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- EMDB-25063: in situ SIVmac239-Env trimers on the surface of AT-2-inactivated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25063
タイトルin situ SIVmac239-Env trimers on the surface of AT-2-inactivated virions
マップデータin situ SIVmac239-Env trimers on the surface of AT-2-inactivated virions
試料
  • ウイルス: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Liu J / Wang CY
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of prefusion SIV envelope trimer.
著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi ...著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Brandon F Keele / Jeffrey D Lifson / Jun Liu / Mario Roederer / Peter D Kwong /
要旨: Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion ...Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion stabilization and cryo-EM structures of soluble envelope (Env) trimers from rhesus macaque SIV (SIV) in complex with neutralizing antibodies. These structures provide residue-level definition for SIV-specific disulfide-bonded variable loops (V1 and V2), which we used to delineate variable-loop coverage of the Env trimer. The defined variable loops enabled us to investigate assembled Env-glycan shields throughout SIV, which we found to comprise both N- and O-linked glycans, the latter emanating from V1 inserts, which bound the O-link-specific lectin jacalin. We also investigated in situ SIV-Env trimers on virions, determining cryo-electron tomography structures at subnanometer resolutions for an antibody-bound complex and a ligand-free state. Collectively, these structures define the prefusion-closed structure of the SIV-Env trimer and delineate variable-loop and glycan-shielding mechanisms of immune evasion conserved throughout SIV evolution.
履歴
登録2021年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25063.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25063.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈in situ SIVmac239-Env trimers on the surface of AT-2-inactivated virions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 276. Å		1.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 276. Å		1.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 276. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.024806794 - 0.25254935
平均 (標準偏差)-1.626936e-11 (±0.006167115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 276.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Simian immunodeficiency virus

全体名称: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Simian immunodeficiency virus

超分子名称: Simian immunodeficiency virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11723 / 生物種: Simian immunodeficiency virus / Sci species strain: SIVmac239 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 32857
抽出トモグラム数: 55 / 使用した粒子像数: 40000
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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