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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25568 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation | |||||||||||||||
マップデータ | Density modified map (with resolve_cryo_em) | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | sliding clamp / DNA replication / AAA+ / clamp loader / REPLICATION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex ...DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / DNA clamp loader activity / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / PCNA complex / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication checkpoint signaling / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / translesion synthesis / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gaubitz C / Demo G / Stone NP / Hayes JA / Liu X / Pajak J / Kelch BA | |||||||||||||||
資金援助 | チェコ, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures reveal high-resolution mechanism of a DNA polymerase sliding clamp loader. 著者: Christl Gaubitz / Xingchen Liu / Joshua Pajak / Nicholas P Stone / Janelle A Hayes / Gabriel Demo / Brian A Kelch / 要旨: Sliding clamps are ring-shaped protein complexes that are integral to the DNA replication machinery of all life. Sliding clamps are opened and installed onto DNA by clamp loader AAA+ ATPase complexes. ...Sliding clamps are ring-shaped protein complexes that are integral to the DNA replication machinery of all life. Sliding clamps are opened and installed onto DNA by clamp loader AAA+ ATPase complexes. However, how a clamp loader opens and closes the sliding clamp around DNA is still unknown. Here, we describe structures of the clamp loader Replication Factor C (RFC) bound to its cognate sliding clamp Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) en route to successful loading. RFC first binds to PCNA in a dynamic, closed conformation that blocks both ATPase activity and DNA binding. RFC then opens the PCNA ring through a large-scale 'crab-claw' expansion of both RFC and PCNA that explains how RFC prefers initial binding of PCNA over DNA. Next, the open RFC:PCNA complex binds DNA and interrogates the primer-template junction using a surprising base-flipping mechanism. Our structures indicate that initial PCNA opening and subsequent closure around DNA do not require ATP hydrolysis, but are driven by binding energy. ATP hydrolysis, which is necessary for RFC release, is triggered by interactions with both PCNA and DNA, explaining RFC's switch-like ATPase activity. Our work reveals how a AAA+ machine undergoes dramatic conformational changes for achieving binding preference and substrate remodeling. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25568.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25568-v30.xml emd-25568.xml | 24.2 KB 24.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25568_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25568.png | 48.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25568.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_25568_additional_1.map.gz emd_25568_half_map_1.map.gz emd_25568_half_map_2.map.gz | 40.7 MB 40.7 MB 40.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25568 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25568_validation.pdf.gz | 824.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25568_full_validation.pdf.gz | 824.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25568_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25568_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25568 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Density modified map (with resolve_cryo_em) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_25568_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25568_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25568_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Replication Factor C (RFC), the eukaryotic clamp loader
全体 | 名称: Replication Factor C (RFC), the eukaryotic clamp loader |
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要素 |
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-超分子 #1: Replication Factor C (RFC), the eukaryotic clamp loader
