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万見
- EMDB-24938: DrmAB:ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24938
タイトルDrmAB:ADP
マップデータ
試料
  • 複合体: DrmAB:ADP
    • タンパク質・ペプチド: DrmA
    • タンパク質・ペプチド: DrmB
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードDISARM / Helicase / IMMUNE SYSTEM
生物種Serratia (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Bravo JPK / Taylor DW / Brouns SJJ / Aparicio-Maldonado C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for broad anti-phage immunity by DISARM.
著者: Jack P K Bravo / Cristian Aparicio-Maldonado / Franklin L Nobrega / Stan J J Brouns / David W Taylor /
要旨: In the evolutionary arms race against phage, bacteria have assembled a diverse arsenal of antiviral immune strategies. While the recently discovered DISARM (Defense Island System Associated with ...In the evolutionary arms race against phage, bacteria have assembled a diverse arsenal of antiviral immune strategies. While the recently discovered DISARM (Defense Island System Associated with Restriction-Modification) systems can provide protection against a wide range of phage, the molecular mechanisms that underpin broad antiviral targeting but avoiding autoimmunity remain enigmatic. Here, we report cryo-EM structures of the core DISARM complex, DrmAB, both alone and in complex with an unmethylated phage DNA mimetic. These structures reveal that DrmAB core complex is autoinhibited by a trigger loop (TL) within DrmA and binding to DNA substrates containing a 5' overhang dislodges the TL, initiating a long-range structural rearrangement for DrmAB activation. Together with structure-guided in vivo studies, our work provides insights into the mechanism of phage DNA recognition and specific activation of this widespread antiviral defense system.
履歴
登録2021年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24938.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24938.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0518
最小 - 最大-0.13816409 - 0.28537875
平均 (標準偏差)0.00030475762 (±0.0053397063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DrmAB:ADP

全体名称: DrmAB:ADP
要素
  • 複合体: DrmAB:ADP
    • タンパク質・ペプチド: DrmA
    • タンパク質・ペプチド: DrmB
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: DrmAB:ADP

超分子名称: DrmAB:ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Serratia (バクテリア)

