[日本語] English
万見
- EMDB-24490: Aplysia Slo1 with Barium -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24490
タイトルAplysia Slo1 with Barium
マップデータ
試料
  • 複合体: Slo1
    • タンパク質・ペプチド: BK channel
  • リガンド: BARIUM ION
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water
キーワードion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


large conductance calcium-activated potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain ...: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Zhu J / Srivastava S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1ZIANS002993 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Aplysia Slo1 with 10 mM Ba2+ at 2.93 A
著者: Zhu J / Srivastava S / Cachau R / Holmgren M
履歴
登録2021年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_24490.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 292.897 Å		1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 292.897 Å		1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 292.897 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14413 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-19.147081 - 44.755074
平均 (標準偏差)-0.000000000000663 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 292.89728 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Slo1

全体名称: Slo1
要素
  • 複合体: Slo1
    • タンパク質・ペプチド: BK channel
  • リガンド: BARIUM ION
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Slo1

超分子名称: Slo1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aplysia californica (無脊椎動物)

-
分子 #1: BK channel

分子名称: BK channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aplysia californica (無脊椎動物)
分子量理論値: 121.386211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASSSSTSCE PGDRQWYSFL ASSLVTFGSG LVVIIIYRIV LWLCCRKKKC IQVSNPVPTA RTTSLDQKSF MKNSDPEIGW MTEAKDWAG ELISGQTTTG RILVGLVFLL SIASLIIYFI DASTNTSVET CLPWSSSTTQ QVDLAFNVFF MIYFFIRFVA A NDKLWFWV ...文字列:
MASSSSTSCE PGDRQWYSFL ASSLVTFGSG LVVIIIYRIV LWLCCRKKKC IQVSNPVPTA RTTSLDQKSF MKNSDPEIGW MTEAKDWAG ELISGQTTTG RILVGLVFLL SIASLIIYFI DASTNTSVET CLPWSSSTTQ QVDLAFNVFF MIYFFIRFVA A NDKLWFWV ELFSFVDYFT IPPSFVAIYL DRNWLGLRFL RALRLMSIPD ILTYLNVLKT STLIRLVQLV VSFVSLWLTA AG FLHLLEN SGDPFFDFGN AQHLTYWECL YFLMVTMSTV GFGDIFATTV LGRTFVVIFI MIFIGLFASF IPEIAEILGK RQK YGGSYK KERGKRHVVV CGYITFDSVS NFLKDFLHKD REDVDVEIVF LHKGLPGLEL EGLLKRHFTQ VEYFWGSVMD ANDL ERVKI QEADACLVLA NKYCQDPDQE DAANIMRVIS IKNYHSDIKV IVQLLQYHNK AYLLNIPSWD WKRGDDAVCV AELKL GFIA QSCLAPGFST LMANLFTMRS YKPTPEMSQW QTDYMRGTGM EMYTEYLSSA FNALTFPEAA ELCFSKLKLL LLAIEV RQE DTRESTLAIN PGPKVKIENA TQGFFIAESA EEVKRAFYYC KNCHANVSDV RQIKKCKCRP LAMFKKGAAA VLALQRT PG LAVEPDGEAN DKDKSRGTST SKAVTSFPEK RKPQSRRKPS TTLKSKSPSE DSVPPPPPPV DEPRKFDSTG MFHWCPDR P LNDCLQDRSQ ASASGLRNHV VVCLFADAAS PLIGLRNLVM PLRASNFHYH ELKPTIIVGN LDYLHREWKT LQNFPKLSI LPGSPLNRAN LRAVNINLCD MCVIVSAKDR NMEDPNLVDK EAILCSLNIK AMTFDDTMGL IQSSNFVPGG FSPLHENKRS QAGANVPLI TELANDSNVQ FLDQDDDDDP DTELYMTQPF ACGTAFAVSV LDSLMSTSYF NDNALTLIRT LITGGATPEL E QILAEGAG MRGGYCSPAV LANRDRCRVA QISLFDGPLA QFGQGGHYGE LFVYALRHFG ILCIGLYRFR DTNESVRSPS SK RYVITNP PEDFPLLPTD QVYVLTYKQI TNHSNFLEVL FQ

UniProtKB: BK channel

-
分子 #2: BARIUM ION

分子名称: BARIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 9 / 式: BA
分子量理論値: 137.327 Da

-
分子 #3: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

-
分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

-
分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 24 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMTris-HCl
320.0 mMKCl
5.0 mMEGTA
20.0 mMDTT
2.0 mMTCEP
0.025 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was in DDM.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 594822
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tj6


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7rjt:
Aplysia Slo1 with Barium

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る