超分子 | 名称: Replication Factor C (RFC), the eukaryotic clamp loader タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 336 KDa |
-分子 #1: Rfc1
分子 | 名称: Rfc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVNISDFFGK NKKSVRSSTS RPTRQVGSSK PEVIDLDTES DQESTNKTPK KMPVSNVIDV SETPEGEKKL PLPAKRKASS PTVKPASSKK TKPSSKSSDS ASNITAQDVL DKIPSLDLSN VHVKENAKFD FKSANSNADP DEIVSEIGSF PEGKPNCLLG LTIVFTGVLP ...文字列: MVNISDFFGK NKKSVRSSTS RPTRQVGSSK PEVIDLDTES DQESTNKTPK KMPVSNVIDV SETPEGEKKL PLPAKRKASS PTVKPASSKK TKPSSKSSDS ASNITAQDVL DKIPSLDLSN VHVKENAKFD FKSANSNADP DEIVSEIGSF PEGKPNCLLG LTIVFTGVLP TLERGASEAL AKRYGARVTK SISSKTSVVV LGDEAGPKKL EKIKQLKIKA IDEEGFKQLI AGMPAEGGDG EAAEKARRKL EEQHNIATKE AELLVKKEEE RSKKLAATRV SGGHLERDNV VREEDKLWTV KYAPTNLQQV CGNKGSVMKL KNWLANWENS KKNSFKHAGK DGSGVFRAAM LYGPPGIGKT TAAHLVAQEL GYDILEQNAS DVRSKTLLNA GVKNALDNMS VVGYFKHNEE AQNLNGKHFV IIMDEVDGMS GGDRGGVGQL AQFCRKTSTP LILICNERNL PKMRPFDRVC LDIQFRRPDA NSIKSRLMTI AIREKFKLDP NVIDRLIQTT RGDIRQVINL LSTISTTTKT INHENINEIS KAWEKNIALK PFDIAHKMLD GQIYSDIGSR NFTLNDKIAL YFDDFDFTPL MIQENYLSTR PSVLKPGQSH LEAVAEAANC ISLGDIVEKK IRSSEQLWSL LPLHAVLSSV YPASKVAGHM AGRINFTAWL GQNSKSAKYY RLLQEIHYHT RLGTSTDKIG LRLDYLPTFR KRLLDPFLKQ GADAISSVIE VMDDYYLTKE DWDSIMEFFV GPDVTTAIIK KIPATVKSGF TRKYNSMTHP VAIYRTGSTI GGGGVGTSTS TPDFEDVVDA DDNPVPADDE ETQDSSTDLK KDKLIKQKAK PTKRKTATSK PGGSKKRKTK A UniProtKB: Replication factor C subunit 1 |
-分子 #2: Rfc2
分子 | 名称: Rfc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMKS RILELNASDE RGISIVREKV KNFARLTVSK PSKHDLENYP CPPYKIIILD EADSMTADAQ SALRRTMETY SGVTRFCLIC ...文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMKS RILELNASDE RGISIVREKV KNFARLTVSK PSKHDLENYP CPPYKIIILD EADSMTADAQ SALRRTMETY SGVTRFCLIC NYVTRIIDPL ASRCSKFRFK ALDASNAIDR LRFISEQENV KCDDGVLERI LDISAGDLRR GITLLQSASK GAQYLGDGKN ITSTQVEELA GVVPHDILIE IVEKVKSGDF DEIKKYVNTF MKSGWSAASV VNQLHEYYIT NDNFDTNFKN QISWLLFTTD SRLNNGTNEH IQLLNLLVKI SQL UniProtKB: Replication factor C subunit 2 |
-分子 #4: Rfc4
分子 | 名称: Rfc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVVR NQIKHFAQKK LHLPPGKHKI VILDEADSMT AGAQQALRRT MELYSNSTRF AFACNQSNKI IEPLQSRCAI LRYSKLSDED ...文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVVR NQIKHFAQKK LHLPPGKHKI VILDEADSMT AGAQQALRRT MELYSNSTRF AFACNQSNKI IEPLQSRCAI LRYSKLSDED VLKRLLQIIK LEDVKYTNDG LEAIIFTAEG DMRQAINNLQ STVAGHGLVN ADNVFKIVDS PHPLIVKKML LASNLEDSIQ ILRTDLWKKG YSSIDIVTTS FRVTKNLAQV KESVRLEMIK EIGLTHMRIL EGVGTYLQLA SMLAKIHKLN NKA UniProtKB: Replication factor C subunit 4 |
-分子 #5: Rfc5
分子 | 名称: Rfc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVSS PYHLEITPSD MGNNDRIVIQ ELLKEVAQME QVDFQDSKDG LAHRYKCVII NEANSLTKDA QAALRRTMEK YSKNIRLIMV ...文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVSS PYHLEITPSD MGNNDRIVIQ ELLKEVAQME QVDFQDSKDG LAHRYKCVII NEANSLTKDA QAALRRTMEK YSKNIRLIMV CDSMSPIIAP IKSRCLLIRC PAPSDSEIST ILSDVVTNER IQLETKDILK RIAQASNGNL RVSLLMLESM ALNNELALKS SSPIIKPDWI IVIHKLTRKI VKERSVNSLI ECRAVLYDLL AHCIPANIIL KELTFSLLDV ETLNTTNKSS IIEYSSVFDE RLSLGNKAIF HLEGFIAKVM CCLD UniProtKB: Replication factor C subunit 5 |
-分子 #6: PCNA
分子 | 名称: PCNA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: GPHMASMLEA KFEEASLFKR IIDGFKDCV QLVNFQCKED G IIAQAVDD SRVLLVSLEI GV EAFQEYR CDHPVTLGMD LTS LSKILR CGNNTDTLTL IADN TPDSI ILLFEDTKKD RIAEY SLKL MDIDADFLKI EELQYD STL SLPSSEFSKI VRDLSQL SD ...文字列: GPHMASMLEA KFEEASLFKR IIDGFKDCV QLVNFQCKED G IIAQAVDD SRVLLVSLEI GV EAFQEYR CDHPVTLGMD LTS LSKILR CGNNTDTLTL IADN TPDSI ILLFEDTKKD RIAEY SLKL MDIDADFLKI EELQYD STL SLPSSEFSKI VRDLSQL SD SINIMITKET IKFVADGD I GSGSVIIKPF VDMEHPETS IKLEMDQPVD LTFGAKYLLD IIKGSSLSD RVGIRLSSEA P ALFQFDLK SGFLQFFLAP KFNDEE |
-分子 #3: Rfc3
分子 | 名称: Rfc3 / タイプ: rna / ID: 3 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRGI DVVRNQIKDF ASTRQIFSKG FKLIILDEAD AMTNAAQNAL RRVIERYTKN TRFCVLANYA HKLTPALLSR CTRFRFQPLP ...文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRGI DVVRNQIKDF ASTRQIFSKG FKLIILDEAD AMTNAAQNAL RRVIERYTKN TRFCVLANYA HKLTPALLSR CTRFRFQPLP QEAIERRIAN VLVHEKLKLS PNAEKALIEL SNGDMRRVLN VLQSCKATLD NPDEDEISDD VIYECCGAPR PSDLKAVLKS ILEDDWGTAH YTLNKVRSAK GLALIDLIEG IVKILEDYEL QNEETRVHLL TKLADIEYSI SKGGNDQIQG SAVIGAIKAS FENETVKANV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 6109 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7thj: |