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- EMDB-24848: Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24848
タイトルNative-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
マップデータNative-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
試料
  • 複合体: native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Alpha 2-MacroglobulinΑ2-マクログロブリン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain ...Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein LOC431886 isoform X1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / African clawed frog (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Arimura Y / Funabiki H
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM132111 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JSPS Overseas Research Fellowships 日本
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural Mechanics of the Alpha-2-Macroglobulin Transformation.
著者: Yasuhiro Arimura / Hironori Funabiki /
要旨: Alpha-2-Macroglobulin (A2M) is the critical pan-protease inhibitor of the innate immune system. When proteases cleave the A2M bait region, global structural transformation of the A2M tetramer is ...Alpha-2-Macroglobulin (A2M) is the critical pan-protease inhibitor of the innate immune system. When proteases cleave the A2M bait region, global structural transformation of the A2M tetramer is triggered to entrap the protease. The structural basis behind the cleavage-induced transformation and the protease entrapment remains unclear. Here, we report cryo-EM structures of native- and intermediate-forms of the Xenopus laevis egg A2M homolog (A2Moo or ovomacroglobulin) tetramer at 3.7-4.1 Å and 6.4 Å resolution, respectively. In the native A2Moo tetramer, two pairs of dimers arrange into a cross-like configuration with four 60 Å-wide bait-exposing grooves. Each bait in the native form threads into an aperture formed by three macroglobulin domains (MG2, MG3, MG6). The bait is released from the narrowed aperture in the induced protomer of the intermediate form. We propose that the intact bait region works as a "latch-lock" to block futile A2M transformation until its protease-mediated cleavage.
履歴
登録2021年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月5日-
マップ公開2022年1月5日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7s63
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24848.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-26.508259 - 40.086338
平均 (標準偏差)-4.6392907e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 376.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.471.471.47
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z376.320376.320376.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-26.50840.086-0.000

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添付データ

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追加マップ: Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer

ファイルemd_24848_additional_1.map
注釈Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer

ファイルemd_24848_half_map_1.map
注釈Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer

ファイルemd_24848_half_map_2.map
注釈Native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer

全体名称: native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
要素
  • 複合体: native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Alpha 2-MacroglobulinΑ2-マクログロブリン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer

超分子名称: native-form oocyte/egg Alpha-2-Macroglobulin (A2Moo) tetramer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: Alpha 2-Macroglobulin

分子名称: Alpha 2-Macroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 159.480812 KDa
配列文字列: MSPNRFLLCV CILGLIAGGA AKVQYALTIP ALLKSGETQR ACVNLIGYHQ PLALSVVLEH QRVNISIFSE KVQPPHYFKC NKFMVPTVI TNAPDFVTLS VSGGGEDIKD RKAVVIAPLN TICLIQMDKP VYKPGCKVRF RLISLNTMLL PISEKYTAVY L EDPSGSRI ...文字列:
MSPNRFLLCV CILGLIAGGA AKVQYALTIP ALLKSGETQR ACVNLIGYHQ PLALSVVLEH QRVNISIFSE KVQPPHYFKC NKFMVPTVI TNAPDFVTLS VSGGGEDIKD RKAVVIAPLN TICLIQMDKP VYKPGCKVRF RLISLNTMLL PISEKYTAVY L EDPSGSRI AQWQNQESVG GVVQLEFPLI SDAAPGSYTI TAEGESCESA RQGFTVDEYI LPRFSVIVDP PNTISILDDI LT LNVSAIY TYGQPVPGSV TIKCCREASS YYGRKGNCFK GNRGICTNIT GELGPDGAFY GVVSLLPFQM GQSGFQMSLG VAL TVTEEG TGIQVTHQFF IMITSQLATL IFDYDALKEF YKRGIPYLVK VILTDANDNP MANEQVEVEL AGKTIGAVLT DKEG RAEYA IDTSSFVQEN FTVVVSYENP HQCYYTEWEG PDFPTAQHFV MRFYSETGSF LDIQGSSVEL NCGQVHNISV RYILS LDGM GEGATTATFY YLAMSRAKIV QHGQRDVHLN QSKSGLFNIG LNVTSDLAPG AELIVYCILD LELIADTISL DIEKCF QNQ VSLSFSDDLG PTASNVSLNL SAAPGSLCGV KVIDSSLLLI NPYESLSASG VYYSIPYLSL FGYNYGGFNL EEPEPPC ED PNTVIFCKGR YYLPVSSSTE GDTYQNLRRV GLVLGTSSKI RKPVVCGMEA KFSVPRKSSG ESDFGSSLSN GHVETLRK N FSETFLWRLV SVDSEGQNTI TETVPDTITK WQGSMFCVSE KEGFGITKYS ANFTSFLPFF VELSLPYSLT REEILVMKA FVSNYLEECI KIIVTLQPSA DFEVIPQDVK QDQCICSGGR SSYSWNIIAS SLGRISFIVS AETTHIGASC DGPSDQSQST RKDTVIQTI LVQPEGIRKE ETSSNLVCVE DSNVEMPINL TLPENIVQGS ASAFVTFVGD VLGLPLSNLQ NLLQMPYGCG E QNLARMAP IPYVLEYLNN TNQLTDELLQ TAVQFLNEGY YRQLRYKLPS GAYDAFWSSP SDGSSWLSAY TFKTFEKAKK YI YVDGKIQ QQTLLYLQTS QKLDNGCFKA EGNLFMRQCG QERDLCFTAY LAIALLESNY SSGMTLLDDA LGCLEAAMSS AST LYFKSY TVYVFTLVQN WEIRNTLLNE LKSKVVSERG TLHWEREDKL GQEGIPLYYP NYSPAEVEIT AYMLLSIAKG SDPT HDDLT YMAQISVWLI QQQNSYGGFR STQDTVVALQ ALAFYAQLLF KSNAHHNVFL RSEYGDVGQL NLSEHNRLVV QRLQL PEVS GNYSISINGT GCCLVQSTIR YNIPVPKENS AFYVAADSVS KNCLNGVAYT ITITVSVSYR GLRNETNMVI IDIQML SGY QADYPSLRQL ENSQQVSKTE EQDNHVFLYL NAVPLKTIQL SFKVLIGSRV LNVKSASVYV YDYYETGENG FASYSQP C

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 68 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES-KOH
30.0 mMKClKCl
1.0 mMEGTAEGTA
0.3 microg/mlLeupeptinロイペプチン
0.3 microg/mlPepstatin
0.3 microg/mlChymostatin
1.0 mMSodium Butyrate
1.0 mMbeta-glycerophosphate
1.0 %trehaloseトレハロース
0.1 %1,6,-hexanediol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 平均電子線量: 33.11 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #1 - 平均電子線量: 38.34 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#2 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #2 - 平均電子線量: 35.27 e/Å2 / #3 - Image recording ID: 4
#3 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#3 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #3 - 平均電子線量: 34.2 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 48823
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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