map_2.map
注釈Half-map 2 from masked refinement of C2-symmetric map prior to sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric assembly of TvFDPF3 N-terminal FDP-like domains

全体名称: Dimeric assembly of TvFDPF3 N-terminal FDP-like domains
要素
  • 複合体: Dimeric assembly of TvFDPF3 N-terminal FDP-like domains

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超分子 #1: Dimeric assembly of TvFDPF3 N-terminal FDP-like domains

超分子名称: Dimeric assembly of TvFDPF3 N-terminal FDP-like domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Resolved portion of full-lengh TvFDPF3
由来(天然)生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) / 株: C-1:NIH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 3.9 kPa
詳細: Grid was washed twice with chloroform and air dried prior to glow discharge and sample application.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting condition: 5 s at +15 blotting force..
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7398 / 平均電子線量: 54.5 e/Å2 / 詳細: Images were collected as 51-frame movies.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1511632
詳細: All micrographs were imported into CryoSPARC and preprocessed using the CryoSPARC internal Patch Motion Correction and Patch CTF Estimation jobs. An initial particle set was generated by blob ...詳細: All micrographs were imported into CryoSPARC and preprocessed using the CryoSPARC internal Patch Motion Correction and Patch CTF Estimation jobs. An initial particle set was generated by blob picking particles between 80 and 180 angstroms in diameter from all micrographs. These particles were twice sequentially subjected to 2D classification, and the best classes selected. The micrographs were then manually curated to remove images with minimum CTF fits of 9 angstrom or greater. After curation, 6,938 of the original 7,398 movies remained under consideration. The 2D classes selected from blob picking were used to train a Topaz model, and the model was used to pick particles from the curated micrographs. Duplicate particles were removed by excluding particles with a center within 125 angstrom of another particle.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Model generated ab initio in RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 53709
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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