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万見
- EMDB-25403: 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtai... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25403
タイトル5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
マップデータComposite cryo-EM map for 5-HT2BR bound to LSD in complex with beta-arrestin1
試料
  • 複合体: 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1
    • タンパク質・ペプチド: Anti-5HT2BR Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-5HT2BR Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 2B
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1B of Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: Fab30 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab30 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide
キーワード5-HT2B receptor / serotonin receptor / beta-arrestin1 / arrestin / GPCR / Lysergic acid diethylamide / LSD / cryoEM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / enzyme inhibitor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of Rho protein signal transduction ...angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / enzyme inhibitor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of Rho protein signal transduction / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / stress fiber assembly / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of receptor internalization / pseudopodium / negative regulation of interleukin-6 production / clathrin-coated pit / negative regulation of protein ubiquitination / insulin-like growth factor receptor binding / visual perception / GTPase activator activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / G protein-coupled receptor binding / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / cytoplasmic vesicle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Clathrin-mediated endocytosis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / G alpha (s) signalling events / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear body / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Barros-Alvarez X / Cao C / Panova O / Roth BL / Skiniotis G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2022
タイトル: Signaling snapshots of a serotonin receptor activated by the prototypical psychedelic LSD.
著者: Can Cao / Ximena Barros-Álvarez / Shicheng Zhang / Kuglae Kim / Marc A Dämgen / Ouliana Panova / Carl-Mikael Suomivuori / Jonathan F Fay / Xiaofang Zhong / Brian E Krumm / Ryan H Gumpper / ...著者: Can Cao / Ximena Barros-Álvarez / Shicheng Zhang / Kuglae Kim / Marc A Dämgen / Ouliana Panova / Carl-Mikael Suomivuori / Jonathan F Fay / Xiaofang Zhong / Brian E Krumm / Ryan H Gumpper / Alpay B Seven / Michael J Robertson / Nevan J Krogan / Ruth Hüttenhain / David E Nichols / Ron O Dror / Georgios Skiniotis / Bryan L Roth /
要旨: Serotonin (5-hydroxytryptamine [5-HT]) 5-HT2-family receptors represent essential targets for lysergic acid diethylamide (LSD) and all other psychedelic drugs. Although the primary psychedelic drug ...Serotonin (5-hydroxytryptamine [5-HT]) 5-HT2-family receptors represent essential targets for lysergic acid diethylamide (LSD) and all other psychedelic drugs. Although the primary psychedelic drug effects are mediated by the 5-HT serotonin receptor (HTR2A), the 5-HT serotonin receptor (HTR2B) has been used as a model receptor to study the activation mechanisms of psychedelic drugs due to its high expression and similarity to HTR2A. In this study, we determined the cryo-EM structures of LSD-bound HTR2B in the transducer-free, Gq-protein-coupled, and β-arrestin-1-coupled states. These structures provide distinct signaling snapshots of LSD's action, ranging from the transducer-free, partially active state to the transducer-coupled, fully active states. Insights from this study will both provide comprehensive molecular insights into the signaling mechanisms of the prototypical psychedelic LSD and accelerate the discovery of novel psychedelic drugs.
履歴
登録2021年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite cryo-EM map for 5-HT2BR bound to LSD in complex with beta-arrestin1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.756 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.756 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.756 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.20221582 - 0.7823746
平均 (標準偏差)0.0007283417 (±0.011113655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.756 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Focused refinement map for 5-HT2BR bound to LSD...

ファイルemd_25403_additional_1.map
注釈Focused refinement map for 5-HT2BR bound to LSD and a scFv fragment of anti-5HT2BR Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement map for beta-arrestin1, scFv30 and 5HT2BR C-tail

ファイルemd_25403_additional_2.map
注釈Focused refinement map for beta-arrestin1, scFv30 and 5HT2BR C-tail
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1

全体名称: 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1
要素
  • 複合体: 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1
    • タンパク質・ペプチド: Anti-5HT2BR Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-5HT2BR Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 2B
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1B of Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: Fab30 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab30 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide

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超分子 #1: 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1

超分子名称: 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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分子 #1: Anti-5HT2BR Fab light chain

