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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2505 | |||||||||
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タイトル | Septin-Gic1 complex in a single-tilt-axis subtomogram. | |||||||||
![]() | Cryo-Tomogram of Septin/Gic1 Complex. | |||||||||
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![]() | cell division / bud neck filaments / cytokinesis / cytoskeleton / electron tomography / septin / gic | |||||||||
機能・相同性 | ![]() septin ring organization / Cdc42 protein signal transduction / incipient cellular bud site / cellular bud tip / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / mating projection tip / establishment of cell polarity / small GTPase binding / regulation of cell shape ...septin ring organization / Cdc42 protein signal transduction / incipient cellular bud site / cellular bud tip / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / mating projection tip / establishment of cell polarity / small GTPase binding / regulation of cell shape / cell cortex / cytoskeleton / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 60.0 Å | |||||||||
![]() | Sadian Y / Gatsogiannis C / Patasi C / Hofnagel O / Goody RS / Farkasovsky M / Raunser S | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The role of Cdc42 and Gic1 in the regulation of septin filament formation and dissociation. 著者: Yashar Sadian / Christos Gatsogiannis / Csilla Patasi / Oliver Hofnagel / Roger S Goody / Marian Farkasovský / Stefan Raunser / ![]() 要旨: Septins are guanine nucleotide-binding proteins that polymerize into filamentous and higher-order structures. Cdc42 and its effector Gic1 are involved in septin recruitment, ring formation and ...Septins are guanine nucleotide-binding proteins that polymerize into filamentous and higher-order structures. Cdc42 and its effector Gic1 are involved in septin recruitment, ring formation and dissociation. The regulatory mechanisms behind these processes are not well understood. Here, we have used electron microscopy and cryo electron tomography to elucidate the structural basis of the Gic1-septin and Gic1-Cdc42-septin interaction. We show that Gic1 acts as a scaffolding protein for septin filaments forming long and flexible filament cables. Cdc42 in its GTP-form binds to Gic1, which ultimately leads to the dissociation of Gic1 from the filament cables. Surprisingly, Cdc42-GDP is not inactive, but in the absence of Gic1 directly interacts with septin filaments resulting in their disassembly. We suggest that this unanticipated dual function of Cdc42 is crucial for the cell cycle. Based on our results we propose a novel regulatory mechanism for septin filament formation and dissociation. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01085.001. | |||||||||
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 1.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2504C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Cryo-Tomogram of Septin/Gic1 Complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Septin-Gic1 complex
全体 | 名称: Septin-Gic1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Septin-Gic1 complex
超分子 | 名称: Septin-Gic1 complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: Septin
分子 | 名称: Septin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | InterPro: Septin |
-分子 #2: Gic1
分子 | 名称: Gic1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: GTPase-interacting component 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 100 mM NaCl, 20 mM mM Tris-HCl, 1 mM DTT |
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グリッド | 詳細: 400 Mesh 2/1 C-flat holey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | OTHER |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: in-column Omega filte エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV |
日付 | 2011年10月28日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) 実像数: 63 / 平均電子線量: 65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 85470 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -62 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 62 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 ° |
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画像解析
詳細 | Standard eTOMO procedures for single axis tilt tomograms |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 60.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: ![]() |