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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25104 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63 (focus refine of the asymmetric unit) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Binshtein E / Crowe JE | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Neutralizing antibodies protect mice against Venezuelan equine encephalitis virus aerosol challenge. 著者: Natasha M Kafai / Lauren E Williamson / Elad Binshtein / Soila Sukupolvi-Petty / Christina L Gardner / Jaclyn Liu / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Nurgun Kose / Robert H Carnahan / Ana Jung ...著者: Natasha M Kafai / Lauren E Williamson / Elad Binshtein / Soila Sukupolvi-Petty / Christina L Gardner / Jaclyn Liu / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Nurgun Kose / Robert H Carnahan / Ana Jung / Lindsay Droit / Douglas S Reed / Scott A Handley / William B Klimstra / James E Crowe / Michael S Diamond / ![]() 要旨: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) remains a risk for epidemic emergence or use as an aerosolized bioweapon. To develop possible countermeasures, we isolated VEEV-specific neutralizing ...Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) remains a risk for epidemic emergence or use as an aerosolized bioweapon. To develop possible countermeasures, we isolated VEEV-specific neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) from mice and a human immunized with attenuated VEEV strains. Functional assays and epitope mapping established that potently inhibitory anti-VEEV mAbs bind distinct antigenic sites in the A or B domains of the E2 glycoprotein and block multiple steps in the viral replication cycle including attachment, fusion, and egress. A 3.2-Å cryo-electron microscopy reconstruction of VEEV virus-like particles bound by a human Fab suggests that antibody engagement of the B domain may result in cross-linking of neighboring spikes to prevent conformational requirements for viral fusion. Prophylaxis or postexposure therapy with these mAbs protected mice against lethal aerosol challenge with VEEV. Our study defines functional and structural mechanisms of mAb protection and suggests that multiple antigenic determinants on VEEV can be targeted for vaccine or antibody-based therapeutic development. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 63.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 195.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.3 MB 80.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 659.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 658.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02775 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25104_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25104_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
超分子 | 名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 11037 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Spike glycoprotein E1
分子 | 名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: TC-83 |
分子量 | 理論値: 47.952066 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST ...文字列: YEHATTMPSQ AGISYNTIVN RAGYAPLPIS ITPTKIKLIP TVNLEYVTCH YKTGMDSPAI KCCGSQECTP TYRPDEQCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQVSKAYVM KSDDCLADHA EAYKAHTASV QAFLNITVGE HSIVTTVYVN GETPVNFNGV K ITAGPLST AWTPFDRKIV QYAGEIYNYD FPEYGAGQPG AFGDIQSRTV SSSDLYANTN LVLQRPKAGA IHVPYTQAPS GF EQWKKDK APSLKFTAPF GCEIYTNPIR AENCAVGSIP LAFDIPDALF TRVSETPTLS AAECTLNECV YSSDFGGIAT VKY SASKSG KCAVHVPSGT ATLKEAAVEL TEQGSATIHF STANIHPEFR LQICTSYVTC KGDCHPPKDH IVTHPQYHAQ TFTA AVSKT AWTWLTSLLG GSAVIIIIGL VLATIVAMYV LTNQKHN |
-分子 #2: Spike glycoprotein E2
分子 | 名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: TC-83 |
分子量 | 理論値: 47.113746 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH ...文字列: STEELFNEYK LTRPYMARCI RCAVGSCHSP IAIEAVKSDG HDGYVRLQTS SQYGLDSSGN LKGRTMRYDM HGTIKEIPLH QVSLYTSRP CHIVDGHGYF LLARCPAGDS ITMEFKKDSV RHSCSVPYEV KFNPVGRELY THPPEHGVEQ ACQVYAHDAQ N RGAYVEMH LPGSEVDSSL VSLSGSSVTV TPPDGTSALV ECECGGTKIS ETINKTKQFS QCTKKEQCRA YRLQNDKWVY NS DKLPKAA GATLKGKLHV PFLLADGKCT VPLAPEPMIT FGFRSVSLKL HPKNPTYLIT RQLADEPHYT HELISEPAVR NFT VTEKGW EFVWGNHPPK RFWAQETAPG NPHGLPHEVI THYYHRYPMS TILGLSICAA IATVSVAAST WLFCRSRVAC LTPY RLTPN ARIPFCLAVL CCARTARA |
-分子 #3: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: TC-83 |
分子量 | 理論値: 30.995879 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSAKKPKKEA SQKQKGGGQG KKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTFP IMLEGKINGY ACVVGGKLFR PMHVEGKIDN D VLAALKTK ...文字列: MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSAKKPKKEA SQKQKGGGQG KKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTFP IMLEGKINGY ACVVGGKLFR PMHVEGKIDN D VLAALKTK KASKYDLEYA DVPQNMRADT FKYTHEKPQG YYSWHHGAVQ YENGRFTVPK GVGAKGDSGR PILDNQGRVV AI VLGGVNE GSRTALSVVM WNEKGVTVKY TPENCEQW |
-分子 #4: hVEEV-63 Fab heavy chain
分子 | 名称: hVEEV-63 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.403909 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKSSGYTFT NYIIHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQGRISV TRDTSASAAY MELSSLKSE DTALYYCATL QMDYGGNGDL DYWGQGTLVT VSS |
-分子 #5: hVEEV-63 Fab light chain
分子 | 名称: hVEEV-63 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.515588 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: YELTQPPSVS VSPGQTARIT CSGDALPKQY VYWYQQKPGQ APVLVIYKDS ERPSGIPERF SGSSSGTTVT LTISGVQAED DADYYCQAA DSSNTEYVFG TGTKVTVL |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Lacey Carbon. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10586 / 平均露光時間: 8.14 sec. / 平均電子線量: 40.05 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7sfw: |