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万見
- EMDB-2445: Cryo-electron tomography of the human Nuclear Pore Complex with n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2445
タイトルCryo-electron tomography of the human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 knockdown
マップデータReconstruction of the human nuclear pore complex with nucleoporin 214 knockdown.
試料
  • 試料: Human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 Knockdown
  • タンパク質・ペプチド: Nuclear Pore Complex
キーワードnuclear pore complex / Nup214 knockdown
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / 解像度: 39.0 Å
データ登録者Bui KH / von Appen A / DiGuilio AL / Ori A / Sparks L / Mackmull MT / Bock T / Hagen W / Andres-Pons A / Glavy JS / Beck M
引用ジャーナル: Cell / 年: 2013
タイトル: Integrated structural analysis of the human nuclear pore complex scaffold.
著者: Khanh Huy Bui / Alexander von Appen / Amanda L DiGuilio / Alessandro Ori / Lenore Sparks / Marie-Therese Mackmull / Thomas Bock / Wim Hagen / Amparo Andrés-Pons / Joseph S Glavy / Martin Beck /
要旨: The nuclear pore complex (NPC) is a fundamental component of all eukaryotic cells that facilitates nucleocytoplasmic exchange of macromolecules. It is assembled from multiple copies of about 30 ...The nuclear pore complex (NPC) is a fundamental component of all eukaryotic cells that facilitates nucleocytoplasmic exchange of macromolecules. It is assembled from multiple copies of about 30 nucleoporins. Due to its size and complex composition, determining the structure of the NPC is an enormous challenge, and the overall architecture of the NPC scaffold remains elusive. In this study, we have used an integrated approach based on electron tomography, single-particle electron microscopy, and crosslinking mass spectrometry to determine the structure of a major scaffold motif of the human NPC, the Nup107 subcomplex, in both isolation and integrated into the NPC. We show that 32 copies of the Nup107 subcomplex assemble into two reticulated rings, one each at the cytoplasmic and nuclear face of the NPC. This arrangement may explain how changes of the diameter are realized that would accommodate transport of huge cargoes.
履歴
登録2013年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月25日-
マップ公開2013年12月11日-
更新2013年12月18日-
現状2013年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2445.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the human nuclear pore complex with nucleoporin 214 knockdown.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.6 Å/pix.
x 168 pix.
= 1444.8 Å		8.6 Å/pix.
x 168 pix.
= 1444.8 Å		8.6 Å/pix.
x 168 pix.
= 1444.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.3
最小 - 最大-11.12563705 - 19.53686905
平均 (標準偏差)-0.00046708 (±1.62281024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 1444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.68.68.6
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1444.8001444.8001444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-11.12619.537-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 Knockdown

全体名称: Human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 Knockdown
要素
  • 試料: Human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 Knockdown
  • タンパク質・ペプチド: Nuclear Pore Complex

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超分子 #1000: Human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 Knockdown

超分子名称: Human Nuclear Pore Complex with nucleoporin 214 Knockdown
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample is purified human nuclear envelope containing nuclear pore complex.
Number unique components: 1
分子量手法: Absolute Quantitative Mass Spectrometry

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分子 #1: Nuclear Pore Complex

分子名称: Nuclear Pore Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear pore complex
分子量実験値: 120 MDa / 理論値: 120 MDa

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実験情報

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構造解析

解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris, 0.2-0.4% Trehalose
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil Copper Holey Carbon Grid R2/1
凍結凍結剤: NONE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2012年9月20日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 34883 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 19500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The subtomograms were picked manually and further processed iterative symmetry independent averaging.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, TOM, AV3 / 使用したサブトモグラム数: 4700

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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