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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25663 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with Three (3) RBDs Up, Bound to Antibody 2-7 scFv, composite map | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | virus (ウイルス) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / SARS CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / spike / 2-7 / D614G (SARSコロナウイルス2の変異株) / RBD / 3 RBDs up / three RBDs up / scFv (単鎖可変領域フラグメント) / complex / phage display / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / local refinement / focused refinement / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne PO / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: IgG-like bispecific antibodies with potent and synergistic neutralization against circulating SARS-CoV-2 variants of concern. 著者: Matthew R Chang / Luke Tomasovic / Natalia A Kuzmina / Adam J Ronk / Patrick O Byrne / Rebecca Johnson / Nadia Storm / Eduardo Olmedillas / Yixuan J Hou / Alexandra Schäfer / Sarah R Leist / ...著者: Matthew R Chang / Luke Tomasovic / Natalia A Kuzmina / Adam J Ronk / Patrick O Byrne / Rebecca Johnson / Nadia Storm / Eduardo Olmedillas / Yixuan J Hou / Alexandra Schäfer / Sarah R Leist / Longping V Tse / Hanzhong Ke / Christian Coherd / Katrina Nguyen / Maliwan Kamkaew / Anna Honko / Quan Zhu / Galit Alter / Erica Ollmann Saphire / Jason S McLellan / Anthony Griffiths / Ralph S Baric / Alexander Bukreyev / Wayne A Marasco / 要旨: Monoclonal antibodies are a promising approach to treat COVID-19, however the emergence of SARS-CoV-2 variants has challenged the efficacy and future of these therapies. Antibody cocktails are being ...Monoclonal antibodies are a promising approach to treat COVID-19, however the emergence of SARS-CoV-2 variants has challenged the efficacy and future of these therapies. Antibody cocktails are being employed to mitigate these challenges, but neutralization escape remains a major challenge and alternative strategies are needed. Here we present two anti-SARS-CoV-2 spike binding antibodies, one Class 1 and one Class 4, selected from our non-immune human single-chain variable fragment (scFv) phage library, that are engineered into four, fully-human IgG-like bispecific antibodies (BsAb). Prophylaxis of hACE2 mice and post-infection treatment of golden hamsters demonstrates the efficacy of the monospecific antibodies against the original Wuhan strain, while promising in vitro results with the BsAbs demonstrate enhanced binding and distinct synergistic effects on neutralizing activity against circulating variants of concern. In particular, one BsAb engineered in a tandem scFv-Fc configuration shows synergistic neutralization activity against several variants of concern including B.1.617.2. This work provides evidence that synergistic neutralization can be achieved using a BsAb scaffold, and serves as a foundation for the future development of broadly reactive BsAbs against emerging variants of concern. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25663.map.gz | 295.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25663-v30.xml emd-25663.xml | 29.1 KB 29.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25663_fsc.xml | 15.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25663.png | 53.7 KB | ||
マスクデータ | emd_25663_msk_1.map emd_25663_msk_2.map emd_25663_msk_3.map | 325 MB 325 MB 325 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25663.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_25663_additional_1.map.gz emd_25663_additional_2.map.gz emd_25663_additional_3.map.gz emd_25663_additional_4.map.gz emd_25663_additional_5.map.gz emd_25663_half_map_1.map.gz emd_25663_half_map_2.map.gz | 160.2 MB 306.7 MB 160.2 MB 300.9 MB 300.9 MB 301.4 MB 301.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25663 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25663 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7t3mMC 7t67C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+マスク #1
+マスク #2
+マスク #3
+追加マップ: #5
+追加マップ: #4
+追加マップ: #3
+追加マップ: #2
+追加マップ: #1
+ハーフマップ: #2
+ハーフマップ: #1
-試料の構成要素
-全体 : Complex of SARS CoV-2 S, Spike Glycoprotein, variant D614G with A...
全体 | 名称: Complex of SARS CoV-2 S, Spike Glycoprotein, variant D614G with Antibody 2-7 scFv |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of SARS CoV-2 S, Spike Glycoprotein, variant D614G with A...
超分子 | 名称: Complex of SARS CoV-2 S, Spike Glycoprotein, variant D614G with Antibody 2-7 scFv タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 127.00293 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFK UniProtKB: スパイクタンパク質 |
-分子 #2: Antibody 2-7 scFv
分子 | 名称: Antibody 2-7 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 30.570977 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKHLWFFLLL VAAAQPAMAQ VTLKESGPTR VKPTQTLTLT CTFSGFSLST TGVGVGWIRQ PPGKALEWLA LIYWNDDKRY SPSLKSRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDPV DTATYYCARI SGSGYFYPFD IWGQGTTVTV SSGGGGSGGG GSGGGGSNFM L TQPHSVSE ...文字列: MKHLWFFLLL VAAAQPAMAQ VTLKESGPTR VKPTQTLTLT CTFSGFSLST TGVGVGWIRQ PPGKALEWLA LIYWNDDKRY SPSLKSRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDPV DTATYYCARI SGSGYFYPFD IWGQGTTVTV SSGGGGSGGG GSGGGGSNFM L TQPHSVSE SPGKTVTISC TRSSGSIASN YVQWYQQRPG SSPTTVIYED NQRPSGVPDR FSGSIDSSSN SASLTISGLK AE DEADYYC QSYDSSSLWV FGGGTKLTVL GQPKAAPSAA ALEHHHHHH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 45 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |