EMDB-24887: 2.1 Angstrom resolution structure of Beta-galactosidase obtained ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-24887

タイトル

2.1 Angstrom resolution structure of Beta-galactosidase obtained from Glacios equipped with Falcon 3

マップデータ

試料

複合体: beta-galactosidase

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Merk A / Darling JE / Grisshammer R / Ognjenovic J

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.1 Angstrom resolution structure of Beta-galactosidase obtained from Glacios equipped with Falcon 3
著者: Merk A / Darling JE / Grisshammer R / Ognjenovic J

履歴

登録	2021年9月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月9日	-
マップ公開	2022年11月9日	-
更新	2022年11月9日	-
現状	2022年11月9日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_24887.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_24887.map.gz	6.1 GB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-24887-v30.xml emd-24887.xml	11.7 KB 11.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_24887.png	193.4 KB
マスクデータ	emd_24887_msk_1.map	824 MB		マスクマップ
その他	emd_24887_half_map_1.map.gz emd_24887_half_map_2.map.gz	665.2 MB 665 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24887	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_24887_validation.pdf.gz	713.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_24887_full_validation.pdf.gz	712.7 KB	表示
XML形式データ	emd_24887_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_24887_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24887	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_24887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.26 Å/pix. x 1200 pix. = 315.6 Å	0.26 Å/pix. x 1200 pix. = 315.6 Å	0.26 Å/pix. x 1200 pix. = 315.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.263 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0548
最小 - 最大	-0.16232435 - 0.26757017
平均 (標準偏差)	-6.4620144e-06 (±0.0062402925)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_24887_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_24887_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_24887_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : beta-galactosidase

全体	名称: beta-galactosidase
要素	複合体: beta-galactosidase

-
超分子 #1: beta-galactosidase

超分子	名称: beta-galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 21995
最終再構成	想定した対称性 - 点群: D₂ (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 217550
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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