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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25122 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM 3D map of the yeast Rad24-RFC loader bound to DNA and the open 9-1-1 clamp | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the yeast Rad24-RFC loader bound to the 911 clamp and DNA in an open state | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA damage repair / Rad24-RFC / 9-1-1 clamp / DNA clamp / alternative clamp loader / DNA damage signaling / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity ...checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / recombinational repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / protein kinase activator activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zheng F / Georgescu R | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: DNA is loaded through the 9-1-1 DNA checkpoint clamp in the opposite direction of the PCNA clamp. 著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li / 要旨: The 9-1-1 DNA checkpoint clamp is loaded onto 5'-recessed DNA to activate the DNA damage checkpoint that arrests the cell cycle. The 9-1-1 clamp is a heterotrimeric ring that is loaded in ...The 9-1-1 DNA checkpoint clamp is loaded onto 5'-recessed DNA to activate the DNA damage checkpoint that arrests the cell cycle. The 9-1-1 clamp is a heterotrimeric ring that is loaded in Saccharomyces cerevisiae by Rad24-RFC (hRAD17-RFC), an alternate clamp loader in which Rad24 replaces Rfc1 in the RFC1-5 clamp loader of proliferating cell nuclear antigen (PCNA). The 9-1-1 clamp loading mechanism has been a mystery, because, unlike RFC, which loads PCNA onto a 3'-recessed junction, Rad24-RFC loads the 9-1-1 ring onto a 5'-recessed DNA junction. Here we report two cryo-EM structures of Rad24-RFC-DNA with a closed or 27-Å open 9-1-1 clamp. The structures reveal a completely unexpected mechanism by which a clamp can be loaded onto DNA. Unlike RFC, which encircles DNA, Rad24 binds 5'-DNA on its surface, not inside the loader, and threads the 3' ssDNA overhang into the 9-1-1 clamp from above the ring. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25122.map.gz | 226.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25122-v30.xml emd-25122.xml | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25122.png | 85.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25122.cif.gz | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25122 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25122 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25122_validation.pdf.gz | 507 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25122_full_validation.pdf.gz | 506.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25122_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25122_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25122 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25122 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sh2MC 7sgzC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the yeast Rad24-RFC loader bound to the 911 clamp and DNA in an open state | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Rad24-RFC-911 clamp-DNA
+超分子 #1: Rad24-RFC-911 clamp-DNA
+超分子 #2: dsDNA
+超分子 #3: Proteins
+分子 #1: Checkpoint protein RAD24
+分子 #2: Replication factor C subunit 4
+分子 #3: Replication factor C subunit 3
+分子 #4: Replication factor C subunit 2
+分子 #5: Replication factor C subunit 5
+分子 #6: Mitosis Entry Checkpoint protein MEC3
+分子 #7: DNA damage checkpoint control protein RAD17
+分子 #8: DNA damage checkpoint protein DDC1
+分子 #9: Watson strand
+分子 #10: Crick strand
+分子 #11: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
+分子 #12: MAGNESIUM ION
+分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 302403 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |