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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25045 | |||||||||
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タイトル | Cytoplasmic tail deleted HIV-1 Env bound with three 4E10 Fabs | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang S / Walz T | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Dynamic HIV-1 spike motion creates vulnerability for its membrane-bound tripod to antibody attack. 著者: Shuang Yang / Giorgos Hiotis / Yi Wang / Junjian Chen / Jia-Huai Wang / Mikyung Kim / Ellis L Reinherz / Thomas Walz / 要旨: Vaccines targeting HIV-1's gp160 spike protein are stymied by high viral mutation rates and structural chicanery. gp160's membrane-proximal external region (MPER) is the target of naturally arising ...Vaccines targeting HIV-1's gp160 spike protein are stymied by high viral mutation rates and structural chicanery. gp160's membrane-proximal external region (MPER) is the target of naturally arising broadly neutralizing antibodies (bnAbs), yet MPER-based vaccines fail to generate bnAbs. Here, nanodisc-embedded spike protein was investigated by cryo-electron microscopy and molecular-dynamics simulations, revealing spontaneous ectodomain tilting that creates vulnerability for HIV-1. While each MPER protomer radiates centrally towards the three-fold axis contributing to a membrane-associated tripod structure that is occluded in the upright spike, tilting provides access to the opposing MPER. Structures of spike proteins with bound 4E10 bnAb Fabs reveal that the antibody binds exposed MPER, thereby altering MPER dynamics, modifying average ectodomain tilt, and imposing strain on the viral membrane and the spike's transmembrane segments, resulting in the abrogation of membrane fusion and informing future vaccine development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25045.map.gz | 204.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25045-v30.xml emd-25045.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25045.png | 102 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25045 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25045_validation.pdf.gz | 425.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25045_full_validation.pdf.gz | 425.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25045_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25045_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25045 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
全体 | 名称: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
超分子 | 名称: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) / 株: BG505 |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-分子 #1: 4E10 Fab light chain
分子 | 名称: 4E10 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.292705 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT QSLSPGERAT LSCRASQSVG NNKLAWYQQR PGQAPRLLIY GASSRPSGVA DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGQSLSTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT QSLSPGERAT LSCRASQSVG NNKLAWYQQR PGQAPRLLIY GASSRPSGVA DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGQSLSTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGE |
-分子 #2: 4E10 Fab heavy chain
分子 | 名称: 4E10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.18025 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVTV SCKASGGSFS TYALSWVRQA PGRGLEWMGG VIPLLTITNY APRFQGRITI TADRSTSTAY LELNSLRPE DTAVYYCARE GTTGWGWLGK PIGAFAHWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVTV SCKASGGSFS TYALSWVRQA PGRGLEWMGG VIPLLTITNY APRFQGRITI TADRSTSTAY LELNSLRPE DTAVYYCARE GTTGWGWLGK PIGAFAHWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SC |
-分子 #3: Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) |
分子量 | 理論値: 54.064277 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R |
-分子 #4: Transmembrane protein gp41
分子 | 名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) |
分子量 | 理論値: 19.800559 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDKWASLW N WFDISNWL WYIKL |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 36 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 362646 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |