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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24670 | |||||||||
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タイトル | SthK Y26F Closed State | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cyclic nucleotide-gated ion channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
生物種 | Spirochaeta thermophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao X / Nimigean C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Gating intermediates reveal inhibitory role of the voltage sensor in a cyclic nucleotide-modulated ion channel. 著者: Xiaolong Gao / Philipp A M Schmidpeter / Vladimir Berka / Ryan J Durham / Chen Fan / Vasanthi Jayaraman / Crina M Nimigean / 要旨: Understanding how ion channels gate is important for elucidating their physiological roles and targeting them in pathophysiological states. Here, we used SthK, a cyclic nucleotide-modulated channel ...Understanding how ion channels gate is important for elucidating their physiological roles and targeting them in pathophysiological states. Here, we used SthK, a cyclic nucleotide-modulated channel from Spirochaeta thermophila, to define a ligand-gating trajectory that includes multiple on-pathway intermediates. cAMP is a poor partial agonist for SthK and depolarization increases SthK activity. Tuning the energy landscape by gain-of-function mutations in the voltage sensor domain (VSD) allowed us to capture multiple intermediates along the ligand-activation pathway, highlighting the allosteric linkage between VSD, cyclic nucleotide-binding (CNBD) and pore domains. Small, lateral displacements of the VSD S4 segment were necessary to open the intracellular gate, pointing to an inhibitory VSD at rest. We propose that in wild-type SthK, depolarization leads to such VSD displacements resulting in release of inhibition. In summary, we report conformational transitions along the activation pathway that reveal allosteric couplings between key sites integrating to open the intracellular gate. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24670.map.gz | 4.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24670-v30.xml emd-24670.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24670_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24670.png | 153.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24670.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24670 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24670_validation.pdf.gz | 410.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24670_full_validation.pdf.gz | 410.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24670_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24670_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24670 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05878 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SthK
全体 | 名称: SthK |
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要素 |
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-超分子 #1: SthK
超分子 | 名称: SthK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Y26F mutant of wild type SthK |
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由来(天然) | 生物種: Spirochaeta thermophila (バクテリア) |
-分子 #1: SthK
分子 | 名称: SthK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Spirochaeta thermophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 51.102574 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAKDIGINSD PNSSSVDKLM KSSGVSNPTY TLVWKVWILA VTLYFAIRIP LTLVFPSLFS PLLPLDILAS LALIADIPLD LAFESRRTS GRKPTLLAPS RLPDLLAALP LDLLVFALHL PSPLSLLSLV RLLKLISVQR SATRILSYRI NPALLRLLSL V GFILLAAH ...文字列: MAKDIGINSD PNSSSVDKLM KSSGVSNPTY TLVWKVWILA VTLYFAIRIP LTLVFPSLFS PLLPLDILAS LALIADIPLD LAFESRRTS GRKPTLLAPS RLPDLLAALP LDLLVFALHL PSPLSLLSLV RLLKLISVQR SATRILSYRI NPALLRLLSL V GFILLAAH GIACGWMSLQ PPSENPAGTR YLSAFYWTIT TLTTIGYGDI TPSTPTQTVY TIVIELLGAA MYGLVIGNIA SL VSKLDAA KLLHRERVER VTAFLSYKRI SPELQRRIIE YFDYLWETRR GYEEREVLKE LPHPLRLAVA MEIHGDVIEK VPL FKGAGE EFIRDIILHL EPVIYGPGEY IIRAGEMGSD VYFINRGSVE VLSADEKTRY AILSEGQFFG EMALILRAPR TATV RARAF CDLYRLDKET FDRILSRYPE IAAQIQELAV RRKELESSGL VPRGSVKHHH H |
-分子 #2: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CMP |
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分子量 | 理論値: 329.206 Da |
Chemical component information | ChemComp-CMP: |
-分子 #3: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 56 / 式: PGW |
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分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | Protein in nanodisc of DOPC/POPG/Cardiolipin |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.365 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |