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万見
- EMDB-24793: Structure of DNA polymerase zeta with mismatched DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24793
タイトルStructure of DNA polymerase zeta with mismatched DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase zeta catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase zeta processivity subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta subunit 3
    • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water水
キーワードDNA repair (DNA修復) / DNA replication (DNA複製) / translesion DNA synthesis (DNA修復) / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication, removal of RNA primer / double-strand break repair via break-induced replication / lagging strand elongation ...delta DNA polymerase complex / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication, removal of RNA primer / double-strand break repair via break-induced replication / lagging strand elongation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA metabolic process / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / 塩基除去修復 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / クロマチン / ミトコンドリア / DNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain ...DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
POL31 isoform 1 / DNA polymerase zeta catalytic subunit / DNA polymerase zeta processivity subunit / DNA polymerase delta subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Malik R / Ubarretxena IB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-GM124047 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of translesion DNA synthesis polymerase ζ with a base pair mismatch.
著者: Radhika Malik / Robert E Johnson / Louise Prakash / Satya Prakash / Iban Ubarretxena-Belandia / Aneel K Aggarwal /
要旨: The B-family multi-subunit DNA polymerase ζ (Polζ) is important for translesion DNA synthesis (TLS) during replication, due to its ability to extend synthesis past nucleotides opposite DNA lesions ...The B-family multi-subunit DNA polymerase ζ (Polζ) is important for translesion DNA synthesis (TLS) during replication, due to its ability to extend synthesis past nucleotides opposite DNA lesions and mismatched base pairs. We present a cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Polζ with an A:C mismatch at the primer terminus. The structure shows how the Polζ active site responds to the mismatched duplex DNA distortion, including the loosening of key protein-DNA interactions and a fingers domain in an "open" conformation, while the incoming dCTP is still able to bind for the extension reaction. The structure of the mismatched DNA-Polζ ternary complex reveals insights into mechanisms that either stall or favor continued DNA synthesis in eukaryotes.
履歴
登録2021年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7s0t
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24793.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.21896127 - 0.8857194
平均 (標準偏差)0.002221665 (±0.022185177)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.576 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.576280.576280.576
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2190.8860.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of DNA complex

全体名称: Structure of DNA complex
要素
  • 複合体: Structure of DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase zeta catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase zeta processivity subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta subunit 3
    • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Structure of DNA complex

超分子名称: Structure of DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: DNA polymerase zeta catalytic subunit

分子名称: DNA polymerase zeta catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 177.068516 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PLEVLFQGPG GDPHMSRESN DTIQSDTVRS SSKSDYFRIQ LNNQDYYMSK PTFLDPSHGE SLPLNQFSQ VPNIRVFGAL PTGHQVLCHV HGILPYMFIK YDGQITDTST LRHQRCAQVH KTLEVKIRAS FKRKKDDKHD L AGDKLGNL ...文字列:
MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PLEVLFQGPG GDPHMSRESN DTIQSDTVRS SSKSDYFRIQ LNNQDYYMSK PTFLDPSHGE SLPLNQFSQ VPNIRVFGAL PTGHQVLCHV HGILPYMFIK YDGQITDTST LRHQRCAQVH KTLEVKIRAS FKRKKDDKHD L AGDKLGNL NFVADVSVVK GIPFYGYHVG WNLFYKISLL NPSCLSRISE LIRDGKIFGK KFEIYESHIP YLLQWTADFN LF GCSWINV DRCYFRSPVL NSILDIDKLT INDDLQLLLD RFCDFKCNVL SRRDFPRVGN GLIEIDILPQ FIKNREKLQH RDI HHDFLE KLGDISDIPV KPYVSSARDM INELTMQREE LSLKEYKEPP ETKRHVSGHQ WQSSGEFEAF YKKAQHKTST FDGQ IPNFE NFIDKNQKFS AINTPYEALP QLWPRLPQIE INNNSMQDKK NDDQVNASFT EYEICGVDNE NEGVKGSNIK SRSYS WLPE SIASPKDSTI LLDHQTKYHN TINFSMDCAM TQNMASKRKL RSSVSANKTS LLSRKRKKVM AAGLRYGKRA FVYGEP PFG YQDILNKLED EGFPKIDYKD PFFSNPVDLE NKPYAYAGKR FEISSTHVST RIPVQFGGET VSVYNKPTFD MFSSWKY AL KPPTYDAVQK WYNKVPSMGN KKTESQISMH TPHSKFLYKF ASDVSGKQKR KKSSVHDSLT HLTLEIHANT RSDKIPDP A IDEVSMIIWC LEEETFPLDL DIAYEGIMIV HKASEDSTFP TKIQHCINEI PVMFYESEFE MFEALTDLVL LLDPDILSG FEIHNFSWGY IIERCQKIHQ FDIVRELARV KCQIKTKLSD TWGYAHSSGI MITGRHMINI WRALRSDVNL TQYTIESAAF NILHKRLPH FSFESLTNMW NAKKSTTELK TVLNYWLSRA QINIQLLRKQ DYIARNIEQA RLIGIDFHSV YYRGSQFKVE S FLIRICKS ESFILLSPGK KDVRKQKALE CVPLVMEPES AFYKSPLIVL DFQSLYPSIM IGYNYCYSTM IGRVREINLT EN NLGVSKF SLPRNILALL KNDVTIAPNG VVYAKTSVRK STLSKMLTDI LDVRVMIKKT MNEIGDDNTT LKRLLNNKQL ALK LLANVT YGYTSASFSG RMPCSDLADS IVQTGRETLE KAIDIIEKDE TWNAKVVYGD TDSLFVYLPG KTAIEAFSIG HAMA ERVTQ NNPKPIFLKF EKVYHPSILI SKKRYVGFSY ESPSQTLPIF DAKGIETVRR DGIPAQQKII EKCIRLLFQT KDLSK IKKY LQNEFFKIQI GKVSAQDFCF AKEVKLGAYK SEKTAPAGAV VVKRRINEDH RAEPQYKERI PYLVVKGKQG QLLRER CVS PEEFLEGENL ELDSEYYINK ILIPPLDRLF NLIGINVGNW AQEIVKSKRA STTTTKVENI TRVGTSATCC NCGEELT KI CSLQLCDDCL EKRSTTTLSF LIKKLKRQKE YQTLKTVCRT CSYRYTSDAG IENDHIASKC NSYDCPVFYS RVKAERYL R DNQSVQREEA LISLNDW

UniProtKB: DNA polymerase zeta catalytic subunit

+
分子 #2: DNA polymerase zeta processivity subunit

分子名称: DNA polymerase zeta processivity subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.791654 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNRWVEKWLR VYLKCYINLI LFYRNVYPPQ SFDYTTYQSF NLPQFVPINR HPALIDYIEE LILDVLSKLT HVYRFSICII NKKNDLCIE KYVLDFSELQ HVDKDDQIIT ETEVFDEFRS SLNSLIMHLE KLPKVNDDTI TFEAVINAIE LELGHKLDRN R RVDSLEEK ...文字列:
MNRWVEKWLR VYLKCYINLI LFYRNVYPPQ SFDYTTYQSF NLPQFVPINR HPALIDYIEE LILDVLSKLT HVYRFSICII NKKNDLCIE KYVLDFSELQ HVDKDDQIIT ETEVFDEFRS SLNSLIMHLE KLPKVNDDTI TFEAVINAIE LELGHKLDRN R RVDSLEEK AEIERDSNWV KCQEDENLPD NNGFQPPKIK LTSLVGSDVG PLIIHQFSEK LISGDDKILN GVYSQYEEGE SI FGSLF

UniProtKB: DNA polymerase zeta processivity subunit

+
分子 #3: DNA polymerase delta small subunit

分子名称: DNA polymerase delta small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 55.987352 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF ...文字列:
GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF IRSTPFITGV VVGILGMEAE AGTFQVLDIC YPTPLPQNPF PAPIATCPTR GKIALVSGLN LNNTSPDRLL RL EILREFL MGRINNKIDD ISLIGRLLIC GNSVDFDIKS VNKDELMISL TEFSKFLHNI LPSISVDIMP GTNDPSDKSL PQQ PFHKSL FDKSLESYFN GSNKEILNLV TNPYEFSYNG VDVLAVSGKN INDICKYVIP SNDNGESENK VEEGESNDFK DDIE HRLDL MECTMKWQNI APTAPDTLWC YPYTDKDPFV LDKWPHVYIV ANQPYFGTRV VEIGGKNIKI ISVPEFSSTG MIILL DLET LEAETVKIDI

UniProtKB: POL31 isoform 1

+
分子 #4: DNA polymerase delta subunit 3

分子名称: DNA polymerase delta subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 40.377715 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL ...文字列:
MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL LAKMKKDRDD KETSRQNELR KRKEENLQKI NKQNPEREAQ MKELNNLFVE DDLDTEEVNG GSKPNSPKET DS NDKDKNN DDLEDLLETT AEDSLMDVPK IQQTKPSETE HSKEPKSEEE PSSFIDEDGY IVTKRPATST PPRKPSPVVK RAL SSSKKQ ETPSSNKRLK KQGTLESFFK RKAK

UniProtKB: DNA polymerase delta subunit 3

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分子 #5: DNA (30-MER)

分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.232955 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC)

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分子 #6: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #8: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: DCP
分子量理論値: 467.157 Da
Chemical component information

ChemComp-DCP:
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP / デオキシシチジン三リン酸

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 31 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
糖包埋材質: Vitreous ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 64.82 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120985

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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