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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human wildtype GABA reuptake transporter 1 in complex with tiagabine, inward-open conformation | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() gamma-aminobutyric acid reuptake / Reuptake of GABA / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / sodium:chloride symporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / inorganic anion import across plasma membrane / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / response to sucrose ...gamma-aminobutyric acid reuptake / Reuptake of GABA / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / sodium:chloride symporter activity / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / inorganic anion import across plasma membrane / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / response to sucrose / response to purine-containing compound / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / sodium ion import across plasma membrane / amino acid transport / associative learning / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / : / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport / response to cocaine / response to lead ion / synapse organization / response to toxic substance / memory / response to calcium ion / response to estradiol / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / axon / neuronal cell body / cell surface / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å | |||||||||
![]() | Gati C / Motiwala Z / Aduri NG / Shaye H / Han GW / Cherezov V | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of GABA reuptake inhibition. 著者: Zenia Motiwala / Nanda Gowtham Aduri / Hamidreza Shaye / Gye Won Han / Jordy Homing Lam / Vsevolod Katritch / Vadim Cherezov / Cornelius Gati / ![]() 要旨: γ-Aminobutyric acid (GABA) transporter 1 (GAT1) regulates neuronal excitation of the central nervous system by clearing the synaptic cleft of the inhibitory neurotransmitter GABA upon its release ...γ-Aminobutyric acid (GABA) transporter 1 (GAT1) regulates neuronal excitation of the central nervous system by clearing the synaptic cleft of the inhibitory neurotransmitter GABA upon its release from synaptic vesicles. Elevating the levels of GABA in the synaptic cleft, by inhibiting GABA reuptake transporters, is an established strategy to treat neurological disorders, such as epilepsy. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of full-length, wild-type human GAT1 in complex with its clinically used inhibitor tiagabine, with an ordered part of only 60 kDa. Our structure reveals that tiagabine locks GAT1 in the inward-open conformation, by blocking the intracellular gate of the GABA release pathway, and thus suppresses neurotransmitter uptake. Our results provide insights into the mixed-type inhibition of GAT1 by tiagabine, which is an important anticonvulsant medication. Its pharmacodynamic profile, confirmed by our experimental data, suggests initial binding of tiagabine to the substrate-binding site in the outward-open conformation, whereas our structure presents the drug stalling the transporter in the inward-open conformation, consistent with a two-step mechanism of inhibition. The presented structure of GAT1 gives crucial insights into the biology and pharmacology of this important neurotransmitter transporter and provides blueprints for the rational design of neuromodulators, as well as moving the boundaries of what is considered possible in single-particle cryo-electron microscopy of challenging membrane proteins. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 49.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 405.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7sk2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.813 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : GAT-1 in complex with tiagabine
全体 | 名称: GAT-1 in complex with tiagabine |
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要素 |
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-超分子 #1: GAT-1 in complex with tiagabine
超分子 | 名称: GAT-1 in complex with tiagabine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 67 kDa/nm |
-分子 #1: Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 1
分子 | 名称: Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 64.886793 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MATNGSKVAD GQISTEVSEA PVANDKPKTL VVKVQKKAAD LPDRDTWKGR FDFLMSCVGY AIGLGNVWRF PYLCGKNGGG AFLIPYFLT LIFAGVPLFL LECSLGQYTS IGGLGVWKLA PMFKGVGLAA AVLSFWLNIY YIVIISWAIY YLYNSFTTTL P WKQCDNPW ...文字列: MATNGSKVAD GQISTEVSEA PVANDKPKTL VVKVQKKAAD LPDRDTWKGR FDFLMSCVGY AIGLGNVWRF PYLCGKNGGG AFLIPYFLT LIFAGVPLFL LECSLGQYTS IGGLGVWKLA PMFKGVGLAA AVLSFWLNIY YIVIISWAIY YLYNSFTTTL P WKQCDNPW NTDRCFSNYS MVNTTNMTSA VVEFWERNMH QMTDGLDKPG QIRWPLAITL AIAWILVYFC IWKGVGWTGK VV YFSATYP YIMLIILFFR GVTLPGAKEG ILFYITPNFR KLSDSEVWLD AATQIFFSYG LGLGSLIALG SYNSFHNNVY RDS IIVCCI NSCTSMFAGF VIFSIVGFMA HVTKRSIADV AASGPGLAFL AYPEAVTQLP ISPLWAILFF SMLLMLGIDS QFCT VEGFI TALVDEYPRL LRNRRELFIA AVCIISYLIG LSNITQGGIY VFKLFDYYSA SGMSLLFLVF FECVSISWFY GVNRF YDNI QEMVGSRPCI WWKLCWSFFT PIIVAGVFIF SAVQMTPLTM GNYVFPKWGQ GVGWLMALSS MVLIPGYMAY MFLTLK GSL KQRIQVMVQP SEDIV |
-分子 #2: Tiagabine
分子 | 名称: Tiagabine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: TGI |
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分子量 | 理論値: 375.548 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-TGI: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 18 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 4000.0 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 39572 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 25.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 10.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |