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- EMDB-25471: Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 1C11 scFv... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25471
タイトルStructure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab bound
マップデータEBOV GP lacking the mucin-like domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab bound
試料
  • 複合体: Complex of EBOV GP lacking the mucin-like-domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP2
    • タンパク質・ペプチド: 1C11 scFv
  • タンパク質・ペプチド: 1C3 heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: 1C3 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / antibody / Ebola virus / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Ebola virus - Gabon (1994-1997) (エボラウイルス) / Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Milligan JC / Yu X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5 U19 AI142790 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Asymmetric and non-stoichiometric glycoprotein recognition by two distinct antibodies results in broad protection against ebolaviruses.
著者: Jacob C Milligan / Carl W Davis / Xiaoying Yu / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Peter J Halfmann / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Chakravarthy ...著者: Jacob C Milligan / Carl W Davis / Xiaoying Yu / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Peter J Halfmann / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Chakravarthy Chennareddy / Arthur J Goff / Ashley E Piper / Sean Hui / Kelly C L Shaffer / Tierra Buck / Megan L Heinrich / Luis M Branco / Ian Crozier / Michael R Holbrook / Jens H Kuhn / Yoshihiro Kawaoka / Pamela J Glass / Alexander Bukreyev / Thomas W Geisbert / Gabriella Worwa / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Several ebolaviruses cause outbreaks of severe disease. Vaccines and monoclonal antibody cocktails are available to treat Ebola virus (EBOV) infections, but not Sudan virus (SUDV) or other ...Several ebolaviruses cause outbreaks of severe disease. Vaccines and monoclonal antibody cocktails are available to treat Ebola virus (EBOV) infections, but not Sudan virus (SUDV) or other ebolaviruses. Current cocktails contain antibodies that cross-react with the secreted soluble glycoprotein (sGP) that absorbs virus-neutralizing antibodies. By sorting memory B cells from EBOV infection survivors, we isolated two broadly reactive anti-GP monoclonal antibodies, 1C3 and 1C11, that potently neutralize, protect rodents from disease, and lack sGP cross-reactivity. Both antibodies recognize quaternary epitopes in trimeric ebolavirus GP. 1C11 bridges adjacent protomers via the fusion loop. 1C3 has a tripartite epitope in the center of the trimer apex. One 1C3 antigen-binding fragment anchors simultaneously to the three receptor-binding sites in the GP trimer, and separate 1C3 paratope regions interact differently with identical residues on the three protomers. A cocktail of both antibodies completely protected nonhuman primates from EBOV and SUDV infections, indicating their potential clinical value.
履歴
登録2021年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25471.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EBOV GP lacking the mucin-like domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.09280562 - 0.14911507
平均 (標準偏差)0.000002675334 (±0.004524166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of EBOV GP lacking the mucin-like-domain with 1C11 scFv a...

全体名称: Complex of EBOV GP lacking the mucin-like-domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab
要素
  • 複合体: Complex of EBOV GP lacking the mucin-like-domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP2
    • タンパク質・ペプチド: 1C11 scFv
  • タンパク質・ペプチド: 1C3 heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: 1C3 light chain

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超分子 #1: Complex of EBOV GP lacking the mucin-like-domain with 1C11 scFv a...

超分子名称: Complex of EBOV GP lacking the mucin-like-domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Virion spike glycoprotein GP1

分子名称: Virion spike glycoprotein GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Gabon (1994-1997) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76
分子量理論値: 31.297158 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR ...文字列:
IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR EPVNATEDPS SGYYSTTIRY QATGFGTNET EYLFEVDNLT YVQLESRFTP QFLLQLNETI YTSGKRSNTT GK LIWKVNP EIDTTIGEWA FWETKKNLTR KIRSEELSFT VVS

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #2: Virion spike glycoprotein GP2

分子名称: Virion spike glycoprotein GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 10.756211 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
IVNAQPKCNP NLHYWTTQDE GAAIGLAWIP YFGPAAEGIY TEGLMHNQDG LICGLRQLAN ETTQALQLFL RATTELRTFS ILNRKAIDF LLQRWGG

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #3: 1C11 scFv

分子名称: 1C11 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.783773 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCRTSGYTFS SYNIHWVRQA PGQGLEWMGV INPYGRSTTL YARRFRDRVT MTRDTSTSTV YMELSSLRS EDTAVYFCGR LYSGAPYGLD VWGQGSTVTV SSGTGGSGGG GSGGGGSGGG ASDIVMTQSP LSLPVTPGEP A SISCRSSQ ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCRTSGYTFS SYNIHWVRQA PGQGLEWMGV INPYGRSTTL YARRFRDRVT MTRDTSTSTV YMELSSLRS EDTAVYFCGR LYSGAPYGLD VWGQGSTVTV SSGTGGSGGG GSGGGGSGGG ASDIVMTQSP LSLPVTPGEP A SISCRSSQ SLLHSNGYNY VDWYLQKPGQ SPQLLIYLGS SRASGVPDRF SGSGSGTDFT LKISRVETED VGIYYCMQGL QT PLTFGGG TKVEIK

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分子 #4: 1C3 heavy chain

分子名称: 1C3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.308938 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV ACKVSGGTFS SYTISWVRQA PGQGLEWMGG IIPSFGVGHY SQKFRDRVTL TADKSTTTAF LELSSVRSE DTALYYCAIL GTFNWKSGGN YFGPWGQGTL VTVSS

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分子 #5: 1C3 light chain

分子名称: 1C3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.62405 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
DIVLTQSPDS LAASLGERAT ISCKSSHSVL YSSNNKDFFA WYQQKPGQPP KLLISWASTR ESGVPVRFNG GGSGTHFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYFS SPITFGQGTR LEIKRT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: TBS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 54.95 sec. / 平均電子線量: 34.97 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 75948
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7swd:
Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 1C11 scFv and 1C3 Fab bound

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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