分子名称: Anti-5HT2BR Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.719348 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DIVLIQSPAI MSASPGEKVT ITCSASSSVS YMHWFQQKPG TSPKLWIYST SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ RSSYPLTFGA GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIVLIQSPAI MSASPGEKVT ITCSASSSVS YMHWFQQKPG TSPKLWIYST SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ RSSYPLTFGA GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLPVTKSFNR G

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分子 #2: Anti-5HT2BR Fab heavy chain

分子名称: Anti-5HT2BR Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.48732 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SSWMHWVKQR PGQGLEWIGN IYPSNGGTNY NERFKSKATL TVDRSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYFCARF GSFITTILTT YYNPVDYWGQ GTTLTVSSAS TKGPSVFPLA PSTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SSWMHWVKQR PGQGLEWIGN IYPSNGGTNY NERFKSKATL TVDRSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYFCARF GSFITTILTT YYNPVDYWGQ GTTLTVSSAS TKGPSVFPLA PSTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPASSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV

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分子 #3: 5-hydroxytryptamine receptor 2B

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.722496 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TESIPEEMKQ IVEEQGNKLH WAALLILMVI IPTIGGNTLV ILAVSLEKKL QYATNYFLMS LAVADLLVGL FVMPIALLTI MFEAMWPLP LVLCPAWLFL DVLFSTASIW HLCAISVDRY IAIKKPIQAN QYNSRATAFI KITVVWLISI GIAIPVPIKG I ETDVDNPN ...文字列:
TESIPEEMKQ IVEEQGNKLH WAALLILMVI IPTIGGNTLV ILAVSLEKKL QYATNYFLMS LAVADLLVGL FVMPIALLTI MFEAMWPLP LVLCPAWLFL DVLFSTASIW HLCAISVDRY IAIKKPIQAN QYNSRATAFI KITVVWLISI GIAIPVPIKG I ETDVDNPN NITCVLTKER FGDFMLFGSL AAFFTPLAIM IVTYFLTIHA LQKVRLLSGS RQTISNLQRA SKVLGIVFFL FL LMWCPFF ITNITLVLCD SCNQTTLQML LEIFVWIGYV SSGVNPLVYT LFNKTFRDAF GRYITCNYRA TKSVKTPMRL RSS TIQ(SEP)(SEP)(SEP) IILLDTL

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分子 #4: Isoform 1B of Beta-arrestin-1

分子名称: Isoform 1B of Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.345305 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GDKGTRVFKK ASPNGKLTVY LGKRDFVDHI DLVDPVDGVV LVDPEYLKER RVYVTLTCAF RYGREDLDVL GLTFRKDLFV ANVQSFPPA PEDKKPLTRL QERLIKKLGE HAYPFTFEIP PNLPCSVTLQ PGPEDTGKAC GVDYEVKAFC AENLEEKIHK R NSVRLVIE ...文字列:
GDKGTRVFKK ASPNGKLTVY LGKRDFVDHI DLVDPVDGVV LVDPEYLKER RVYVTLTCAF RYGREDLDVL GLTFRKDLFV ANVQSFPPA PEDKKPLTRL QERLIKKLGE HAYPFTFEIP PNLPCSVTLQ PGPEDTGKAC GVDYEVKAFC AENLEEKIHK R NSVRLVIE KVQYAPERPG PQPTAETTRQ FLMSDKPLHL EASLDKEIYY HGEPISVNVH VTNNTNKTVK KIKISVRQYA DI CLFNTAQ YKCPVAMEEA DDTVAPSSTF CKVYTLTPFL ANNREKRGLA LDGKLKHEDT NLASSTLLRE GANREILGII VSY KVKVKL VVSRGGDVAV ELPFTLMHPK PKEEPPHREV PENETPVDTN L

UniProtKB: Beta-arrestin-1

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分子 #5: Fab30 heavy chain

分子名称: Fab30 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.063479 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFNVYS SSIHWVRQAP GKGLRWVASI SSYYGYTYYA DSVKGRFTIS ADTSKNTAYL QMNSLRAED TAVYYCARSR QFWYSGLDYW GQGTLVTVSS

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分子 #6: Fab30 light chain

分子名称: Fab30 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.50082 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYKYVPVTFG QGTKVEI

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide

分子名称: (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: 7LD
分子量理論値: 323.432 Da
Chemical component information

ChemComp-7LD:
(8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide / LSD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.36 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 57050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4415425
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 126485
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る