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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | SIVmac239.K180S SOSIP in complex with FZ019.2 Fab | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
![]() | Berndsen ZT | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular insights into antibody-mediated protection against the prototypic simian immunodeficiency virus. 著者: Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / ...著者: Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Oliver Limbo / Ge Song / Peter Yong / Sean Callaghan / Jessica Coppola / Kim L Weisgrau / Jeffrey D Lifson / Rebecca Nedellec / Thomas B Voigt / Fernanda Laurino / Johan Louw / Brandon C Rosen / Michael Ricciardi / Max Crispin / Ronald C Desrosiers / Eva G Rakasz / David I Watkins / Raiees Andrabi / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Devin Sok / ![]() ![]() 要旨: SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing ...SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing antibodies (nAbs) to protect against SIVmac239 remain unknown. Here, we report the isolation of SIVmac239 nAbs that recognize a glycan hole and the V1/V4 loop. A high-resolution structure of a SIVmac239 Env trimer-nAb complex shows many similarities to HIV and SIVcpz Envs, but with distinct V4 features and an extended V1 loop. Moreover, SIVmac239 Env has a higher glycan shield density than HIV Env that may contribute to poor or delayed nAb responses in SIVmac239-infected macaques. Passive transfer of a nAb protects macaques from repeated intravenous SIVmac239 challenge at serum titers comparable to those described for protection of humans against HIV infection. Our results provide structural insights for vaccine design and shed light on antibody-mediated protection in the SIV model. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 3.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.0195 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 1 copy of FZ019.2 Fab
全体 | 名称: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 1 copy of FZ019.2 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 1 copy of FZ019.2 Fab
超分子 | 名称: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 1 copy of FZ019.2 Fab タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SIVmac239.K180S SOSIP
分子 | 名称: SIVmac239.K180S SOSIP / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGCLGNQLLI AILLLSVYGI YCTLYVTVFY GVPAWRNATI PLFCATKNRD TWGTTQCLPD NGDYSEMALN VTESFDAWNN TVTEQAIEDV WQLFETSIKP CVKLSPLCIT MRCNKSETDR WGLTKSITTT ASTTSTTASA KVDMVNETSS CIAQDNCTGL EQEQMISCKF ...文字列: MGCLGNQLLI AILLLSVYGI YCTLYVTVFY GVPAWRNATI PLFCATKNRD TWGTTQCLPD NGDYSEMALN VTESFDAWNN TVTEQAIEDV WQLFETSIKP CVKLSPLCIT MRCNKSETDR WGLTKSITTT ASTTSTTASA KVDMVNETSS CIAQDNCTGL EQEQMISCKF NMTGLKRDKS KEYNETWYSA DLVCEQGNNT GNESRCYMNH CNTSVIQESC DKHYWDAIRF RYCAPPGYAL LRCNDTNYSG FMPKCSKVVV SSCTRMMETQ TSTWFGFNGT RAENRTYIYW HGRDNRTIIS LNKYYNLTMK CRRPGNKTVL PVTIMSGLVF HSQPINDRPK QAWCWFGGKW KDAIKEVKQT IVKHPRYTGT NNTDKINLTA PGGGDPEVTF MWTNCRGEFL YCKMNWFLNW VEDRNTANQK PKEQHKRNYV PCHIRQIINT WHKVGKNVYL PPREGDLTCN STVTSLIANI DWIDGNQTNI TMSAEVAELY RLELGDYKLV EITPIGLAPT SCKRYTTGGT SRRRRRRGVF VLGFLGFLAT AGSAMGAASL TLTAQSRTLL AGIVQQQQQL LDVPKRQQEL LRLTVWGTKN LQTRVTAIEK YLKDQAQLNA WGCAFRQVCC TTVPWPNASL IPKWNNETWQ EWERKVDFLE ENITALLEEA QIQQEKNMYE LQKLNGSGHH HHHHHH |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #2: FZ019.2 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: FZ019.2 Fab Heavy Chain / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSVT ANYYWNWIRQ PPGKGLEWIG NVYGNALVNY YNPSLKSRIT ISKDIFKDQF FLKLSSVTAA DTAVYYCARR GGNQYNYFDV WGPGVLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG ...文字列: EVQLVESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSVT ANYYWNWIRQ PPGKGLEWIG NVYGNALVNY YNPSLKSRIT ISKDIFKDQF FLKLSSVTAA DTAVYYCARR GGNQYNYFDV WGPGVLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSC |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #3: FZ019.2 Fab Light Chain
分子 | 名称: FZ019.2 Fab Light Chain / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QAGLTQPASL SASPGASASL TCTFSGGINV TGYHIFWYQQ KPGSPPRFLL RYKSDSDKGQ GSGVPSRFSG SKHVSANTGI FRISGLQSED EADYYCAIDH SSGDVFGSGT KLTVLGQPKA APSVTLFPPS SEELQANKAT LVCLISDFYP GAVTVAWKAD SSPVKAGVET ...文字列: QAGLTQPASL SASPGASASL TCTFSGGINV TGYHIFWYQQ KPGSPPRFLL RYKSDSDKGQ GSGVPSRFSG SKHVSANTGI FRISGLQSED EADYYCAIDH SSGDVFGSGT KLTVLGQPKA APSVTLFPPS SEELQANKAT LVCLISDFYP GAVTVAWKAD SSPVKAGVET TTPSKQSNNK YAASSYLSLT PEQWKSHKSY SCQVTHEGST VEKTVAPTEC S |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |