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- EMDB-25702: Flagellar motor of Hylemonella gracilis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25702
タイトルFlagellar motor of Hylemonella gracilis
マップデータFlagellar motor of Hylemonella gracilis
試料
  • 細胞: Hylemonella gracilis
生物種Hylemonella gracilis ATCC 19624 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 74.0 Å
データ登録者Kaplan M / Oikonomou CM / Wood CR / Chreifi G / Subramanian P / Ortega DR / Chang YW / Beeby M / Shaffer LS / Jensen GJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM130456 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Novel transient cytoplasmic rings stabilize assembling bacterial flagellar motors.
著者: Mohammed Kaplan / Catherine M Oikonomou / Cecily R Wood / Georges Chreifi / Poorna Subramanian / Davi R Ortega / Yi-Wei Chang / Morgan Beeby / Carrie L Shaffer / Grant J Jensen /
要旨: The process by which bacterial cells build their intricate flagellar motility apparatuses has long fascinated scientists. Our understanding of this process comes mainly from studies of purified ...The process by which bacterial cells build their intricate flagellar motility apparatuses has long fascinated scientists. Our understanding of this process comes mainly from studies of purified flagella from two species, Escherichia coli and Salmonella enterica. Here, we used electron cryo-tomography (cryo-ET) to image the assembly of the flagellar motor in situ in diverse Proteobacteria: Hylemonella gracilis, Helicobacter pylori, Campylobacter jejuni, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, and Shewanella oneidensis. Our results reveal the in situ structures of flagellar intermediates, beginning with the earliest flagellar type III secretion system core complex (fT3SScc) and MS-ring. In high-torque motors of Beta-, Gamma-, and Epsilon-proteobacteria, we discovered novel cytoplasmic rings that interact with the cytoplasmic torque ring formed by FliG. These rings, associated with the MS-ring, assemble very early and persist until the stators are recruited into their periplasmic ring; in their absence the stator ring does not assemble. By imaging mutants in Helicobacter pylori, we found that the fT3SScc proteins FliO and FliQ are required for the assembly of these novel cytoplasmic rings. Our results show that rather than a simple accretion of components, flagellar motor assembly is a dynamic process in which accessory components interact transiently to assist in building the complex nanomachine.
履歴
登録2021年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25702.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Flagellar motor of Hylemonella gracilis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
19.73 Å/pix.
x 60 pix.
= 1183.8 Å		19.73 Å/pix.
x 90 pix.
= 1775.7 Å		19.73 Å/pix.
x 60 pix.
= 1183.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 19.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 125.0
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)98.808266 (±15.390939)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ906060
Spacing609060
セルA: 1183.7999 Å / B: 1775.7 Å / C: 1183.7999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hylemonella gracilis

全体名称: Hylemonella gracilis (バクテリア)
要素
  • 細胞: Hylemonella gracilis

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超分子 #1: Hylemonella gracilis

超分子名称: Hylemonella gracilis / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Hylemonella gracilis ATCC 19624 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 15.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 74.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 86
抽出トモグラム数: 76 / 使用した粒子像数: 86
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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