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万見
- EMDB-2489: Determination of protein structure at 8.5 Angstrom resolution usi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2489
タイトルDetermination of protein structure at 8.5 Angstrom resolution using cryo-electron microscopy and subtomogram averaging
マップデータTomogram reconstruction of a tilt-series containing M-MPMV dPro CANC tubes
試料
  • 試料: M-MPV CANC Gag lattice
  • タンパク質・ペプチド: M-MPV dPro CANC protein
キーワードCryo-electron Tomography / Sub-tomogram Averaging / Retrovirus / Capsid
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schur FKM / Hagen W / de Marco A / Briggs JAG
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Determination of protein structure at 8.5Å resolution using cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging.
著者: Florian K M Schur / Wim J H Hagen / Alex de Marco / John A G Briggs /
要旨: Cryo-electron tomography combined with image processing by sub-tomogram averaging is unique in its power to resolve the structures of proteins and macromolecular complexes in situ. Limitations of the ...Cryo-electron tomography combined with image processing by sub-tomogram averaging is unique in its power to resolve the structures of proteins and macromolecular complexes in situ. Limitations of the method, including the low signal to noise ratio within individual images from cryo-tomographic datasets and difficulties in determining the defocus at which the data was collected, mean that to date the very best structures obtained by sub-tomogram averaging are limited to a resolution of approximately 15 Å. Here, by optimizing data collection and defocus determination steps, we have determined the structure of assembled Mason-Pfizer monkey virus Gag protein using sub-tomogram averaging to a resolution of 8.5 Å. At this resolution alpha-helices can be directly and clearly visualized. These data demonstrate for the first time that high-resolution structural information can be obtained from cryo-electron tomograms using sub-tomogram averaging. Sub-tomogram averaging has the potential to allow detailed studies of unsolved and biologically relevant structures under biologically relevant conditions.
履歴
登録2013年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月13日-
マップ公開2013年11月13日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_2489.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram reconstruction of a tilt-series containing M-MPMV dPro CANC tubes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.03 Å/pix.
x 696 pix.
= 1409.4 Å		2.03 Å/pix.
x 2048 pix.
= 4147.2 Å		2.03 Å/pix.
x 2048 pix.
= 4147.2 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-32767.0 - 23112.0
平均 (標準偏差)133.224792479999991 (±3780.626953129999947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0042
サイズ20482048696
Spacing20482048696
セルA: 4147.2 Å / B: 4147.2 Å / C: 1409.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.0252.0252.025
M x/y/z20482048696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z4147.2004147.2001409.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0042
NC/NR/NS20482048696
D min/max/mean-32767.00023112.000133.225

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M-MPV CANC Gag lattice

全体名称: M-MPV CANC Gag lattice
要素
  • 試料: M-MPV CANC Gag lattice
  • タンパク質・ペプチド: M-MPV dPro CANC protein

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超分子 #1000: M-MPV CANC Gag lattice

超分子名称: M-MPV CANC Gag lattice / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical / Number unique components: 1

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分子 #1: M-MPV dPro CANC protein

分子名称: M-MPV dPro CANC protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helical / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.7 / 詳細: 50mM Tris, 100mM NaCl,1uM Zn
グリッド詳細: 300mesh copper, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2002 postcolumn energy filter
日付2013年5月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
実像数: 36 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 3 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Tilt series was reconstructed using IMOD
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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