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万見
- EMDB-25408: Mfd DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25408
タイトルMfd DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: mfd complex with DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-repair-coupling factor
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*C)-3')
キーワードDNA TRANSLOCASE / TRANSCRIPTION-COUPLED DNA REPAIR / HELICASE / ATPASE / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...: / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Oakley AJ / Xu Z-Q
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP210100365 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1RM1GM130450 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Mechanism of transcription modulation by the transcription-repair coupling factor.
著者: Bishnu P Paudel / Zhi-Qiang Xu / Slobodan Jergic / Aaron J Oakley / Nischal Sharma / Simon H J Brown / James C Bouwer / Peter J Lewis / Nicholas E Dixon / Antoine M van Oijen / Harshad Ghodke /
要旨: Elongation by RNA polymerase is dynamically modulated by accessory factors. The transcription-repair coupling factor (TRCF) recognizes paused/stalled RNAPs and either rescues transcription or ...Elongation by RNA polymerase is dynamically modulated by accessory factors. The transcription-repair coupling factor (TRCF) recognizes paused/stalled RNAPs and either rescues transcription or initiates transcription termination. Precisely how TRCFs choose to execute either outcome remains unclear. With Escherichia coli as a model, we used single-molecule assays to study dynamic modulation of elongation by Mfd, the bacterial TRCF. We found that nucleotide-bound Mfd converts the elongation complex (EC) into a catalytically poised state, presenting the EC with an opportunity to restart transcription. After long-lived residence in this catalytically poised state, ATP hydrolysis by Mfd remodels the EC through an irreversible process leading to loss of the RNA transcript. Further, biophysical studies revealed that the motor domain of Mfd binds and partially melts DNA containing a template strand overhang. The results explain pathway choice determining the fate of the EC and provide a molecular mechanism for transcription modulation by TRCF.
履歴
登録2021年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 264 pix.
= 195.36 Å		0.74 Å/pix.
x 264 pix.
= 195.36 Å		0.74 Å/pix.
x 264 pix.
= 195.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0621
最小 - 最大-0.20870614 - 0.7557957
平均 (標準偏差)-0.00043559808 (±0.016569737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 195.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mfd complex with DNA

全体名称: mfd complex with DNA
要素
  • 複合体: mfd complex with DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-repair-coupling factor
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*C)-3')

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超分子 #1: mfd complex with DNA

超分子名称: mfd complex with DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Transcription-repair-coupling factor

分子名称: Transcription-repair-coupling factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 130.152422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MPEQYRYTLP VKAGEQRLLG ELTGAACATL VAEIAERHAG PVVLIAPDMQ NALRLHDEIS QFTDQMVMNL ADWETLPYDS FSPHQDIIS SRLSTLYQLP TMQRGVLIVP VNTLMQRVCP HSFLHGHALV MKKGQRLSRD ALRTQLDSAG YRHVDQVMEH G EYATRGAL ...文字列:
MPEQYRYTLP VKAGEQRLLG ELTGAACATL VAEIAERHAG PVVLIAPDMQ NALRLHDEIS QFTDQMVMNL ADWETLPYDS FSPHQDIIS SRLSTLYQLP TMQRGVLIVP VNTLMQRVCP HSFLHGHALV MKKGQRLSRD ALRTQLDSAG YRHVDQVMEH G EYATRGAL LDLFPMGSEL PYRLDFFDDE IDSLRVFDVD SQRTLEEVEA INLLPAHEFP TDKAAIELFR SQWRDTFEVK RD PEHIYQQ VSKGTLPAGI EYWQPLFFSE PLPPLFSYFP ANTLLVNTGD LETSAERFQA DTLARFENRG VDPMRPLLPP QSL WLRVDE LFSELKNWPR VQLKTEHLPT KAANANLGFQ KLPDLAVQAQ QKAPLDALRK FLETFDGPVV FSVESEGRRE ALGE LLARI KIAPQRIMRL DEASDRGRYL MIGAAEHGFV DTVRNLALIC ESDLLGERVA RRRQDSRRTI NPDTLIRNLA ELHIG QPVV HLEHGVGRYA GMTTLEAGGI TGEYLMLTYA NDAKLYVPVS SLHLISRYAG GAEENAPLHK LGGDAWSRAR QKAAEK VRD VAAELLDIYA QRAAKEGFAF KHDREQYQLF CDSFPFETTP DQAQAINAVL SDMCQPLAMD RLVCGDVGFG KTEVAMR AA FLAVDNHKQV AVLVPTTLLA QQHYDNFRDR FANWPVRIEM ISRFRSAKEQ TQILAEVAEG KIDILIGTHK LLQSDVKF K DLGLLIVDEE HRFGVRHKER IKAMRANVDI LTLTATPIPR TLNMAMSGMR DLSIIATPPA RRLAVKTFVR EYDSMVVRE AILREILRGG QVYYLYNDVE NIQKAAERLA ELVPEARIAI GHGQMREREL ERVMNDFHHQ RFNVLVCTTI IETGIDIPTA NTIIIERAD HFGLAQLHQL RGRVGRSHHQ AYAWLLTPHP KAMTTDAQKR LEAIASLEDL GAGFALATHD LEIRGAGELL G EEQSGSME TIGFSLYMEL LENAVDALKA GREPSLEDLT SQQTEVELRM PSLLPDDFIP DVNTRLSFYK RIASAKTENE LE EIKVELI DRFGLLPDPA RTLLDIARLR QQAQKLGIRK LEGNEKGGVI EFAEKNHVNP AWLIGLLQKQ PQHYRLDGPT RLK FIQDLS ERKTRIEWVR QFMRELEENA IA

UniProtKB: Transcription-repair-coupling factor

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.597205 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.607617 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris/HCl
40.0 mMpotassium chlorideKCl
5.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMbeta-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細ADP, NaF and AlCl3 were added to final concentrations of 2, 5 and 0.5 mM, respectively.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 472 / 平均露光時間: 50.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 110562
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xeo

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 31718
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xeo


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coeficient
得られたモデル

PDB-7ssg:
Mfd DNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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