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万見
- EMDB-24424: Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24424
タイトルCryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • DNA: DNA (31-MER) nontemplate strand
    • DNA: DNA (31-MER) template strand
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードThermus thermophilus / transcription initiation / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Liu Y / Ebright RH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural and mechanistic basis of reiterative transcription initiation.
著者: Yu Liu / Libing Yu / Chirangini Pukhrambam / Jared T Winkelman / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Yu Zhang / Bryce E Nickels / Richard H Ebright /
要旨: Reiterative transcription initiation, observed at promoters that contain homopolymeric sequences at the transcription start site, generates RNA products having 5' sequences noncomplementary to the ...Reiterative transcription initiation, observed at promoters that contain homopolymeric sequences at the transcription start site, generates RNA products having 5' sequences noncomplementary to the DNA template. Here, using crystallography and cryoelectron microscopy to define structures, protein-DNA photocrosslinking to map positions of RNAP leading and trailing edges relative to DNA, and single-molecule DNA nanomanipulation to assess RNA polymerase (RNAP)-dependent DNA unwinding, we show that RNA extension in reiterative transcription initiation 1) occurs without DNA scrunching; 2) involves a short, 2- to 3-bp, RNA-DNA hybrid; and 3) generates RNA that exits RNAP through the portal by which scrunched nontemplate-strand DNA exits RNAP in standard transcription initiation. The results establish that, whereas RNA extension in standard transcription initiation proceeds through a scrunching mechanism, RNA extension in reiterative transcription initiation proceeds through a slippage mechanism, with slipping of RNA relative to DNA within a short RNA-DNA hybrid, and with extrusion of RNA from RNAP through an alternative RNA exit.
履歴
登録2021年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.02
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rdq
  • 表面レベル: 0.02
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24424.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.728 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.728 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.038 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.09103123 - 0.19569632
平均 (標準偏差)-0.000109607565 (±0.0063472446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 265.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0381.0381.038
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.728265.728265.728
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0910.196-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA

全体名称: reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA
要素
  • 複合体: reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • DNA: DNA (31-MER) nontemplate strand
    • DNA: DNA (31-MER) template strand
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA

超分子名称: reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 425 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 35.056164 KDa
配列文字列: MLDSKLKAPV FTVRTQGREY GEFVLEPLER GFGVTLGNPL RRILLSSIPG TAVTSVYIED VLHEFSTIPG VKEDVVEIIL NLKELVVRF LNPSLQTVTL LLKAEGPKEV KARDFLPVAD VEIMNPDLHI ATLEEGGRLN MEVRVDRGVG YVPAEKHGIK D RINAIPVD ...文字列:
MLDSKLKAPV FTVRTQGREY GEFVLEPLER GFGVTLGNPL RRILLSSIPG TAVTSVYIED VLHEFSTIPG VKEDVVEIIL NLKELVVRF LNPSLQTVTL LLKAEGPKEV KARDFLPVAD VEIMNPDLHI ATLEEGGRLN MEVRVDRGVG YVPAEKHGIK D RINAIPVD AVFSPVRRVA FQVEDTRLGQ RTDLDKLTLR IWTDGSVTPL EALNQAVEIL REHLTYFSNP QAAAVAAPEE AK EPEAPPE QEEELDLPLE ELGLSTRVLH SLKEEGIESV RALLALNLKD LKNIPGIGER SLEEIKEALE KKGFTLKE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 125.436539 KDa
配列文字列: MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLT YQAPLYARLQ LIHKDTGLIK EDEVFLGHIP LMTEDGSFII NGADRVIVSQ IHRSPGVYFT PDPARPGRYI A SIIPLPKR ...文字列:
MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLT YQAPLYARLQ LIHKDTGLIK EDEVFLGHIP LMTEDGSFII NGADRVIVSQ IHRSPGVYFT PDPARPGRYI A SIIPLPKR GPWIDLEVEP NGVVSMKVNK RKFPLVLLLR VLGYDQETLA RELGAYGELV QGLMDESVFA MRPEEALIRL FT LLRPGDP PKRDKAVAYV YGLIADPRRY DLGEAGRYKA EEKLGIRLSG RTLARFEDGE FKDEVFLPTL RYLFALTAGV PGH EVDDID HLGNRRIRTV GELMTDQFRV GLARLARGVR ERMLMGSEDS LTPAKLVNSR PLEAAIREFF SRSQLSQFKD ETNP LSSLR HKRRISALGP GGLTRERAGF DVRDVHRTHY GRICPVETPE GANIGLITSL AAYARVDELG FIRTPYRRVV GGVVT DEVV YMTATEEDRY TIAQANTPLE GNRIAAERVV ARRKGEPVIV SPEEVEFMDV SPKQVFSVNT NLIPFLEHDD ANRALM GSN MQTQAVPLIR AQAPVVMTGL EERVVRDSLA ALYAEEDGEV AKVDGNRIVV RYEDGRLVEY PLRRFYRSNQ GTALDQR PR VVVGQRVRKG DLLADGPASE NGFLALGQNV LVAIMPFDGY NFEDAIVISE ELLKRDFYTS IHIERYEIEA RDTKLGPE R ITRDIPHLSE AALRDLDEEG VVRIGAEVKP GDILVGRTSF KGESEPTPEE RLLRSIFGEK ARDVKDTSLR VPPGEGGIV VRTVRLRRGD PGVELKPGVR EVVRVYVAQK RKLQVGDKLA NRHGNKGVVA KILPVEDMPH LPDGTPVDVI LNPLGVPSRM NLGQILETH LGLAGYFLGQ RYISPIFDGA KEPEIKELLA QAFEVYFGKR KGEGFGVDKR EVEVLRRAEK LGLVTPGKTP E EQLKELFL QGKVVLYDGR TGEPIEGPIV VGQMFIMKLY HMVEDKMHAR STGPYSLITQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW AL EAYGAAH TLQEMLTLKS DDIEGRNAAY EAIIKGEDVP EPSVPESFRV LVKELQALAL DVQTLDEKDN PVDIFEGLAS KR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 170.997391 KDa
配列文字列: MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYR MGHIELATPA AHIWFVKDVP SKIGTLLDLS ATELEQVLYF SKYIVLDPKG AILNGVPVEK RQLLTDEEYR E LRYGKQET ...文字列:
MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYR MGHIELATPA AHIWFVKDVP SKIGTLLDLS ATELEQVLYF SKYIVLDPKG AILNGVPVEK RQLLTDEEYR E LRYGKQET YPLPPGVDAL VKDGEEVVKG QELAPGVVSR LDGVALYRFP RRVRVEYVKK ERAGLRLPLA AWVEKEAYKP GE ILAELPE PYLFRAEEEG VVELKELEEG AFLVLRREDE PVATYFLPVG MTPLVVHGEI VEKGQPLAEA KGLLRMPRQV RAA QVEAEE EGETVYLTLF LEWTEPKDYR VQPHMNVVVP EGARVEAGDK IVAAIDPEEE VIAEAEGVVH LHEPASILVV KARV YPFED DVEVSTGDRV APGDVLADGG KVKSDVYGRV EVDLVRNVVR VVESYDIDAR MGAEAIQQLL KELDLEALEK ELLEE MKHP SRARRAKARK RLEVVRAFLD SGNRPEWMIL EAVPVLPPDL RPMVQVDGGR FATSDLNDLY RRLINRNNRL KKLLAQ GAP EIIIRNEKRM LQEAVDALLD NGRRGAPVTN PGSDRPLRSL TDILSGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIVV GPQLKLH QC GLPKRMALEL FKPFLLKKME EKGIAPNVKA ARRMLERQRD IKDEVWDALE EVIHGKVVLL NRAPTLHRLG IQAFQPVL V EGQSIQLHPL VCEAFNADFD GDQMAVHVPL SSFAQAEARI QMLSAHNLLS PASGEPLAKP SRDIILGLYY ITQVRKEKK GAGLEFATPE EALAAHERGE VALNAPIKVA GRETSVGRLK YVFANPDEAL LAVAHGIVDL QDVVTVRYMG KRLETSPGRI LFARIVAEA VEDEKVAWEL IQLDVPQEKN SLKDLVYQAF LRLGMEKTAR LLDALKYYGF TFSTTSGITI GIDDAVIPEE K KQYLEEAD RKLLQIEQAY EMGFLTDRER YDQILQLWTE TTEKVTQAVF KNFEENYPFN PLYVMAQSGA RGNPQQIRQL CG LRGLMQK PSGETFEVPV RSSFREGLTV LEYFISSHGA RKGGADTALR TADSGYLTRK LVDVTHEIVV READCGTTNY ISV PLFQPD EVTRSLRLRK RADIEAGLYG RVLAREVEVL GVRLEEGRYL SMDDVHLLIK AAEAGEIQEV PVRSPLTCQT RYGV CQKCY GYDLSMARPV SIGEAVGIVA AQSIGEPGTQ LTMRTFHTGG VAGAADITQG LPRVIELFEA RRPKAKAVIS EIDGV VRIE ETEEKLSVFV ESEGFSKEYK LPKEARLLVK DGDYVEAGQP LTRGAIDPHQ LLEAKGPEAV ERYLVEEIQK VYRAQG VKL HDKHIEIVVR QMMKYVEVTD PGDSRLLEGQ VLEKWDVEAL NERLIAEGKT PVAWKPLLMG VTKSALSTKS WLSAASF QN TTHVLTEAAI AGKKDELIGL KENVILGRLI PAGTGSDFVR FTQVVDQKTL KAIEEARKEA VEAKERPAAR RGVKREQP G KQA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.533316 KDa
