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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2486 | |||||||||
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タイトル | Electron microscopy of negatively-stained p9 tail protein from bacillus phi29 bacteriophage | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of bacteriophage phi29 tail protein | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage / Tail protein | |||||||||
機能・相同性 | Distal tube protein, N-terminal / Caudoviral major tail protein N-terminus / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / Tail knob protein gp9 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus phage phi29 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Cuervo A / Chagoyen M / Pulido-Cid M / Camacho A / Carrascosa JL | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural characterization of T7 tail machinery reveals a conserved tubular structure among other members of the Podoviridae family suggesting a common mechanism for DNA delivery 著者: Cuervo A / Chagoyen M / Pulido-Cid M / Camacho A / Carrascosa JL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2486.map.gz | 769.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2486-v30.xml emd-2486.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2486.png | 99.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2486 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2486 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2486_validation.pdf.gz | 199 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2486_full_validation.pdf.gz | 198.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2486_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2486 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2486 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of bacteriophage phi29 tail protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : p9 protein from phi29 bacteriophage
全体 | 名称: p9 protein from phi29 bacteriophage |
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要素 |
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-超分子 #1000: p9 protein from phi29 bacteriophage
超分子 | 名称: p9 protein from phi29 bacteriophage / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 402 KDa |
-分子 #1: p9
分子 | 名称: p9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The protein was cloned with an His-tag / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus phage phi29 (ファージ) |
分子量 | 実験値: 67 KDa / 理論値: 67 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Top10 / 組換プラスミド: pBAD/His B |
配列 | UniProtKB: Tail knob protein gp9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 100mM NaCl and 10 mM MgCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: GraFix-fixated proteins stained on 2% w/v uranyl acetate for 1 min. |
グリッド | 詳細: 400 mesh cupper grid coated with a carbon layer, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2012年1月25日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 100 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 108696 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Xmipp / 使用した粒子像数: 4362 |