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万見
- EMDB-25472: Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide-target RNA complex i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25472
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide-target RNA complex in a central duplex conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: AtAgo10-guide-target RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute 10
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードmiRNA / siRNA / RNA silencing / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / plant (植物) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA binding / 色素体 / somatic stem cell population maintenance / RNA endonuclease activity / regulation of translation ...regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA binding / 色素体 / somatic stem cell population maintenance / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain ...Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute 10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Xiao Y / MacRae IJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127090 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: The molecular mechanism of microRNA duplex selectivity of Arabidopsis ARGONAUTE10.
著者: Yao Xiao / Ian J MacRae /
要旨: Small RNAs (sRNAs), including microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs), are essential gene regulators for plant and animal development. The loading of sRNA duplexes into the proper ...Small RNAs (sRNAs), including microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs), are essential gene regulators for plant and animal development. The loading of sRNA duplexes into the proper ARGONAUTE (AGO) protein is a key step to forming a functional silencing complex. In Arabidopsis thaliana, the specific loading of miR166/165 into AGO10 (AtAGO10) is critical for the maintenance of the shoot apical meristem, the source of all shoot organs, but the mechanism by which AtAGO10 distinguishes miR166/165 from other cellular miRNAs is not known. Here, we show purified AtAGO10 alone lacks loading selectivity towards miR166/165 duplexes. However, phosphate and HSP chaperone systems reshape the selectivity of AtAGO10 to its physiological substrates. A loop in the AtAGO10 central cleft is essential for recognizing specific mismatches opposite the guide strand 3' region in miR166/165 duplexes. Replacing this loop with the equivalent loop from Homo sapiens AGO2 (HsAGO2) changes AtAGO10 miRNA loading behavior such that 3' region mismatches are ignored and mismatches opposite the guide 5' end instead drive loading, as in HsAGO2. Thus, this study uncovers the molecular mechanism underlying the miR166/165 selectivity of AtAGO10, essential for plant development, and provides new insights into how miRNA duplex structures are recognized for sRNA sorting.
履歴
登録2021年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.03761009 - 0.06994262
平均 (標準偏差)0.00007741307 (±0.002742027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 182.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_25472_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25472_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25472_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AtAgo10-guide-target RNA complex

全体名称: AtAgo10-guide-target RNA complex
要素
  • 複合体: AtAgo10-guide-target RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute 10
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: AtAgo10-guide-target RNA complex

超分子名称: AtAgo10-guide-target RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: The complex of Arabidopsis Argonaute10 with a synthetic guide RNA and a target pairing to 2-16nt of guide guide
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Protein argonaute 10

分子名称: Protein argonaute 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 110.981633 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPIRQMKDSS ETHLVIKTQP LKHHNPKTVQ NGKIPPPSPS PVTVTTPATV TQSQASSPSP PSKNRSRRRN RGGRKSDQGD VCMRPSSRP RKPPPPSQTT SSAVSVATAG EIVAVNHQMQ MGVRKNSNFA PRPGFGTLGT KCIVKANHFL ADLPTKDLNQ Y DVTITPEV ...文字列:
MPIRQMKDSS ETHLVIKTQP LKHHNPKTVQ NGKIPPPSPS PVTVTTPATV TQSQASSPSP PSKNRSRRRN RGGRKSDQGD VCMRPSSRP RKPPPPSQTT SSAVSVATAG EIVAVNHQMQ MGVRKNSNFA PRPGFGTLGT KCIVKANHFL ADLPTKDLNQ Y DVTITPEV SSKSVNRAII AELVRLYKES DLGRRLPAYD GRKSLYTAGE LPFTWKEFSV KIVDEDDGII NGPKRERSYK VA IKFVARA NMHHLGEFLA GKRADCPQEA VQILDIVLRE LSVKRFCPVG RSFFSPDIKT PQRLGEGLES WCGFYQSIRP TQM GLSLNI DMASAAFIEP LPVIEFVAQL LGKDVLSKPL SDSDRVKIKK GLRGVKVEVT HRANVRRKYR VAGLTTQPTR ELMF PVDEN CTMKSVIEYF QEMYGFTIQH THLPCLQVGN QKKASYLPME ACKIVEGQRY TKRLNEKQIT ALLKVTCQRP RDREN DILR TVQHNAYDQD PYAKEFGMNI SEKLASVEAR ILPAPWLKYH ENGKEKDCLP QVGQWNMMNK KMINGMTVSR WACVNF SRS VQENVARGFC NELGQMCEVS GMEFNPEPVI PIYSARPDQV EKALKHVYHT SMNKTKGKEL ELLLAILPDN NGSLYGD LK RICETELGLI SQCCLTKHVF KISKQYLANV SLKINVKMGG RNTVLVDAIS CRIPLVSDIP TIIFGADVTH PENGEESS P SIAAVVASQD WPEVTKYAGL VCAQAHRQEL IQDLYKTWQD PVRGTVSGGM IRDLLISFRK ATGQKPLRII FYRAGVSEG QFYQVLLYEL DAIRKACASL EPNYQPPVTF IVVQKRHHTR LFANNHRDKN STDRSGNILP GTVVDTKICH PTEFDFYLCS HAGIQGTSR PAHYHVLWDE NNFTADGIQS LTNNLCYTYA RCTRSVSIVP PAYYAHLAAF RARFYLEPEI MQDNGSPGKK N TKTTTVGD VGVKPLPALK ENVKRVMFYC

UniProtKB: Protein argonaute 10

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 6.788021 KDa
配列文字列:
UGGAGUGUGA CAAUGGUGUU U

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分子 #3: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 5.636419 KDa
配列文字列:
CCAUUGUCAC ACUCCAAA

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.5 mMC9H15O6PTCEP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2049 / 平均電子線量: 66.88 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1935081
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-cuda)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-cuda)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-cuda) / 使用した粒子像数: 38833
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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