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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25775 | |||||||||
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タイトル | Structure of STEAP2 in complex with ligands | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane-embedded oxidoreductase / membrane protein / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 copper ion import across plasma membrane / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / iron ion import across plasma membrane / cupric reductase (NADH) activity / copper ion import / regulated exocytosis / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / response to hormone ...copper ion import across plasma membrane / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / iron ion import across plasma membrane / cupric reductase (NADH) activity / copper ion import / regulated exocytosis / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / response to hormone / endocytosis / early endosome / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang L / Chen KH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Mechanism of stepwise electron transfer in six-transmembrane epithelial antigen of the prostate (STEAP) 1 and 2. 著者: Kehan Chen / Lie Wang / Jiemin Shen / Ah-Lim Tsai / Ming Zhou / Gang Wu / 要旨: Six transmembrane epithelial antigen of the prostate (STEAP) 1-4 are membrane-embedded hemoproteins that chelate a heme prosthetic group in a transmembrane domain (TMD). STEAP2-4, but not STEAP1, ...Six transmembrane epithelial antigen of the prostate (STEAP) 1-4 are membrane-embedded hemoproteins that chelate a heme prosthetic group in a transmembrane domain (TMD). STEAP2-4, but not STEAP1, have an intracellular oxidoreductase domain (OxRD) and can mediate cross-membrane electron transfer from NADPH via FAD and heme. However, it is unknown whether STEAP1 can establish a physiologically relevant electron transfer chain. Here, we show that STEAP1 can be reduced by reduced FAD or soluble cytochrome reductase that serves as a surrogate OxRD, providing the first evidence that STEAP1 can support a cross-membrane electron transfer chain. It is not clear whether FAD, which relays electrons from NADPH in OxRD to heme in TMD, remains constantly bound to the STEAPs. We found that FAD reduced by STEAP2 can be utilized by STEAP1, suggesting that FAD is diffusible rather than staying bound to STEAP2. We determined the structure of human STEAP2 in complex with NADP and FAD to an overall resolution of 3.2 Å by cryo-electron microscopy and found that the two cofactors bind STEAP2 similarly as in STEAP4, suggesting that a diffusible FAD is a general feature of the electron transfer mechanism in the STEAPs. We also demonstrated that STEAP2 reduces ferric nitrilotriacetic acid (Fe-NTA) significantly slower than STEAP1 and proposed that the slower reduction is due to the poor Fe-NTA binding to the highly flexible extracellular region in STEAP2. These results establish a solid foundation for understanding the function and mechanisms of the STEAPs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25775.map.gz | 26.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25775-v30.xml emd-25775.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25775.png | 66 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25775.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_25775_half_map_1.map.gz emd_25775_half_map_2.map.gz | 48.5 MB 48.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25775 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25775 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25775_validation.pdf.gz | 733.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25775_full_validation.pdf.gz | 733.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25775_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25775_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25775 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25775 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7taiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.069 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25775_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25775_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homo-trimeric complex of STEAP2
全体 | 名称: Homo-trimeric complex of STEAP2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Homo-trimeric complex of STEAP2
超分子 | 名称: Homo-trimeric complex of STEAP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56 KDa |
-分子 #1: Metalloreductase STEAP2
分子 | 名称: Metalloreductase STEAP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO EC番号: 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.115305 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MESISMMGSP KSLSETFLPN GINGIKDARK VTVGVIGSGD FAKSLTIRLI RCGYHVVIGS RNPKFASEFF PHVVDVTHHE DALTKTNII FVAIHREHYT SLWDLRHLLV GKILIDVSNN MRINQYPESN AEYLASLFPD SLIVKGFNVV SAWALQLGPK D ASRQVYIC ...文字列: MESISMMGSP KSLSETFLPN GINGIKDARK VTVGVIGSGD FAKSLTIRLI RCGYHVVIGS RNPKFASEFF PHVVDVTHHE DALTKTNII FVAIHREHYT SLWDLRHLLV GKILIDVSNN MRINQYPESN AEYLASLFPD SLIVKGFNVV SAWALQLGPK D ASRQVYIC SNNIQARQQV IELARQLNFI PIDLGSLSSA REIENLPLRL FTLWRGPVVV AISLATFFFL YSFVRDVIHP YA RNQQSDF YKIPIEIVNK TLPIVAITLL SLVYLAGLLA AAYQLYYGTK YRRFPPWLET WLQCRKQLGL LSFFFAMVHV AYS LCLPMR RSERYLFLNM AYQQVHANIE NSWNEEEVWR IEMYISFGIM SLGLLSLLAV TSIPSVSNAL NWREFSFIQS TLGY VALLI STFHVLIYGW KRAFEEEYYR FYTPPNFVLA LVLPSIVILG KIILFLPCIS RKLKRIKKGW EKSQFLEEGM GGTIP HVSP ERVTVM UniProtKB: Metalloreductase STEAP2 |
-分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ChemComp-FAD: |
-分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-分子 #4: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAP |
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分子量 | 理論値: 743.405 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAP: |
-分子 #5: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子 | 名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: LBN |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-LBN: |
-分子 #6: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 305849 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |