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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24628 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutralizing NTD-directed CV3-13 Fab isolated from convalescent individual | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | human non-neutralizing mAb / NTD-directed antibody / ADCC / novel NTD epitope / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / spike / N-terminal domain (N末端) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen Y / Pozharski E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: A Fc-enhanced NTD-binding non-neutralizing antibody delays virus spread and synergizes with a nAb to protect mice from lethal SARS-CoV-2 infection. 著者: Guillaume Beaudoin-Bussières / Yaozong Chen / Irfan Ullah / Jérémie Prévost / William D Tolbert / Kelly Symmes / Shilei Ding / Mehdi Benlarbi / Shang Yu Gong / Alexandra Tauzin / Romain ...著者: Guillaume Beaudoin-Bussières / Yaozong Chen / Irfan Ullah / Jérémie Prévost / William D Tolbert / Kelly Symmes / Shilei Ding / Mehdi Benlarbi / Shang Yu Gong / Alexandra Tauzin / Romain Gasser / Debashree Chatterjee / Dani Vézina / Guillaume Goyette / Jonathan Richard / Fei Zhou / Leonidas Stamatatos / Andrew T McGuire / Hughes Charest / Michel Roger / Edwin Pozharski / Priti Kumar / Walther Mothes / Pradeep D Uchil / Marzena Pazgier / Andrés Finzi / 要旨: Emerging evidence indicates that both neutralizing and Fc-mediated effector functions of antibodies contribute to protection against SARS-CoV-2. It is unclear whether Fc-effector functions alone can ...Emerging evidence indicates that both neutralizing and Fc-mediated effector functions of antibodies contribute to protection against SARS-CoV-2. It is unclear whether Fc-effector functions alone can protect against SARS-CoV-2. Here, we isolated CV3-13, a non-neutralizing antibody, from a convalescent individual with potent Fc-mediated effector functions. The cryoelectron microscopy structure of CV3-13 in complex with the SARS-CoV-2 spike reveals that the antibody binds from a distinct angle of approach to an N-terminal domain (NTD) epitope that only partially overlaps with the NTD supersite recognized by neutralizing antibodies. CV3-13 does not alter the replication dynamics of SARS-CoV-2 in K18-hACE2 mice, but its Fc-enhanced version significantly delays virus spread, neuroinvasion, and death in prophylactic settings. Interestingly, the combination of Fc-enhanced non-neutralizing CV3-13 with Fc-compromised neutralizing CV3-25 completely protects mice from lethal SARS-CoV-2 infection. Altogether, our data demonstrate that efficient Fc-mediated effector functions can potently contribute to the in vivo efficacy of anti-SARS-CoV-2 antibodies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24628.map.gz | 476 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24628-v30.xml emd-24628.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24628_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24628.png | 135.4 KB | ||
マスクデータ | emd_24628_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_24628_half_map_1.map.gz emd_24628_half_map_2.map.gz | 475.7 MB 475.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24628 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rq6MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8893 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24628_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24628_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24628_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutral...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutralizing, NTD-directed human antibody CV3-13 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutral...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutralizing, NTD-directed human antibody CV3-13 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 670 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Prefusion-stabilized / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 138.022984 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF Q UniProtKB: スパイクタンパク質 |
-分子 #2: CV3-13 Fab heavy chain
分子 | 名称: CV3-13 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.080912 KDa |
配列 | 文字列: QVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCTVAGGSIS SGTYYWSWIR QPAGKGLEWI GRIYTSGSAN YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLRLSSVTA EDTAVYYCAR EYSSSYYYFY YMDVWGKGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCTVAGGSIS SGTYYWSWIR QPAGKGLEWI GRIYTSGSAN YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLRLSSVTA EDTAVYYCAR EYSSSYYYFY YMDVWGKGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPK |
-分子 #3: CV3-13 Fab light chain
分子 | 名称: CV3-13 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.323898 KDa |
配列 | 文字列: AIRMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASNLETGVPS RFSGSGFGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ QFDNLPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: AIRMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASNLETGVPS RFSGSGFGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ QFDNLPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRG |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 36 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.504 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | SARS-CoV-2 HexaPro spike (GnT1- produced) was incubated with 15-fold excess of CV3-13 Fab overnight at 4oC before purification on a Superose 6 300/10 GL column (GE Healthcare). The complex peak was harvested, concentrated to 0.50 mg/mL in the SEC buffer and immediately used for CryoEM grid preparation. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 2181 / 平均電子線量: 42.1531 e/Å2 |