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万見
- EMDB-25132: Androgen receptor bound to DNA - Entrenched state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25132
タイトルAndrogen receptor bound to DNA - Entrenched state
マップデータ
試料
  • 複合体: Androgen receptor bound to DNA - Splayed state
    • DNA: ARE DNA
    • タンパク質・ペプチド: Androgen receptor
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å
データ登録者Wasmuth EV / Vanden Broeck A / Klinge S / Sawyers CL
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140264 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-1-0182 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Allosteric interactions prime androgen receptor dimerization and activation.
著者: Elizabeth V Wasmuth / Arnaud Vanden Broeck / Justin R LaClair / Elizabeth A Hoover / Kayla E Lawrence / Navid Paknejad / Kyrie Pappas / Doreen Matthies / Biran Wang / Weiran Feng / Philip A ...著者: Elizabeth V Wasmuth / Arnaud Vanden Broeck / Justin R LaClair / Elizabeth A Hoover / Kayla E Lawrence / Navid Paknejad / Kyrie Pappas / Doreen Matthies / Biran Wang / Weiran Feng / Philip A Watson / John C Zinder / Wouter R Karthaus / M Jason de la Cruz / Richard K Hite / Katia Manova-Todorova / Zhiheng Yu / Susan T Weintraub / Sebastian Klinge / Charles L Sawyers /
要旨: The androgen receptor (AR) is a nuclear receptor that governs gene expression programs required for prostate development and male phenotype maintenance. Advanced prostate cancers display AR ...The androgen receptor (AR) is a nuclear receptor that governs gene expression programs required for prostate development and male phenotype maintenance. Advanced prostate cancers display AR hyperactivation and transcriptome expansion, in part, through AR amplification and interaction with oncoprotein cofactors. Despite its biological importance, how AR domains and cofactors cooperate to bind DNA has remained elusive. Using single-particle cryo-electron microscopy, we isolated three conformations of AR bound to DNA, showing that AR forms a non-obligate dimer, with the buried dimer interface utilized by ancestral steroid receptors repurposed to facilitate cooperative DNA binding. We identify novel allosteric surfaces which are compromised in androgen insensitivity syndrome and reinforced by AR's oncoprotein cofactor, ERG, and by DNA-binding motifs. Finally, we present evidence that this plastic dimer interface may have been adopted for transactivation at the expense of DNA binding. Our work highlights how fine-tuning AR's cooperative interactions translate to consequences in development and disease.
履歴
登録2021年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年6月22日-
現状2022年6月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25132.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.138 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0261
最小 - 最大-0.025240693 - 0.23130848
平均 (標準偏差)0.0006434938 (±0.0058133006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 273.664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25132_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25132_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Androgen receptor bound to DNA - Splayed state

全体名称: Androgen receptor bound to DNA - Splayed state
要素
  • 複合体: Androgen receptor bound to DNA - Splayed state
    • DNA: ARE DNA
    • タンパク質・ペプチド: Androgen receptor

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超分子 #1: Androgen receptor bound to DNA - Splayed state

超分子名称: Androgen receptor bound to DNA - Splayed state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: ARE DNA

分子名称: ARE DNA / タイプ: dna / ID: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TAGCGTGGCC AGAACATCAT GTTCTCCGGT GCGAT

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分子 #2: Androgen receptor

分子名称: Androgen receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSDYYFPPQK TCLICGDEAS GCHYGALTCG SCKVFFKRAA EGKQKYL CA SRNDCTIDKF RRKNCPSCRL RKCYEAGMTL GARKLKKLGN LKLQEEGENS NAGSPTEDPS QKMTVSHI E GYECQPIFLN VLEAIEPGVV CAGHDNNQPD SFAALLSSLN ELGERQLVHV ...文字列:
GSDYYFPPQK TCLICGDEAS GCHYGALTCG SCKVFFKRAA EGKQKYL CA SRNDCTIDKF RRKNCPSCRL RKCYEAGMTL GARKLKKLGN LKLQEEGENS NAGSPTEDPS QKMTVSHI E GYECQPIFLN VLEAIEPGVV CAGHDNNQPD SFAALLSSLN ELGERQLVHV VKWAKALPGF RNLHVDDQM AVIQYSWMGL MVFAMGWRSF TNVNSRMLYF APDLVFNEYR MHKSRMYSQC VRMRHLSQEF GWLQITPQEF LCMKALLLF SIIPVDGLKN QKFFDELRMN YIKELDRIIA CKRKNPTSCS RRFYQLTKLL DSVQPIAREL H QFTFDLLI KSHMVSVDFP EMMAEIISVQ VPKILSGKVK PIYFHTQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 61.27 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 17798
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 68581
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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