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- EMDB-25446: Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25446
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide RNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: AtAgo10-guide RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute 10
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードmiRNA / siRNA / RNA silencing / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / plant (植物) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA binding / 色素体 / somatic stem cell population maintenance / RNA endonuclease activity / regulation of translation ...regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA binding / 色素体 / somatic stem cell population maintenance / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain ...Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute 10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Xiao Y / MacRae IJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127090 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for RNA slicing by a plant Argonaute.
著者: Yao Xiao / Shintaro Maeda / Takanori Otomo / Ian J MacRae /
要旨: Argonaute (AGO) proteins use small RNAs to recognize transcripts targeted for silencing in plants and animals. Many AGOs cleave target RNAs using an endoribonuclease activity termed 'slicing'. ...Argonaute (AGO) proteins use small RNAs to recognize transcripts targeted for silencing in plants and animals. Many AGOs cleave target RNAs using an endoribonuclease activity termed 'slicing'. Slicing by DNA-guided prokaryotic AGOs has been studied in detail, but structural insights into RNA-guided slicing by eukaryotic AGOs are lacking. Here we present cryogenic electron microscopy structures of the Arabidopsis thaliana Argonaute10 (AtAgo10)-guide RNA complex with and without a target RNA representing a slicing substrate. The AtAgo10-guide-target complex adopts slicing-competent and slicing-incompetent conformations that are unlike known prokaryotic AGO structures. AtAgo10 slicing activity is licensed by docking target (t) nucleotides t9-t13 into a surface channel containing the AGO endoribonuclease active site. A β-hairpin in the L1 domain secures the t9-t13 segment and coordinates t9-t13 docking with extended guide-target pairing. Results show that prokaryotic and eukaryotic AGOs use distinct mechanisms for achieving target slicing and provide insights into small interfering RNA potency.
履歴
登録2021年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25446.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.566 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.0022430215 - 0.012653796
平均 (標準偏差)0.000031453026 (±0.0006004572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 185.648 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local resolution filtered map

ファイルemd_25446_additional_1.map
注釈Local resolution filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25446_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25446_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AtAgo10-guide RNA complex

全体名称: AtAgo10-guide RNA complex
要素
  • 複合体: AtAgo10-guide RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute 10
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: AtAgo10-guide RNA complex

超分子名称: AtAgo10-guide RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: The complex of Arabidopsis Argonaute10 with a synthetic guide RNA
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Protein argonaute 10

分子名称: Protein argonaute 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 110.981633 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPIRQMKDSS ETHLVIKTQP LKHHNPKTVQ NGKIPPPSPS PVTVTTPATV TQSQASSPSP PSKNRSRRRN RGGRKSDQGD VCMRPSSRP RKPPPPSQTT SSAVSVATAG EIVAVNHQMQ MGVRKNSNFA PRPGFGTLGT KCIVKANHFL ADLPTKDLNQ Y DVTITPEV ...文字列:
MPIRQMKDSS ETHLVIKTQP LKHHNPKTVQ NGKIPPPSPS PVTVTTPATV TQSQASSPSP PSKNRSRRRN RGGRKSDQGD VCMRPSSRP RKPPPPSQTT SSAVSVATAG EIVAVNHQMQ MGVRKNSNFA PRPGFGTLGT KCIVKANHFL ADLPTKDLNQ Y DVTITPEV SSKSVNRAII AELVRLYKES DLGRRLPAYD GRKSLYTAGE LPFTWKEFSV KIVDEDDGII NGPKRERSYK VA IKFVARA NMHHLGEFLA GKRADCPQEA VQILDIVLRE LSVKRFCPVG RSFFSPDIKT PQRLGEGLES WCGFYQSIRP TQM GLSLNI DMASAAFIEP LPVIEFVAQL LGKDVLSKPL SDSDRVKIKK GLRGVKVEVT HRANVRRKYR VAGLTTQPTR ELMF PVDEN CTMKSVIEYF QEMYGFTIQH THLPCLQVGN QKKASYLPME ACKIVEGQRY TKRLNEKQIT ALLKVTCQRP RDREN DILR TVQHNAYDQD PYAKEFGMNI SEKLASVEAR ILPAPWLKYH ENGKEKDCLP QVGQWNMMNK KMINGMTVSR WACVNF SRS VQENVARGFC NELGQMCEVS GMEFNPEPVI PIYSARPDQV EKALKHVYHT SMNKTKGKEL ELLLAILPDN NGSLYGD LK RICETELGLI SQCCLTKHVF KISKQYLANV SLKINVKMGG RNTVLVDAIS CRIPLVSDIP TIIFGADVTH PENGEESS P SIAAVVASQD WPEVTKYAGL VCAQAHRQEL IQDLYKTWQD PVRGTVSGGM IRDLLISFRK ATGQKPLRII FYRAGVSEG QFYQVLLYEL DAIRKACASL EPNYQPPVTF IVVQKRHHTR LFANNHRDKN STDRSGNILP GTVVDTKICH PTEFDFYLCS HAGIQGTSR PAHYHVLWDE NNFTADGIQS LTNNLCYTYA RCTRSVSIVP PAYYAHLAAF RARFYLEPEI MQDNGSPGKK N TKTTTVGD VGVKPLPALK ENVKRVMFYC

UniProtKB: Protein argonaute 10

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.788021 KDa
配列文字列:
UGGAGUGUGA CAAUGGUGUU U

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.5 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2656 / 平均電子線量: 66.51 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 736209
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-cuda)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-cuda)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53766
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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