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- EMDB-24705: Human SERINC3-DeltaICL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24705
タイトルHuman SERINC3-DeltaICL4
マップデータhSERINC3-Delta26 masked and sharpened cryo-EM map
試料
  • 複合体: hSERINC3-DeltaICL4-SiA
    • タンパク質・ペプチド: Serine incorporator 3
    • タンパク質・ペプチド: SiA
キーワードflippase / viral restriction / HIV-1 / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Serine biosynthesis / L-serine transmembrane transporter activity / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / L-serine biosynthetic process / detection of virus / defense response to virus / Golgi membrane / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc)
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine incorporator 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Purdy MD / Leonhardt SA / Yeager M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5P50AI150464-15 米国
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018
タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis.
著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin /
要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux.
履歴
登録2021年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈hSERINC3-Delta26 masked and sharpened cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 201. Å		1.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 201. Å		1.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 201. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.005 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.0316351 - 0.06709909
平均 (標準偏差)0.00025391797 (±0.0021827829)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 201.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24705_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: hSERINC3-Delta26 RELION Refine3D half map

ファイルemd_24705_half_map_1.map
注釈hSERINC3-Delta26 RELION Refine3D half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: hSERINC3-Delta26 RELION Refine3D half map

ファイルemd_24705_half_map_2.map
注釈hSERINC3-Delta26 RELION Refine3D half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hSERINC3-DeltaICL4-SiA

全体名称: hSERINC3-DeltaICL4-SiA
要素
  • 複合体: hSERINC3-DeltaICL4-SiA
    • タンパク質・ペプチド: Serine incorporator 3
    • タンパク質・ペプチド: SiA

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超分子 #1: hSERINC3-DeltaICL4-SiA

超分子名称: hSERINC3-DeltaICL4-SiA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: human SERINC3-DeltaICL4 with synthetic Fab SiA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.44 KDa

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分子 #1: Serine incorporator 3

分子名称: Serine incorporator 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 26 residues from intracellular loop 4 deleted / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.480137 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGAVLGVFSL ASWVPCLCSG ASCLLCSCCP NSKNSTVTRL IYAFILLLST VVSYIMQRKE METYLKKIPG FCEGGFKIHE ADINADKDC DVLVGYKAVY RISFAMAIFF FVFSLLMFKV KTSKDLRAAV HNGFWFFKIA ALIGIMVGSF YIPGGYFSSV W FVVGMIGA ...文字列:
MGAVLGVFSL ASWVPCLCSG ASCLLCSCCP NSKNSTVTRL IYAFILLLST VVSYIMQRKE METYLKKIPG FCEGGFKIHE ADINADKDC DVLVGYKAVY RISFAMAIFF FVFSLLMFKV KTSKDLRAAV HNGFWFFKIA ALIGIMVGSF YIPGGYFSSV W FVVGMIGA ALFILIQLVL LVDFAHSWNE SWVNRMEEGN PRLWYAALLS FTSAFYILSI ICVGLLYTYY TKPDGCTENK FF ISINLIL CVVASIISIH PKIQEHQPRS GLLQSSLITL YTMYLTWSAM SNEPDRSCNP NLMSFITRIT APTLAPGNST AVV PTPTPP SKSGSLLDSD NFIGLFVFVL CLLYSSIRTS TNSQVDKLTR AVDNEKEGVQ YSYSLFHLML CLASLYIMMT LTSW YSPDA KFQSMTSKWP AVWVKISSSW VCLLLYVWTL VAPLVLTSRD FSLEENLYFQ GGSWSHPQFE KAS

UniProtKB: Serine incorporator 3

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分子 #2: SiA

分子名称: SiA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.621412 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARFYSRYSWY GYSYGWSRAF DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARFYSRYSWY GYSYGWSRAF DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4S2-{4-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
0.0045 percentC56H92O25digitonin glyco-diosgenin

詳細: Solutions were made fresh and filtered and degassed.
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 2 blot time 7.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3438 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 433000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 140000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細An initial hSERINC3 model was generated using AlphaFold v2.1 and the full database excluding PDB:6SP2. Low-confidence loops were removed from the model prior to fitting in the cryoEM map and side chains were retained.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 262 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-7rug:
Human SERINC3-DeltaICL4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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