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万見
- EMDB-24822: 20S proteasome from red blood cell lysate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24822
タイトル20S proteasome from red blood cell lysateプロテアソーム
マップデータ20S proteasome from red blood cell lysateプロテアソーム
試料
  • 複合体: 20S proteasomeプロテアソーム
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Verbeke EJ / Taylor DW
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122480, R35GM138348 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2019238253 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HD085901, DK110520 米国
Welch FoundationW911NF-15-1-0120, F-1515, F-1938 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: The protein organization of a red blood cell.
著者: Wisath Sae-Lee / Caitlyn L McCafferty / Eric J Verbeke / Pierre C Havugimana / Ophelia Papoulas / Claire D McWhite / John R Houser / Kim Vanuytsel / George J Murphy / Kevin Drew / Andrew ...著者: Wisath Sae-Lee / Caitlyn L McCafferty / Eric J Verbeke / Pierre C Havugimana / Ophelia Papoulas / Claire D McWhite / John R Houser / Kim Vanuytsel / George J Murphy / Kevin Drew / Andrew Emili / David W Taylor / Edward M Marcotte /
要旨: Red blood cells (RBCs) (erythrocytes) are the simplest primary human cells, lacking nuclei and major organelles and instead employing about a thousand proteins to dynamically control cellular ...Red blood cells (RBCs) (erythrocytes) are the simplest primary human cells, lacking nuclei and major organelles and instead employing about a thousand proteins to dynamically control cellular function and morphology in response to physiological cues. In this study, we define a canonical RBC proteome and interactome using quantitative mass spectrometry and machine learning. Our data reveal an RBC interactome dominated by protein homeostasis, redox biology, cytoskeletal dynamics, and carbon metabolism. We validate protein complexes through electron microscopy and chemical crosslinking and, with these data, build 3D structural models of the ankyrin/Band 3/Band 4.2 complex that bridges the spectrin cytoskeleton to the RBC membrane. The model suggests spring-like compression of ankyrin may contribute to the characteristic RBC cell shape and flexibility. Taken together, our study provides an in-depth view of the global protein organization of human RBCs and serves as a comprehensive resource for future research.
履歴
登録2021年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24822.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈20S proteasome from red blood cell lysate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.857
最小 - 最大-2.0422788 - 3.7398577
平均 (標準偏差)0.0044141104 (±0.12163241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 376.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24822_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_24822_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_24822_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 20S proteasome

全体名称: 20S proteasomeプロテアソーム
要素
  • 複合体: 20S proteasomeプロテアソーム

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超分子 #1: 20S proteasome

超分子名称: 20S proteasome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: 20S proteasome from red blood cell lysate
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.09 µm / 倍率（公称値）: 22500
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.58 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1016378
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4) / 使用した粒子像数: 59972

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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