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- EMDB-24602: Tomogram of SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24602
タイトルTomogram of SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs) interacting with hACE2-bearing extracellular vesicles (tEVs), showing various intermediate states of the SARS-CoV-2 spike protein (Fig 2E-G of the manuscript Marcink et al., 2021).
マップデータTomogram of SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs) interacting with hACE2-bearing extracellular vesicles (tEVs), showing various intermediate states of the SARS-CoV-2 spike protein (Fig 2E-G of the manuscript Marcink et al., 2021).
試料
  • 複合体: Virus-like particles and extracellular vesicles
    • 複合体: hACE2-bearing target extracellular vesicles(tEVs)
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens HEK293-T (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Marcink TC / Porotto M / des Georges A / Moscona A
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32AI152275 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI114736 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Intermediates in SARS-CoV-2 spike-mediated cell entry.
著者: Tara C Marcink / Thomas Kicmal / Emily Armbruster / Zhening Zhang / Gillian Zipursky / Kate L Golub / Mohab Idris / Jonathan Khao / Jennifer Drew-Bear / Gael McGill / Tom Gallagher / Matteo ...著者: Tara C Marcink / Thomas Kicmal / Emily Armbruster / Zhening Zhang / Gillian Zipursky / Kate L Golub / Mohab Idris / Jonathan Khao / Jennifer Drew-Bear / Gael McGill / Tom Gallagher / Matteo Porotto / Amédée des Georges / Anne Moscona /
要旨: SARS-CoV-2 cell entry is completed after viral spike (S) protein-mediated membrane fusion between viral and host cell membranes. Stable prefusion and postfusion S structures have been resolved by ...SARS-CoV-2 cell entry is completed after viral spike (S) protein-mediated membrane fusion between viral and host cell membranes. Stable prefusion and postfusion S structures have been resolved by cryo-electron microscopy and cryo-electron tomography, but the refolding intermediates on the fusion pathway are transient and have not been examined. We used an antiviral lipopeptide entry inhibitor to arrest S protein refolding and thereby capture intermediates as S proteins interact with hACE2 and fusion-activating proteases on cell-derived target membranes. Cryo-electron tomography imaged both extended and partially folded intermediate states of S2, as well as a novel late-stage conformation on the pathway to membrane fusion. The intermediates now identified in this dynamic S protein-directed fusion provide mechanistic insights that may guide the design of CoV entry inhibitors.
履歴
登録2021年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年9月7日-
現状2022年9月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24602.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 562 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram of SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs) interacting with hACE2-bearing extracellular vesicles (tEVs), showing various intermediate states of the SARS-CoV-2 spike protein (Fig 2E-G of the manuscript Marcink et al., 2021).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.48 Å/pix.
x 200 pix.
= 1296.8 Å		6.48 Å/pix.
x 1440 pix.
= 9336.96 Å		6.48 Å/pix.
x 1023 pix.
= 6633.132 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.484 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-3355.0 - 1370.0
平均 (標準偏差)89.769905 (±60.00733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-208209-150
サイズ14401023200
Spacing10231440200
セルA: 6633.1323 Å / B: 9336.96 Å / C: 1296.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Virus-like particles and extracellular vesicles

全体名称: Virus-like particles and extracellular vesicles
要素
  • 複合体: Virus-like particles and extracellular vesicles
    • 複合体: hACE2-bearing target extracellular vesicles(tEVs)
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs)

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超分子 #1: Virus-like particles and extracellular vesicles

超分子名称: Virus-like particles and extracellular vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: hACE2-bearing target extracellular vesicles(tEVs)

超分子名称: hACE2-bearing target extracellular vesicles(tEVs) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs)

超分子名称: SARS-CoV-2 spike-bearing virus-like particles (VLPs)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens HEK293-T (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 300.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma Aldrich / 直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 倍率（補正後）: 53000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.10.52) / 使用した粒子像数: 37
CTF補正ソフトウェア: (名称: Warp (ver. 1.0.9), eTomo (ver. 4.10.52))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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