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- EMDB-2573: SA11 Rotavirus non-trypsinized Triple Layered Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2573
タイトルSA11 Rotavirus non-trypsinized Triple Layered Particle
マップデータ3DR of non-trypsinized SA11 strain rotavirus Triple Layered Particle
試料
  • 試料: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus
  • ウイルス: Simian rotavirus A/SA11 (ウイルス)
キーワードvirus assembly / rotavirus / Proteolysis
生物種Simian rotavirus A/SA11 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.4 Å
データ登録者Rodriguez JM / Chichon FJ / Martin-Forero E / Gonzalez-Camacho F / Carrascosa JL / Caston JR / Luque D
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014
タイトル: New insights into rotavirus entry machinery: stabilization of rotavirus spike conformation is independent of trypsin cleavage.
著者: Javier M Rodríguez / Francisco J Chichón / Esther Martín-Forero / Fernando González-Camacho / José L Carrascosa / José R Castón / Daniel Luque /
要旨: The infectivity of rotavirus, the main causative agent of childhood diarrhea, is dependent on activation of the extracellular viral particles by trypsin-like proteases in the host intestinal lumen. ...The infectivity of rotavirus, the main causative agent of childhood diarrhea, is dependent on activation of the extracellular viral particles by trypsin-like proteases in the host intestinal lumen. This step entails proteolytic cleavage of the VP4 spike protein into its mature products, VP8* and VP5*. Previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis of trypsin-activated particles showed well-resolved spikes, although no density was identified for the spikes in uncleaved particles; these data suggested that trypsin activation triggers important conformational changes that give rise to the rigid, entry-competent spike. The nature of these structural changes is not well understood, due to lack of data relative to the uncleaved spike structure. Here we used cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to characterize the structure of the uncleaved virion in two model rotavirus strains. Cryo-EM three-dimensional reconstruction of uncleaved virions showed spikes with a structure compatible with the atomic model of the cleaved spike, and indistinguishable from that of digested particles. Cryo-ET and subvolume average, combined with classification methods, resolved the presence of non-icosahedral structures, providing a model for the complete structure of the uncleaved spike. Despite the similar rigid structure observed for uncleaved and cleaved particles, trypsin activation is necessary for successful infection. These observations suggest that the spike precursor protein must be proteolytically processed, not to achieve a rigid conformation, but to allow the conformational changes that drive virus entry.
履歴
登録2014年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月12日-
マップ公開2014年6月11日-
更新2014年6月11日-
現状2014年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.56
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.56
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2573.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 233.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3DR of non-trypsinized SA11 strain rotavirus Triple Layered Particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 397 pix.
= 1008.38 Å		2.54 Å/pix.
x 397 pix.
= 1008.38 Å		2.54 Å/pix.
x 397 pix.
= 1008.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.56 / ムービー #1: 2.56
最小 - 最大-4.69388437 - 9.484273910000001
平均 (標準偏差)0.89201516 (±1.8383826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ397397397
Spacing397397397
セルA=B=C: 1008.38 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z397397397
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1008.3801008.3801008.380
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS397397397
D min/max/mean-4.6949.4840.892

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus

全体名称: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus
要素
  • 試料: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus
  • ウイルス: Simian rotavirus A/SA11 (ウイルス)

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超分子 #1000: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus

超分子名称: Non-trypsinized Triple Layered Particle from SA11 strain rotavirus
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Simian rotavirus A/SA11

超分子名称: Simian rotavirus A/SA11 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10923 / 生物種: Simian rotavirus A/SA11 / Sci species strain: SA11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Simiiformes (哺乳類) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Tris 25 mM, Na2HPO3 0.7 mM, NaCl 136.9 mM, KCl 5.1 mM, Glucose 5.6 mM, MgCl2 1 mM, CaCl2 1 mM
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane
グリッド詳細: R 2/2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2010年7月1日
撮影デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 83 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping & amplitude decay
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 3421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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