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万見
- EMDB-2486: Electron microscopy of negatively-stained p9 tail protein from ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2486
タイトルElectron microscopy of negatively-stained p9 tail protein from bacillus phi29 bacteriophage
マップデータReconstruction of bacteriophage phi29 tail protein
試料
  • 試料: p9 protein from phi29 bacteriophage
  • タンパク質・ペプチド: p9
キーワードBacteriophage / Tail protein
機能・相同性: / Bacillus phage phi29, Tail knob protein gp9, C-terminal domain / Distal tube protein, N-terminal / Caudoviral major tail protein N-terminus / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / Tail knob protein gp9
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Cuervo A / Chagoyen M / Pulido-Cid M / Camacho A / Carrascosa JL
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of T7 tail machinery reveals a conserved tubular structure among other members of the Podoviridae family suggesting a common mechanism for DNA delivery
著者: Cuervo A / Chagoyen M / Pulido-Cid M / Camacho A / Carrascosa JL
履歴
登録2013年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月30日-
マップ公開2014年10月29日-
更新2014年10月29日-
現状2014年10月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018061
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018061
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2486.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of bacteriophage phi29 tail protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.14 Å/pix.
x 60 pix.
= 248.4 Å		4.14 Å/pix.
x 60 pix.
= 248.4 Å		4.14 Å/pix.
x 60 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018061 / ムービー #1: 0.018061
最小 - 最大-0.00461828 - 0.09322559
平均 (標準偏差)0.00154414 (±0.00842365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 248.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.144.144.14
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.400248.400248.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.0050.0930.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : p9 protein from phi29 bacteriophage

全体名称: p9 protein from phi29 bacteriophage
要素
  • 試料: p9 protein from phi29 bacteriophage
  • タンパク質・ペプチド: p9

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超分子 #1000: p9 protein from phi29 bacteriophage

超分子名称: p9 protein from phi29 bacteriophage / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 402 KDa

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分子 #1: p9

分子名称: p9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The protein was cloned with an His-tag / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus phage phi29 (ファージ)
分子量実験値: 67 KDa / 理論値: 67 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Top10 / 組換プラスミド: pBAD/His B
配列UniProtKB: Tail knob protein gp9

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 100mM NaCl and 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: GraFix-fixated proteins stained on 2% w/v uranyl acetate for 1 min.
グリッド詳細: 400 mesh cupper grid coated with a carbon layer, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年1月25日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 100 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 108696
試料ステージ試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Xmipp / 使用した粒子像数: 4362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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