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万見
- EMDB-24758: Insulin Degrading Enzyme O/pC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24758
タイトルInsulin Degrading Enzyme O/pC
マップデータInsulin Degrading Enzyme O/pC
試料
  • 複合体: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme in complex with Insulin A chain and Insulin B chain
    • 複合体: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme
      • タンパク質・ペプチド: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme
    • 複合体: Insulin A chain, Insulin B chain
      • タンパク質・ペプチド: Insulin A chain
      • タンパク質・ペプチド: Insulin B chain
キーワードM16A zinc metalloprotease / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / insulin binding / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process ...insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / insulin binding / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / regulation of aerobic respiration / negative regulation of feeding behavior / peptide catabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / amyloid-beta clearance / regulation of amino acid metabolic process / peroxisomal matrix / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / regulation of protein localization to plasma membrane / amyloid-beta metabolic process / fatty acid homeostasis / negative regulation of gluconeogenesis / negative regulation of lipid catabolic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / transport vesicle / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / NPAS4 regulates expression of target genes / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / endosome lumen / Regulation of insulin secretion / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / Peroxisomal protein import / regulation of transmembrane transporter activity / insulin receptor binding / peptide binding / wound healing / protein catabolic process / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / metalloendopeptidase activity / positive regulation of neuron projection development / cognition / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / positive regulation of protein catabolic process / glucose metabolic process / positive regulation of protein binding / peroxisome / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / regulation of protein localization / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protease binding / secretory granule lumen
類似検索 - 分子機能
Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / PQQ synthase PqqF-like, C-terminal lobe domain 4 / : / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) ...Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / PQQ synthase PqqF-like, C-terminal lobe domain 4 / : / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin / Insulin-degrading enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Mancl JM / Liang WG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ensemble cryoEM reveals a substrate-induced shift in the conformational dynamics of human insulin degrading enzyme
著者: Mancl JM / Liang WG / Wei H / Carragher B / Potter CS / Tang WJ
履歴
登録2021年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24758.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24758.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Insulin Degrading Enzyme O/pC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 390.312 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 390.312 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 390.312 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0842 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.05254899 - 0.10742858
平均 (標準偏差)-0.0000021590579 (±0.003352837)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 390.312 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cysteine-free Insulin-degrading enzyme in complex with Insulin A ...

全体名称: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme in complex with Insulin A chain and Insulin B chain
要素
  • 複合体: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme in complex with Insulin A chain and Insulin B chain
    • 複合体: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme
      • タンパク質・ペプチド: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme
    • 複合体: Insulin A chain, Insulin B chain
      • タンパク質・ペプチド: Insulin A chain
      • タンパク質・ペプチド: Insulin B chain

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超分子 #1: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme in complex with Insulin A ...

超分子名称: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme in complex with Insulin A chain and Insulin B chain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme

超分子名称: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Insulin A chain, Insulin B chain

超分子名称: Insulin A chain, Insulin B chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme

分子名称: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: insulysin
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 117.068508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRYRLAWLLH PALPSTFRSV LGARLPPPER LCGFQKKTYS KMNNPAIKRI GNHITKSPED KREYRGLELA NGIKVLLISD PTTDKSSAA LDVHIGSLSD PPNIAGLSHF LEHMLFLGTK KYPKENEYSQ FLSEHAGSSN AFTSGEHTNY YFDVSHEHLE G ALDRFAQF ...文字列:
MRYRLAWLLH PALPSTFRSV LGARLPPPER LCGFQKKTYS KMNNPAIKRI GNHITKSPED KREYRGLELA NGIKVLLISD PTTDKSSAA LDVHIGSLSD PPNIAGLSHF LEHMLFLGTK KYPKENEYSQ FLSEHAGSSN AFTSGEHTNY YFDVSHEHLE G ALDRFAQF FLSPLFDESA KDREVNAVDS EHEKNVMNDA WRLFQLEKAT GNPKHPFSKF GTGNKYTLET RPNQEGIDVR QE LLKFHSA YYSSNLMAVV VLGRESLDDL TNLVVKLFSE VENKNVPLPE FPEHPFQEEH LKQLYKIVPI KDIRNLYVTF PIP DLQKYY KSNPGHYLGH LIGHEGPGSL LSELKSKGWV NTLVGGQKEG ARGFMFFIIN VDLTEEGLLH VEDIILHMFQ YIQK LRAEG PQEWVFQELK DLNAVAFRFK DKERPRGYTS KIAGILHYYP LEEVLTAEYL LEEFRPDLIE MVLDKLRPEN VRVAI VSKS FEGKTDRTEE WYGTQYKQEA IPDEVIKKWQ NADLNGKFKL PTKNEFIPTN FEILPLEKEA TPYPALIKDT AMSKLW FKQ DDKFFLPKAN LNFEFFSPFA YVDPLHSNMA YLYLELLKDS LNEYAYAAEL AGLSYDLQNT IYGMYLSVKG YNDKQPI LL KKIIEKMATF EIDEKRFEII KEAYMRSLNN FRAEQPHQHA MYYLRLLMTE VAWTKDELKE ALDDVTLPRL KAFIPQLL S RLHIEALLHG NITKQAALGI MQMVEDTLIE HAHTKPLLPS QLVRYREVQL PDRGWFVYQQ RNEVHNNSGI EIYYQTDMQ STSENMFLEL FAQIISEPAF NTLRTKEQLG YIVFSGPRRA NGIQGLRFII QSEKPPHYLE SRVEAFLITM EKSIEDMTEE AFQKHIQAL AIRRLDKPKK LSAESAKYWG EIISQQYNFD RDNTEVAYLK TLTKEDIIKF YKEMLAVDAP RRHKVSVHVL A REMDSSPV VGEFPSQNDI NLSQAPALPQ PEVIQNMTEF KRGLPLFPLV KPH

UniProtKB: Insulin-degrading enzyme

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分子 #2: Insulin A chain

分子名称: Insulin A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.383698 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
GIVEQCCTSI CSLYQLENYC N

UniProtKB: Insulin

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分子 #3: Insulin B chain

分子名称: Insulin B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.417931 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
FVNQHLCGSH LVEALYLVCG ERGFFYTPLT

UniProtKB: Insulin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: SPOTITON

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 304011
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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