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分子 #1: DrmA

分子名称: DrmA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Serratia (バクテリア)
分子量理論値: 147.980766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDNNKSSKT PNAWIAIDHN FSRAQVLTYY TLQLKGEHSL HQAISDNDWI LVLDTTGNIT RVGRILRIRS DLETTTIFFD RMLQVKSVV SIGITPFKFP PNDRAGRIQW TDFIETLPKE LHITIADIPK IEDQTYIREL LQLAVMDDLL GPAGGPNELI V DMGVRDRY ...文字列:
MTDNNKSSKT PNAWIAIDHN FSRAQVLTYY TLQLKGEHSL HQAISDNDWI LVLDTTGNIT RVGRILRIRS DLETTTIFFD RMLQVKSVV SIGITPFKFP PNDRAGRIQW TDFIETLPKE LHITIADIPK IEDQTYIREL LQLAVMDDLL GPAGGPNELI V DMGVRDRY LVGKLAPREA AERGQEFPID AEDIEDEEPD LIVKAKTAKV NSPSVLGSGE TDTAEEIDAA SNQSLVPSSL GM TFCVDGD VDRVEIEARW GRYERVPNDE HQFFKSNGQK AKVWKRIPCG GKIVLPLIEG SISHNAPDST SPEVRVQGSI RAK NDNGDR LITLFLVNAQ EEPDTNRDTA WVFQPELIVR AAKDAAKPAI FRRRPVLDAD GMDPEREALE MIYRDRVEFA VGHG VAVHA EIADDVTLAT EVRTTVMPQY EVQATETPGL ELSDRPAMRE MVSSGLLDMQ RLATLDIDPL VDALSVLTND YATWI DEQN LNVSSKAKGF DTQAQTAINR CQEIHTRLQE GINTLKSNEN ALAAFRFANQ AMATQRIRSL YALAMRRGED VTLDKF DVL KNRSWRPFQL AFLLLSIPSL ADPCHPDRVK PIEAYADLLW FPTGGGKTEA YLGVAAFTMA IRRMQGNLGG YDSSRGL TV IMRYTLRLLT LQQFQRATAL ICAMEVLRRE ALNKGDKSLG TEPFTIGLWV GNKVTPGTTE DSHNAIEKTR NPGSYNAG T ASPVQLTSCP WCGTEIVPGQ DVEVKKDKAG GRTFVYCGDK KGRCEFSKGK SSTQPHPGIP VLVVDEEIYH RPPTMMIAT VDKFAMMAWR GQVRTLFGRV EKECERHGLL WPGANCTGNH QAFKGQPSAK VKAIPPIRPP DLIIQDEFHL ISGPLGTMVG LYETAVDEL CSWTLNGKTV KPKIIASTAT VRKAKEQVNN VFMRQVSVFP PHGLDVEDNF FSVQRHIKDK FGRRYLGVCS P GSSRPAML IRVYTAFLTA AQELFDHFGE PADPYMTMVG YFNSLRELGG MKRLAEDDVQ TRSYRVQMSM VERPALAQRS VN NIRELTS RVSSQDIPKY LDNLEVKFKA EFDSSAGKYV TKWQEGDTRA IDVVLATNML SVGVDVNRLG LMAVNGQPKG TAE YIQATS RVGRSFPGLV CTVLTWARPR DLSHYETFEH YHATFYKHVE AQSVTPFSPR AMDRGLTGSL LSLMRLKNNE FSPN EGAGK LDMSNQSELA HAIEVLATRA GNVAEDNARK LLAENELKER ADEWAKEASK GGRILGYEKR GPDKDKTVAL IKSPG LQAW DNWTVPMSMR EVESGVRLIM DTKFIKDDHD WKPRPATKDE D

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分子 #2: DrmB

分子名称: DrmB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Serratia (バクテリア)
分子量理論値: 68.667039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIINNKTPVG EVRPSQLLWT YGPGALIDLP SLSVVTLGID RWERERCQPI QEARLLAAVR KVLGPQVENL RMPPFQKSEL VDPWSAEAN IGVPVRPFPR WMRCVKCGLL SPFDDGLLEI KEDRFRAERT RFVHKGCTGS KGNLPAKDAD AVPARFLLAC R DGHLDDFP ...文字列:
MIINNKTPVG EVRPSQLLWT YGPGALIDLP SLSVVTLGID RWERERCQPI QEARLLAAVR KVLGPQVENL RMPPFQKSEL VDPWSAEAN IGVPVRPFPR WMRCVKCGLL SPFDDGLLEI KEDRFRAERT RFVHKGCTGS KGNLPAKDAD AVPARFLLAC R DGHLDDFP WHYFVHGGNS TCKGTLRFFE SGASLQTENL WVRCDSCEAS RSMAHAFGKA GKENLPACRG RHPHLDQFDI DC GEEPRAV LLGATNSWFP ITLSALAIPQ SKNPLSQLIQ DGWPLFEAIT AEVMVPIVVQ TLKLTGGLPG IDKYSVSDIW SAI EMHRSG GDSEFVGEAD IKGPEWEVLT EANPPTDYPH FMSKKIGTPA QFIPYISRVL LLERLREVNA LLGFTRVEAP EGSG EINER PQMASLARNK PEWVPANQVH GEGIFIQFNE KTLVAWESLD AVKQVDEMLR GGHTGWRNSR NLDPNEDYPG IRYAM LHTL SHLLIRELAL ECGYNAASIR ERIYADTSNG SPQAGILIYT AAADSDGTLG GLVDLGKPEN LGRLLVQALN RSKICS SDP LCSEHNPEKD RSLHAAACHA CTLVAETSCE QGNRYLDRSL LIPTLERIHA AFFKGF

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120119
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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