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- EMDB-25210: Structure of human SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer bound by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25210
タイトルStructure of human SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer bound by neutralizing antibody C1C-A3 Fab (variable region)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike protein trimer in complex with human patient antibody C1C-A3 Fab
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: C1C-A3 Fab (variable region)
      • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody C1C-A3 heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody C1C-A3 light chain variable region
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCOVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing antibody / neutralization escape / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pan J / Abraham J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateno grant number 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis for continued antibody evasion by the SARS-CoV-2 receptor binding domain.
著者: Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou ...著者: Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou / Michaël Desjardins / Sarah E Turbett / Sanjat Kanjilal / Amy C Sherman / Anand Dighe / Regina C LaRocque / Edward T Ryan / Casey Tylek / Joel F Cohen-Solal / Anhdao T Darcy / Davide Tavella / Anca Clabbers / Yao Fan / Anthony Griffiths / Ivan R Correia / Jane Seagal / Lindsey R Baden / Richelle C Charles / Jonathan Abraham /
要旨: Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we ...Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we evaluate the consequences of further viral evolution. We demonstrate mechanisms through which the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) can tolerate large numbers of simultaneous antibody escape mutations and show that pseudotypes containing up to seven mutations, as opposed to the one to three found in previously studied variants of concern, are more resistant to neutralization by therapeutic antibodies and serum from vaccine recipients. We identify an antibody that binds the RBD core to neutralize pseudotypes for all tested variants but show that the RBD can acquire an N-linked glycan to escape neutralization. Our findings portend continued emergence of escape variants as SARS-CoV-2 adapts to humans.
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sn3
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-1.1239729 - 2.0727592
平均 (標準偏差)0.0040579624 (±0.055770352)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.000297.000297.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.1242.0730.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike protein trimer in complex with human patient ant...

全体名称: SARS-CoV-2 spike protein trimer in complex with human patient antibody C1C-A3 Fab
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike protein trimer in complex with human patient antibody C1C-A3 Fab
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: C1C-A3 Fab (variable region)
      • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody C1C-A3 heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody C1C-A3 light chain variable region
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike protein trimer in complex with human patient ant...

超分子名称: SARS-CoV-2 spike protein trimer in complex with human patient antibody C1C-A3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Concentration of the SARS-CoV-2 spike protein (trimeric) and human patient antibody C1C-A3 Fab is 0.6 and 0.3 mg/mL in the final complex sample in buffer consisting of 150 mM NaCl and 25 mM Tris-HCl, pH 7.5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: the SARS-Cov-2 spike protein is a trimeric protein of a calculated amino acid molecular weight of 418176 Da, with 23 N-linked glycans. Total molecular weight is 556176 Da assuming each glycan is 2000 Da.
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: C1C-A3 Fab (variable region)

超分子名称: C1C-A3 Fab (variable region) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab of C1C-A3 antibody recombinantly expressed using sequence sequenced from single B cells from human patient peripheral blood sample

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: amino acids 1-15 are the endogenous signal peptide, 16-1208 are SARS-CoV-2 spike protein residues 16-1208, 1209-1210, 1237-1239, and 1255-1258 are linkers, 1211-1236 are T4 fibritinn foldon, ...詳細: amino acids 1-15 are the endogenous signal peptide, 16-1208 are SARS-CoV-2 spike protein residues 16-1208, 1209-1210, 1237-1239, and 1255-1258 are linkers, 1211-1236 are T4 fibritinn foldon, 1240-1254 are the avi-tag for biotinylation, 1259-1265 are the TEV protease cleavage site, 1266-1273 are the 8xHis tag; mutations include R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 141.192203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF LSAGGLNDIF EAQKIEWHEG ASGENLYFQG HHHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: neutralizing antibody C1C-A3 heavy chain variable region

分子名称: neutralizing antibody C1C-A3 heavy chain variable region
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: amino acids 1-20 are the human tPA signal peptide, 21-22 are a linker, 23-250 are the C1C-A3 Fab heavy chain residues 1-213 (note insertions in CDR loops; numbering should be according to the PDB file).
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.022607 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASQVQLVESG GGVVQPGRSL RLSCAASGFT FSSYGMHWVR QAPGKGLEWV AVIWYDGTNT YYADSVKGR FTISRDNSKN TLYLQMNSLR AEDTAVYYCA RDLAYRDYVW RYFDLWGRGT LVTVSGASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASQVQLVESG GGVVQPGRSL RLSCAASGFT FSSYGMHWVR QAPGKGLEWV AVIWYDGTNT YYADSVKGR FTISRDNSKN TLYLQMNSLR AEDTAVYYCA RDLAYRDYVW RYFDLWGRGT LVTVSGASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VD KRVEPKS CDR

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分子 #3: neutralizing antibody C1C-A3 light chain variable region

分子名称: neutralizing antibody C1C-A3 light chain variable region
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: amino acids 1-20 are the human tPA signal peptide, 21-22 are a linker, 23-238 are the C1C-A3 Fab light chain residues 1-212 (note insertions in CDR loops; numbering should be according to the PDB file).
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.896107 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASEIVLTQSP ATLSLSPGER ATLSCRASQS VSTYLAWYQQ KFGQAPRLLI YDASNRATGI PARFSGSGS GTDFTLTISS LEPEDFAVYY CQCRSNWPPG ITFGQGTRLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASEIVLTQSP ATLSLSPGER ATLSCRASQS VSTYLAWYQQ KFGQAPRLLI YDASNRATGI PARFSGSGS GTDFTLTISS LEPEDFAVYY CQCRSNWPPG ITFGQGTRLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 45 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: glow discharge done at 20 mA in Pelco easiGlow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 4-6 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
詳細Cs-corrected, energy filtered
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4583 / 平均露光時間: 0.038 sec. / 平均電子線量: 56.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 60606 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1296929
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) / 使用した粒子像数: 344920
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 101973 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 77.28 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7sn3:
Structure of human SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer bound by neutralizing antibody C1C-A3 Fab (variable region)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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