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- EMDB-2521: Flagellar hook basal body in the tomogram of Salmonella mini-cell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2521
タイトルFlagellar hook basal body in the tomogram of Salmonella mini-cell
マップデータFlagellar hook basal body from Salmonella mini-cell
試料
  • 試料: Flagellar hook basal body from Salmonella typhimurium mini-cell in situ
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar hook basal body
キーワードFlagellar motor / Type III secretion system / Salmonella typhimurium
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 45.0 Å
データ登録者Kawamoto A / Morimoto VY / Miyata T / Minamino T / Hughes TK / Kato T / Namba K
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Common and distinct structural features of Salmonella injectisome and flagellar basal body.
著者: Akihiro Kawamoto / Yusuke V Morimoto / Tomoko Miyata / Tohru Minamino / Kelly T Hughes / Takayuki Kato / Keiichi Namba /
要旨: Bacterial pathogens use an injectisome to deliver virulence proteins into eukaryotic host cells. The bacterial flagellum and injectisome export their component proteins for self-assembly. These two ...Bacterial pathogens use an injectisome to deliver virulence proteins into eukaryotic host cells. The bacterial flagellum and injectisome export their component proteins for self-assembly. These two systems show high structural similarities and are classified as the type III secretion system, but it remains elusive how similar they are in situ because the structures of these complexes isolated from cells and visualized by electron cryomicroscopy have shown only the export channel and housing for the export apparatus. Here we report in situ structures of Salmonella injectisome and flagellum by electron cryotomography. The injectisome lacks the flagellar basal body C-ring, but a wing-like disc and a globular density corresponding to the export gate platform and ATPase hexamer ring, respectively, are stably attached through thin connectors, revealing yet unidentified common architectures of the two systems. The ATPase ring is far from the disc, suggesting that both apparatuses are observed in an export-off state.
履歴
登録2013年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月18日-
マップ公開2013年12月25日-
更新2013年12月25日-
現状2013年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0952
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0952
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2521-1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Flagellar hook basal body from Salmonella mini-cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.4 Å/pix.
x 82 pix.
= 934.8 Å		11.4 Å/pix.
x 82 pix.
= 934.8 Å		11.4 Å/pix.
x 82 pix.
= 934.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0952 / ムービー #1: 0.0952
最小 - 最大-2.05901718 - 4.54621983
平均 (標準偏差)0.01755546 (±0.88184667)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin677-234-49
サイズ828282
Spacing828282
セルA=B=C: 934.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z11.411.411.4
M x/y/z828282
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z934.800934.800934.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-234677-49
NC/NR/NS828282
D min/max/mean-2.0594.5460.018

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar hook basal body from Salmonella typhimurium mini-cell i...

全体名称: Flagellar hook basal body from Salmonella typhimurium mini-cell in situ
要素
  • 試料: Flagellar hook basal body from Salmonella typhimurium mini-cell in situ
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar hook basal body

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超分子 #1000: Flagellar hook basal body from Salmonella typhimurium mini-cell i...

超分子名称: Flagellar hook basal body from Salmonella typhimurium mini-cell in situ
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: flagellar hook basal body

超分子名称: flagellar hook basal body / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: flagellar motor / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
細胞中の位置: Plasma membrane

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液詳細: M9 medium (17.1g Na2HPO4-12H2O, 3g KH2PO4, 0.5g NaCl, 1g NH4Cl, 0.2%glycerol, 1% tryptone, 1mM MgSO4 per litre)
グリッド詳細: Quantifoil molybdenum 200 mesh R0.6/1.0 grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K
日付2012年12月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 200 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49030 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C26 (26回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用したサブトモグラム数: 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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