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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25235 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Tertiary structure of an individual particle of self-folding RNA polymer (particle #126) | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Single molecule structure / Individual Particle cryo-Electron Tomography / IPET / Cryo-ET / tertiary structure / Structural Flexibility / Self-folding mechanism / RNA origami / RNA | ||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu J / Ren G | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tertiary Structure of an Individual Particle of Self-folding RNA Polymer 著者: Liu J / McRae EKS / Zhang M / Geary C / Andersen ES / Ren G | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25235.map.gz | 6.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25235-v30.xml emd-25235.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25235_fsc.xml | 5.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25235.png | 75.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25235.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25235 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25235 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25235_validation.pdf.gz | 318.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25235_full_validation.pdf.gz | 318.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25235_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25235_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25235 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25235 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA Origami 6 Helix Bundle with Clasp (6HBC)
全体 | 名称: RNA Origami 6 Helix Bundle with Clasp (6HBC) |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA Origami 6 Helix Bundle with Clasp (6HBC)
超分子 | 名称: RNA Origami 6 Helix Bundle with Clasp (6HBC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The RNA was transcribed from linearized DNA template using T7 RNA polymerase purified in house. |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 230 KDa |
-分子 #1: RNA Origami 6 Helix Bundle with Clasp (6HBC)
分子 | 名称: RNA Origami 6 Helix Bundle with Clasp (6HBC) / タイプ: rna / ID: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: GGGAGAGUAC UAUUCAGAUG CAGACCGCAA GUUCAGAGCG GUUUGCAUCU AGGGUACGUU UUCGAACGUA UCCUCCGACU AAGUGUAUUC GUAUACUUAG UGCCUUGUGC CUGCUUCGGC AGGCAUGACC CAAAUGUGCC UUUCGGGGCA CAUUUCCGGU CAUCCAAGUU ...文字列: GGGAGAGUAC UAUUCAGAUG CAGACCGCAA GUUCAGAGCG GUUUGCAUCU AGGGUACGUU UUCGAACGUA UCCUCCGACU AAGUGUAUUC GUAUACUUAG UGCCUUGUGC CUGCUUCGGC AGGCAUGACC CAAAUGUGCC UUUCGGGGCA CAUUUCCGGU CAUCCAAGUU CGCUUGGGUG AUGCGGGCGU AUAGGUUCGU CUAUACGUCC GCGUUUUCCG AGAAGAGGUA ACUCGGGAAA CCGGUCCACG UGACAAAGGU AGAGUUACGU GGAGGGAGCA GCUGCAAAGG GAUAAUGCAG UUGCUGGCUG GAUGCCAGAA CUCACGACUG GCAUCUACGG GGAUGGUGCU CUCCCAAUUC UCCAUUUACC GCCGAAUCGA CCCCAACGUG AGAGGGGUCG GUUCCCCGAG CAUAGACCAA UAUCCCAGGU UUAUGCUCCC CAACGCUGGA CGAACUACCU ACGUCUAGCG UUCCGGCAAA UGAGUCAAUA CCUCAGACUU AUUUGCGGUG CCUGAGCCUA AACUGAACAU GGGUUCAGGC AUCUUGGCUC CAGUUCGCUG GAGCCGACGG UAGCGCUGCG UUCGCGCAGU GCUAGGGAGC AUCCGUUUUC GAGCGGAUGC UGGGCGGUUG CCUGUUCGCA GGCAAUCGGG CCUACUCAUG AUUCGUCAUG AGUGGUGACA GCGUGAUGUU CGCAUUACGC UGUCGGGUAG AUGGAGAAUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP | ||||||||||||
詳細 | In vitro transcribed RNA was purified by size exclusion chromatography and spin concentrated in amicon spin columns. | ||||||||||||
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: -6060 / 色収差補正装置: 5 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 25 / 平均露光時間: 0.88 sec. / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |