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- EMDB-25432: Chitin Synthase 2 from Candida albicans at the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25432
タイトルChitin Synthase 2 from Candida albicans at the apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: Chitin synthase 2 from Candida albicans in the apo state
    • タンパク質・ペプチド: Chitin synthase
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
キーワードchitin synthesis / glycosyltransferase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chitin synthase / chitin synthase activity / cell septum / cell periphery / membrane
類似検索 - 分子機能
Chitin synthase N-terminal / Chitin synthase N-terminal / Fungal chitin synthase / Chitin synthase / Chitin synthase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Candida albicans (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Ren Z / Chhetri A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM115729
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for inhibition and regulation of a chitin synthase from Candida albicans.
著者: Zhenning Ren / Abhishek Chhetri / Ziqiang Guan / Yang Suo / Kenichi Yokoyama / Seok-Yong Lee /
要旨: Chitin is an essential component of the fungal cell wall. Chitin synthases (Chss) catalyze chitin formation and translocation across the membrane and are targets of antifungal agents, including ...Chitin is an essential component of the fungal cell wall. Chitin synthases (Chss) catalyze chitin formation and translocation across the membrane and are targets of antifungal agents, including nikkomycin Z and polyoxin D. Lack of structural insights into the action of these inhibitors on Chs has hampered their further development to the clinic. We present the cryo-EM structures of Chs2 from Candida albicans (CaChs2) in the apo, substrate-bound, nikkomycin Z-bound, and polyoxin D-bound states. CaChs2 adopts a unique domain-swapped dimer configuration where a conserved motif in the domain-swapped region controls enzyme activity. CaChs2 has a dual regulation mechanism where the chitin translocation tunnel is closed by the extracellular gate and plugged by a lipid molecule in the apo state to prevent non-specific leak. Analyses of substrate and inhibitor binding provide insights into the chemical logic of Chs inhibition, which can guide Chs-targeted antifungal development.
履歴
登録2021年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25432.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 216 pix.
= 233.28 Å		1.08 Å/pix.
x 216 pix.
= 233.28 Å		1.08 Å/pix.
x 216 pix.
= 233.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.08270019 - 0.16553248
平均 (標準偏差)0.0006679817 (±0.005386267)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 233.28001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chitin synthase 2 from Candida albicans in the apo state

全体名称: Chitin synthase 2 from Candida albicans in the apo state
要素
  • 複合体: Chitin synthase 2 from Candida albicans in the apo state
    • タンパク質・ペプチド: Chitin synthase
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

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超分子 #1: Chitin synthase 2 from Candida albicans in the apo state

超分子名称: Chitin synthase 2 from Candida albicans in the apo state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)

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分子 #1: Chitin synthase

分子名称: Chitin synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chitin synthase
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 119.298227 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYNNPNNSN SHLRPHAYNN SRRDDSDGDE SSIEFLNQRS NTPLTQGTYN YHNTSTNSLN FQQPEPIYRN QTRTSLSDSY YDHPIFDTS QTQIQPPHDN PFTESYEMTD TSYQGNDHHY RTGQPNHLMN PTYNQAFIPH VYDEEDNDEQ EYDQRIQYNQ F QGDHFDLA ...文字列:
MSYNNPNNSN SHLRPHAYNN SRRDDSDGDE SSIEFLNQRS NTPLTQGTYN YHNTSTNSLN FQQPEPIYRN QTRTSLSDSY YDHPIFDTS QTQIQPPHDN PFTESYEMTD TSYQGNDHHY RTGQPNHLMN PTYNQAFIPH VYDEEDNDEQ EYDQRIQYNQ F QGDHFDLA AISYADDESQ SQLDYVPTER VIPEGEEEEE EGETSFEKEP GSETISGPFG EERSFEEPPP QQEVRSKKLT RA TGLNGHL VLDCPVADEL LSKFPDYNPA EKSGGLSREF AFMRYTAVTC GPSNFYRDAY ILRPVHYPIP RQTELMIVIT MYN EDDILL GRTLKGVFKN IKYLESKARS STWGKDSWKK IVVCIVSDGR TKINERAQAL LAGLGVYQEG LAKSRVDDKK VQAH MFEYT TRVGISKVTD DVVKLTTEKV VPVQMLFCLK ETNAKKINSH RWCFQAIGQV LDPKIVVLLD CGTQPSGRSL YELWK EFDR DHRVAGACGE ITTSLKKRQM ITNPLVYGQN FEYKISNILD KPTESSFGFI SVLPGAFSAY RFIALQNDIN GVGPLE KYF KGEFLHSSGE LDPNDDEFQM KHLMLKEEAG IFTSNMYLAE DRILCFELVA KRGCNWLLRY CKSARAETDV PEGLAEF IL QRRRWLNGSF FAAIYSLVHF YKVWTSSHSF GRKIFLHIEF FYQLINLIVS WFSIGSYFLV FRILTTSLGD KALGFAPG K ILSVIFLWLY LASIVTTFVL SFGNKPKGTE KFYVTIVIFF AILMAYMIFA AIFMAVHSIQ DIYRSGTRIT VSLFFQNSE FRDLVVATSS TYALYFLASF LYFEPWHMFT SFVQYILLSP SYVNVLNIYA FCNIDDISWG TKGEVGGKSL GEAKLREDGT FDVSVPISK EQINQSYLDQ LEKIRDPAPP EEKVLVTNTE DYYAFIRSMT VLVWMFTNFV VIALVLETGG FNQFVEATDL A NLKSNRAA VFLTVILWTV AFMALFRFIG CIYYLITRLG REIKASEHAT KANSLEVLFQ GPDYKDDDDK AHHHHHHHHH H

UniProtKB: chitin synthase

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分子 #2: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: From Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 385452
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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