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- EMDB-24963: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24963
タイトルMouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence of cyclic peptide RTL4
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence of cyclic peptide RTL4
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT ligand biogenesis and trafficking / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / regulation of dendritic spine maintenance / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / positive regulation of Wnt protein secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport ...WNT ligand biogenesis and trafficking / neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / regulation of dendritic spine maintenance / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / positive regulation of Wnt protein secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / vacuolar protein processing / retromer, cargo-selective complex / Golgi to vacuole transport / protein localization to organelle / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of late endosome to lysosome transport / vesicle-mediated transport in synapse / positive regulation of dopamine biosynthetic process / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to endosome / retromer complex / voluntary musculoskeletal movement / dopaminergic synapse / transcytosis / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of protein localization to cell periphery / lysosome organization / positive regulation of mitochondrial fission / regulation of postsynapse assembly / D1 dopamine receptor binding / intracellular protein transport / modulation of chemical synaptic transmission / protein destabilization / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / late endosome / protein transport / presynapse / vesicle / early endosome / lysosome / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / endosome / endosome membrane / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / mitochondrion / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Arrestin-like, C-terminal ...Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Arrestin-like, C-terminal / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Kendall AK / Jackson LP
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: De novo macrocyclic peptides for inhibiting, stabilizing, and probing the function of the retromer endosomal trafficking complex.
著者: Kai-En Chen / Qian Guo / Timothy A Hill / Yi Cui / Amy K Kendall / Zhe Yang / Ryan J Hall / Michael D Healy / Joanna Sacharz / Suzanne J Norwood / Sachini Fonseka / Boyang Xie / Robert C Reid ...著者: Kai-En Chen / Qian Guo / Timothy A Hill / Yi Cui / Amy K Kendall / Zhe Yang / Ryan J Hall / Michael D Healy / Joanna Sacharz / Suzanne J Norwood / Sachini Fonseka / Boyang Xie / Robert C Reid / Natalya Leneva / Robert G Parton / Rajesh Ghai / David A Stroud / David P Fairlie / Hiroaki Suga / Lauren P Jackson / Rohan D Teasdale / Toby Passioura / Brett M Collins /
要旨: The retromer complex (Vps35-Vps26-Vps29) is essential for endosomal membrane trafficking and signaling. Mutation of the retromer subunit Vps35 causes late-onset Parkinson’s disease, while viral and ...The retromer complex (Vps35-Vps26-Vps29) is essential for endosomal membrane trafficking and signaling. Mutation of the retromer subunit Vps35 causes late-onset Parkinson’s disease, while viral and bacterial pathogens can hijack the complex during cellular infection. To modulate and probe its function, we have created a novel series of macrocyclic peptides that bind retromer with high affinity and specificity. Crystal structures show that most of the cyclic peptides bind to Vps29 via a Pro-Leu–containing sequence, structurally mimicking known interactors such as TBC1D5 and blocking their interaction with retromer in vitro and in cells. By contrast, macrocyclic peptide RT-L4 binds retromer at the Vps35-Vps26 interface and is a more effective molecular chaperone than reported small molecules, suggesting a new therapeutic avenue for targeting retromer. Last, tagged peptides can be used to probe the cellular localization of retromer and its functional interactions in cells, providing novel tools for studying retromer function.
履歴
登録2021年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2021年12月15日-
現状2021年12月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24963.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 368 pix.
= 250.645 Å		0.68 Å/pix.
x 368 pix.
= 250.645 Å		0.68 Å/pix.
x 368 pix.
= 250.645 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6811 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0047 / ムービー #1: 0.0047
最小 - 最大-0.0051184893 - 0.018373754
平均 (標準偏差)4.487539e-05 (±0.0008256466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 250.6448 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.681100543478260.681100543478260.68110054347826
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z250.645250.645250.645
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.0050.0180.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence o...

全体名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence of cyclic peptide RTL4
要素
  • 複合体: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence of cyclic peptide RTL4
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

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超分子 #1: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence o...

