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- EMDB-25397: CSDaV GFP mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25397
タイトルCSDaV GFP mutant
マップデータ
試料
  • ウイルス: Citrus sudden death-associated virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
キーワードCapsid / coat protein / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain ...Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Viral coat protein subunit / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus sudden death-associated virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Guo F / Matsumura EE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
United States Department of Agriculture (USDA) 米国
引用ジャーナル: Biotechnol Rep (Amst) / 年: 2022
タイトル: Citrus sudden death-associated virus as a new expression vector for rapid production of heterologous proteins, chimeric virions, and virus-like particles.
著者: Emilyn E Matsumura / Fei Guo / Daan Boogers / Dennis van Oevelen / Sandra T Vu / Bryce W Falk /
要旨: The more we understand the strategies used by viruses for protein expression, the more possibilities we have to exploit viruses as expression vectors for heterologous protein production. Advances in ...The more we understand the strategies used by viruses for protein expression, the more possibilities we have to exploit viruses as expression vectors for heterologous protein production. Advances in the development of virus-based expression systems have been possible due to generation of many virus infectious clones, especially those derived from plant viruses, which have the capability for rapid and high-level transient expression of proteins in plant cells, a robust and low-cost bioreactor. In this work, we generated new replicative virus expression vectors based on a previously constructed citrus sudden death-associated virus (CSDaV) infectious cDNA clone. These vectors were generated to express the reporter green fluorescent protein (GFP) in leaves by taking advantage of the expression strategies used by CSDaV to produce its structural proteins. We show that higher amounts of GFP can be produced from a coat protein (CP)-independent CSDaV-based vector, compared to levels of GFP expressed from a widely used non-replicative vector (pEAQ series); or GFP can be produced in fusion with the major CSDaV CP (CPp21) to be incorporated into chimeric virions. However, GFP-recombinant CSDaV virions do not appear uniformly assembled, but more likely as mosaic particles. Cryo-electron microscopy analysis from this work revealed the structures of the wild-type and the GFP-recombinant CSDaV virions, but it was not able to reveal where exactly the GFP is displayed in the chimeric virions. We show though that the incorporation of GFP-CPp21 fusion protein into virions occurs solely due to its interaction with free/non-fused CPp21, independent of other viral proteins. Therefore, individual co-expression of GFP-CPp21 and CPp21 in the same plant cells leads to the production of chimeric virus-like particles (VLPs), while GFP-CPp21 fusion protein itself is not able to self-assemble into VLPs. The new CSDaV-based expression vectors may provide an alternative platform for use in molecular farming, either for production of heterologous proteins or as scaffold for heterologous protein display.
履歴
登録2021年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 512 pix.
= 450.56 Å		0.88 Å/pix.
x 512 pix.
= 450.56 Å		0.88 Å/pix.
x 512 pix.
= 450.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.022450013 - 0.0695851
平均 (標準偏差)0.0014562452 (±0.004621018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 450.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Citrus sudden death-associated virus

全体名称: Citrus sudden death-associated virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Citrus sudden death-associated virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein

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超分子 #1: Citrus sudden death-associated virus

超分子名称: Citrus sudden death-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: GFP is linked at the N-terminus of each capsid protein.
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluores...

分子名称: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-terminus MQSDTLLP is from p25, GFP is sandwiched by two viral protease cleavage sites LTGG and LTGGFS, which is followed by p21
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus sudden death-associated virus (ウイルス)
分子量理論値: 49.358574 KDa
組換発現生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
配列文字列: MQSDTLLPLT GGVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPDH MKQHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNYNS H NVYIMADK ...文字列:
MQSDTLLPLT GGVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPDH MKQHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNYNS H NVYIMADK QKNGIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSA LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AG ITLGMDE LYKLTGGFSM ASDAQAGPAP SRDDRVDRQP RLPAAPRVAE VGLNAPSVDY PFQWVVASYD GSEAKNLSDD LSG SATLTK VMANYRHAEL TSVELEVCPL AAAFSKPISV SAVWTIASIS PASASETSYY GGRLFTVGGP VLMSSTTHLP ADLT RLNPV LKGPVKYTDC PRFSYSVYSN GGTKGTNLCT IILRGVVRLS GPSGNLLA

UniProtKB: Polyprotein, Green fluorescent protein, Polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: blot for 8 seconds before plunging with -2mm off set.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
詳細Direct alignment is done from microscope side, then COMA free alignment and CTF based astigmatism correction is done using SerialEM.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7890 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 56818 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 60337 / 詳細: LoG based particle selection using Relion 3.1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Relion is used for finial reconstruction / 使用した粒子像数: 12732
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 5600 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Ab initio model of an ASU is built in Coot and the corresponding density map is then cut out using UCSF Chimera. The model is then refined in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7sqy:
CSDaV GFP mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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