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- EMDB-24945: Intact 70S ribosome without PrfH bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24945
タイトルIntact 70S ribosome without PrfH bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Damaged 70S with PrfH
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tian Y / Zeng F / Raybarman A / Carruthers A / Li Q / Fatma S / Huang RH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120764 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Sequential rescue and repair of stalled and damaged ribosome by bacterial PrfH and RtcB.
著者: Yannan Tian / Fuxing Zeng / Adrika Raybarman / Shirin Fatma / Amy Carruthers / Qingrong Li / Raven H Huang /
要旨: RtcB is involved in transfer RNA (tRNA) splicing in archaeal and eukaryotic organisms. However, most RtcBs are found in bacteria, whose tRNAs have no introns. Because tRNAs are the substrates of ...RtcB is involved in transfer RNA (tRNA) splicing in archaeal and eukaryotic organisms. However, most RtcBs are found in bacteria, whose tRNAs have no introns. Because tRNAs are the substrates of archaeal and eukaryotic RtcB, it is assumed that bacterial RtcBs are for repair of damaged tRNAs. Here, we show that a subset of bacterial RtcB, denoted RtcB2 herein, specifically repair ribosomal damage in the decoding center. To access the damage site for repair, however, the damaged 70S ribosome needs to be dismantled first, and this is accomplished by bacterial PrfH. Peptide-release assays revealed that PrfH is only active with the damaged 70S ribosome but not with the intact one. A 2.55-Å cryo-electron microscopy structure of PrfH in complex with the damaged 70S ribosome provides molecular insight into PrfH discriminating between the damaged and the intact ribosomes via specific recognition of the cleaved 3'-terminal nucleotide. RNA repair assays demonstrated that RtcB2 efficiently repairs the damaged 30S ribosomal subunit but not the damaged tRNAs. Cell-based assays showed that the RtcB2-PrfH pair reverse the damage inflicted by ribosome-specific ribotoxins in vivo. Thus, our combined biochemical, structural, and cell-based studies have uncovered a bacterial defense system specifically evolved to reverse the lethal ribosomal damage in the decoding center for cell survival.
履歴
登録2021年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2022年8月3日-
現状2022年8月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24945.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.023023298 - 0.03317495
平均 (標準偏差)-7.010345e-07 (±0.0016927139)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Damaged 70S with PrfH

全体名称: Damaged 70S with PrfH
要素
  • 複合体: Damaged 70S with PrfH

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超分子 #1: Damaged 70S with PrfH

超分子名称: Damaged 70S with PrfH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.4 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5mdz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87508
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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