超分子名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer in the presence of cyclic peptide RTL4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPTTQQSPQD EQEKLLDEAI QAVKVQSFQM KRCLDKNKLM DALKHASNML GELRTSMLSP KSYYELYMA ISDELHYLEV YLTDEFAKGR KVADLYELVQ YAGNIIPRLY LLITVGVVYV K SFPQSRKD ILKDLVEMCR GVQHPLRGLF LRNYLLQCTR NILPDEGEPT ...文字列:
MPTTQQSPQD EQEKLLDEAI QAVKVQSFQM KRCLDKNKLM DALKHASNML GELRTSMLSP KSYYELYMA ISDELHYLEV YLTDEFAKGR KVADLYELVQ YAGNIIPRLY LLITVGVVYV K SFPQSRKD ILKDLVEMCR GVQHPLRGLF LRNYLLQCTR NILPDEGEPT DEETTGDISD SM DFVLLNF AEMNKLWVRM QHQGHSRDRE KRERERQELR ILVGTNLVRL SQLEGVNVER YKQ IVLTGI LEQVVNCRDA LAQEYLMECI IQVFPDEFHL QTLNPFLRAC AELHQNVNVK NIII ALIDR LALFAHREDG PGIPAEIKLF DIFSQQVATV IQSRQDMPSE DVVSLQVSLI NLAMK CYPD RVDYVDKVLE TTVEIFNKLN LEHIATSSAV SKELTRLLKI PVDTYNNILT VLKLKH FHP LFEYFDYESR KSMSCYVLSN VLDYNTEIVS QDQVDSIMNL VSTLIQDQPD QPVEDPD PE DFADEQSLVG RFIHLLRSDD PDQQYLILNT ARKHFGAGGN QRIRFTLPPL VFAAYQLA F RYKENSQMDD KWEKKCQKIF SFAHQTISAL IKAELAELPL RLFLQGALAA GEIGFENHE TVAYEFMSQA FSLYEDEISD SKAQLAAITL IIGTFERMKC FSEENHEPLR TQCALAASEL LEEPDQGRA VSTCAHLFWS GRNTDKNGEE LHGGKRVMEC LKKALKIANQ CMDPSLQVQL F IEILNRYI YFYEKENDAV TIQVLNQLIQ KIREDLPNLE SSEETEQINK HFHNTLEHLR SR RESPESE GPIYEGLIL

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSFLGGFFGP ICEIDVALND GETRKMAEMK TEDGKVEKHY LFYDGESVSG KVNLAFKQPG KRLEHQGIR IEFVGQIELF NDKSNTHEFV NLVKELALPG ELTQSRSYDF EFMQVEKPYE S YIGANVRL RYFLKVTIVR RLTDLVKEYD LIVHQLATYP DVNNSIKMEV ...文字列:
MSFLGGFFGP ICEIDVALND GETRKMAEMK TEDGKVEKHY LFYDGESVSG KVNLAFKQPG KRLEHQGIR IEFVGQIELF NDKSNTHEFV NLVKELALPG ELTQSRSYDF EFMQVEKPYE S YIGANVRL RYFLKVTIVR RLTDLVKEYD LIVHQLATYP DVNNSIKMEV GIEDCLHIEF EY NKSKYHL KDVIVGKIYF LLVRIKIQHM ELQLIKKEIT GIGPSTTTET ETIAKYEIMD GAP VKGESI PIRLFLAGYD PTPTMRDVNK KFSVRYFLNL VLVDEEDRRY FKQQEIILWR KAPE KLRKQ RTNFHQRFES PDSQASAEQP EM

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分子 #3: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLVLVLGDLH IPHRCNSLPA KFKKLLVPGK IQHILCTGNL CTKESYDYLK TLAGDVHIVR GDFDENLNY PEQKVVTVGQ FKIGLIHGHQ VIPWGDMASL ALLQRQFDVD ILISGHTHKF E AFEHENKF YINPGSATGA YNALET

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28083
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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