配列文字列:
MAEPGIDKLF GMVDSKYRLT VVVAKRAQQL LRHGFKNTVL EPEERPKMQT LEGLFDDPNA VTWAMKELLT GRLVFGENLV PEDRLQKEM ERLYPVEREE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 48.598031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKKSKRKNAQ AQEAQETEVL VQEEAEELPE FPEGEPDPDL EDPDLTLEDD LLDLPEEGEG LDLEEEEEDL PIPKISTSDP VRQYLHEIG QVPLLTLEEE VELARKVEEG MEAIKKLSEI TGLDPDLIRE VVRAKILGSA RVRHIPGLKE TLDPKTVEEI D QKLKSLPK ...文字列:
MKKSKRKNAQ AQEAQETEVL VQEEAEELPE FPEGEPDPDL EDPDLTLEDD LLDLPEEGEG LDLEEEEEDL PIPKISTSDP VRQYLHEIG QVPLLTLEEE VELARKVEEG MEAIKKLSEI TGLDPDLIRE VVRAKILGSA RVRHIPGLKE TLDPKTVEEI D QKLKSLPK EHKRYLHIAR EGEAARQHLI EANLRLVVSI AKKYTGRGLS FLDLIQEGNQ GLIRAVEKFE YKRRFKFSTY AT WWIRQAI NRAIADQART IRIPVHMVET INKLSRTARQ LQQELGREPT YEEIAEAMGP GWDAKRVEET LKIAQEPVSL ETP IGDEKD SFYGDFIPDE HLPSPVDAAT QSLLSEELEK ALSKLSEREA MVLKLRKGLI DGREHTLEEV GAFFGVTRER IRQI ENKAL RKLKYHESRT RKLRDFLD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #6: DNA (31-MER) nontemplate strand

分子名称: DNA (31-MER) nontemplate strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.331629 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)

+
分子 #7: DNA (31-MER) template strand

分子名称: DNA (31-MER) template strand / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.1005 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DC)

+
分子 #8: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.752306 KDa
配列文字列:
GGGGGGGGGG G

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.69 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris hydrochloride
100.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.027 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3424 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 0.994 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: -2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2143284
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4g7h

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 339426
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4g7h


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7rdq:
Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA

-
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4g7h


Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rdq:
Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA

-
原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4g7h


Chain - Chain ID: C / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rdq:
Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA

-
原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4g7h


Chain - Chain ID: D / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rdq:
Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA

-
原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

4g7h


Chain - Chain ID: E / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rdq:
Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA

-
原子モデル構築 6

初期モデルPDB ID:

4g7h


Chain - Chain ID: F / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rdq:
Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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