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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of proteinase K from a 130 nm thick lamella measured at 200 kV | |||||||||
![]() | 2Fo-Fc MicroED map from a 130 nm thick lamella measured at 200 kV | |||||||||
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![]() | Serine protease / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Martynowycz MW / Clabbers MTB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Benchmarking the ideal sample thickness in cryo-EM. 著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Unge / Johan Hattne / Tamir Gonen / ![]() 要旨: The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K ...The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K microcrystals of similar sizes from the same crystallization batch were prepared. Each grid was transferred into a focused ion beam and a scanning electron microscope in which the crystals were then systematically thinned into lamellae between 95- and 1,650-nm thick. MicroED data were collected at either 120-, 200-, or 300-kV accelerating voltages. Lamellae thicknesses were expressed in multiples of the corresponding inelastic mean free path to allow the results from different acceleration voltages to be compared. The quality of the data and subsequently determined structures were assessed using standard crystallographic measures. Structures were reliably determined with similar quality from crystalline lamellae up to twice the inelastic mean free path. Lower resolution diffraction was observed at three times the mean free path for all three accelerating voltages, but the data quality was insufficient to yield structures. Finally, no coherent diffraction was observed from lamellae thicker than four times the calculated inelastic mean free path. This study benchmarks the ideal specimen thickness with implications for all cryo-EM methods. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 60.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 543.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7sw2MC ![]() 7svyC ![]() 7svzC ![]() 7sw0C ![]() 7sw1C ![]() 7sw3C ![]() 7sw4C ![]() 7sw5C ![]() 7sw6C ![]() 7sw7C ![]() 7sw8C ![]() 7sw9C ![]() 7swaC ![]() 7swbC ![]() 7swcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 2Fo-Fc MicroED map from a 130 nm thick lamella measured at 200 kV | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.4716 Å / Y: 0.4716 Å / Z: 0.47398 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Proteinase K
全体 | 名称: Proteinase K |
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要素 |
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-超分子 #1: Proteinase K
超分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Serine protease |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.9 KDa |
-分子 #1: Proteinase K
分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.930783 KDa |
配列 | 文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA UniProtKB: Proteinase K |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 152 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA PLUNGER |
詳細 | Microcrystals |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 / 回折像の数: 120 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2 詳細: 0.5 degrees per second, 1 second readout, 30 to -30 degrees. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1863 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Binned by 2. |
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最終 再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: PHENIX |
Merging software list | ソフトウェア - 名称: AIMLESS |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 84278 / Number structure factors: 17555 / Fourier space coverage: 97 / R sym: 13 / R merge: 26 / Overall phase error: 22 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: None / High resolution: 1.95 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.95 Å / 殻 - Low resolution: 2.07 Å / 殻 - Number structure factors: 2718 / 殻 - Phase residual: 30 / 殻 - Fourier space coverage: 98 / 殻 - Multiplicity: 5 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 106-384 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 21 / 当てはまり具合の基準: Maximum liklihood |
得られたモデル | ![]() PDB-7sw2: |