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万見
- EMDB-24434: Deconvolved Yeast Nuclear Tomogram -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24434
タイトルDeconvolved Yeast Nuclear Tomogram
マップデータ
試料
  • 細胞: Yeast Nuclear Periphery and Adjacent Cytosol
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Croxford M / Villa E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP2 GM123494 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Entropy-regularized deconvolution of cellular cryotransmission electron tomograms.
著者: Matthew Croxford / Michael Elbaum / Muthuvel Arigovindan / Zvi Kam / David Agard / Elizabeth Villa / John Sedat /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in contrast at different frequencies, as well as reduced Z resolution. Here, we applied entropy-regularized deconvolution (ER-DC) to cryo-ET data generated from transmission electron microscopy (TEM) and reconstructed using weighted back projection (WBP). We applied deconvolution to several in situ cryo-ET datasets and assessed the results by Fourier analysis and subtomogram analysis (STA).
履歴
登録2021年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月24日-
マップ公開2021年11月24日-
更新2022年1月19日-
現状2022年1月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_24434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.31 Å/pix.
x 800 pix.
= 4248. Å		5.31 Å/pix.
x 750 pix.
= 3982.5 Å		5.31 Å/pix.
x 800 pix.
= 4248. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.0067227366 - 0.21107176
平均 (標準偏差)0.00021665197 (±0.00044150284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin01060300
サイズ750800800
Spacing800750800
セルA: 4248.0 Å / B: 3982.5 Å / C: 4248.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.315.315.31
M x/y/z800750800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z4248.0003982.5004248.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS10600300
NC/NR/NS800750800
D min/max/mean-0.0070.2110.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Nuclear Periphery and Adjacent Cytosol

全体名称: Yeast Nuclear Periphery and Adjacent Cytosol
要素
  • 細胞: Yeast Nuclear Periphery and Adjacent Cytosol

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超分子 #1: Yeast Nuclear Periphery and Adjacent Cytosol

超分子名称: Yeast Nuclear Periphery and Adjacent Cytosol / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1000 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 350 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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