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- EMDB-2451: Cryo-EM structure of the CSFV IRES in complex with eIF3, small ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2451
タイトルCryo-EM structure of the CSFV IRES in complex with eIF3, small ribosomal 40S subunit and DHX29
マップデータReconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound to eukaryotic initiation factor 3, the Rabbit 40S subunit and DHX29.
試料
  • 試料: Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound to eukaryotic initiation factor 3, the Rabbit 40S subunit and DHX29.
  • 複合体: eukaryotic small ribosmal subunit
  • RNA: Internal Ribosomal Entry Site
  • タンパク質・ペプチド: DHX29
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 3
キーワードInternal Ribosomal Entry Site / 5'-end independent initiation / HCV-like IRES / eIF3/HCV-like IRES interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor activity / positive regulation of translation / translational initiation / PML body / fibrillar center / metallopeptidase activity / ribosome binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / postsynaptic density / cadherin binding / mRNA binding / synapse / chromatin / nucleolus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Classical swine fever virus (豚コレラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å
データ登録者Hashem Y / des-Georges A / Dhote V / Langlois R / Liao HY / Grassucci RA / Pestova TV / Hellen CUT / Frank J
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Hepatitis-C-virus-like internal ribosome entry sites displace eIF3 to gain access to the 40S subunit.
著者: Yaser Hashem / Amedee des Georges / Vidya Dhote / Robert Langlois / Hstau Y Liao / Robert A Grassucci / Tatyana V Pestova / Christopher U T Hellen / Joachim Frank /
要旨: Hepatitis C virus (HCV) and classical swine fever virus (CSFV) messenger RNAs contain related (HCV-like) internal ribosome entry sites (IRESs) that promote 5'-end independent initiation of ...Hepatitis C virus (HCV) and classical swine fever virus (CSFV) messenger RNAs contain related (HCV-like) internal ribosome entry sites (IRESs) that promote 5'-end independent initiation of translation, requiring only a subset of the eukaryotic initiation factors (eIFs) needed for canonical initiation on cellular mRNAs. Initiation on HCV-like IRESs relies on their specific interaction with the 40S subunit, which places the initiation codon into the P site, where it directly base-pairs with eIF2-bound initiator methionyl transfer RNA to form a 48S initiation complex. However, all HCV-like IRESs also specifically interact with eIF3 (refs 2, 5-7, 9-12), but the role of this interaction in IRES-mediated initiation has remained unknown. During canonical initiation, eIF3 binds to the 40S subunit as a component of the 43S pre-initiation complex, and comparison of the ribosomal positions of eIF3 and the HCV IRES revealed that they overlap, so that their rearrangement would be required for formation of ribosomal complexes containing both components. Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of a 40S ribosomal complex containing eIF3 and the CSFV IRES. Remarkably, although the position and interactions of the CSFV IRES with the 40S subunit in this complex are similar to those of the HCV IRES in the 40S-IRES binary complex, eIF3 is completely displaced from its ribosomal position in the 43S complex, and instead interacts through its ribosome-binding surface exclusively with the apical region of domain III of the IRES. Our results suggest a role for the specific interaction of HCV-like IRESs with eIF3 in preventing ribosomal association of eIF3, which could serve two purposes: relieving the competition between the IRES and eIF3 for a common binding site on the 40S subunit, and reducing formation of 43S complexes, thereby favouring translation of viral mRNAs.
履歴
登録2013年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月18日-
マップ公開2013年11月13日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0385
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0385
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j8b
  • 表面レベル: 0.0385
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j8b
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2451-40S...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound to eukaryotic initiation factor 3, the Rabbit 40S subunit and DHX29.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.25 Å/pix.
x 220 pix.
= 493.9 Å		2.25 Å/pix.
x 220 pix.
= 493.9 Å		2.25 Å/pix.
x 220 pix.
= 493.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.245 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0385 / ムービー #1: 0.0385
最小 - 最大-0.04869587 - 0.14228088
平均 (標準偏差)0.00008203 (±0.01052825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 493.89996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.2452.2452.245
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z493.900493.900493.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0490.1420.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound...

全体名称: Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound to eukaryotic initiation factor 3, the Rabbit 40S subunit and DHX29.
要素
  • 試料: Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound to eukaryotic initiation factor 3, the Rabbit 40S subunit and DHX29.
  • 複合体: eukaryotic small ribosmal subunit
  • RNA: Internal Ribosomal Entry Site
  • タンパク質・ペプチド: DHX29
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 3

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超分子 #1000: Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound...

超分子名称: Reconstruction of a mutant Classical Swine Fever Virus IRES bound to eukaryotic initiation factor 3, the Rabbit 40S subunit and DHX29.
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one 40S, one CSFV IRES, one eIF3 and one DHX29
Number unique components: 4
分子量理論値: 2.6 MDa

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超分子 #1: eukaryotic small ribosmal subunit

超分子名称: eukaryotic small ribosmal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 40S subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S, SSU RNA 18S
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: blood / 細胞: reticulocytes
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: Internal Ribosomal Entry Site

分子名称: Internal Ribosomal Entry Site / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: IRES / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Classical swine fever virus (豚コレラウイルス)
別称: CSFV
分子量理論値: 100 KDa
配列文字列: GACUAGCCGU AGUGGCGAGC UCCCUGGGUG GUCUAAGUCC UGAGUACAGG ACAGUCGUCA GUAGUUCGAC GUGAGCACUA GCCCACCUCG AGAUGCUACG UGGACGAGGG CAUGCCCAAG ACACACCUUA ACCCUGGCGG GGGUCGCUAG GGUGAAAUCA CAUUAUGUGA ...文字列:
GACUAGCCGU AGUGGCGAGC UCCCUGGGUG GUCUAAGUCC UGAGUACAGG ACAGUCGUCA GUAGUUCGAC GUGAGCACUA GCCCACCUCG AGAUGCUACG UGGACGAGGG CAUGCCCAAG ACACACCUUA ACCCUGGCGG GGGUCGCUAG GGUGAAAUCA CAUUAUGUGA UGGGGGUACG ACCUGAUAGG GUGCUGCAGA GGCCCACUAG CAGGCUAGUA UAAAAAUCUC UGC

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分子 #2: DHX29

分子名称: DHX29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 150 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: eukaryotic initiation factor 3

分子名称: eukaryotic initiation factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: eIF3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Blood / 細胞: Reticulocytes
分子量理論値: 850 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.105 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris , 75 mM KCl, 5 mM Mg, 2 mM DTT and 0.25 mM spermidine
グリッド詳細: 300 mesh copper/molybdenum holey carbon-coated Quantifoil 2/4 grid (Quantifoil Micro Tools GmbH) containing an additional continuous thin layer of carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
手法: 30 seconds waiting after sample deposition on the grid, blotting for seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 110 K
日付2013年2月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 12000 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51570 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
試料ステージ試料ホルダー: Gatan CT3500 side-entry cryo-holder / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles constituting this reconstruction were sorted using RELION.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Relion / 使用した粒子像数: 26000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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